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陷落之後，天軍為了快速打掃戰場，逼迫城內百姓抬屍體，稍有反抗者則痛殺之。為了強調天國的政策思想，洪秀全下令將南京城內的百姓分開，實行“男館”“女館”制度。夫妻父子分離，百姓無不痛哭，然而洪秀全沒有憐憫。凡有反抗或者哭泣的人都一律抓起來毒打勤或者殺死。因此南京城內的百姓自盡竟不下萬餘人，因不滿而逃起者萬餘。更有上萬餘人因為不滿天國分館制度而被抓起來送到城外江中，投進江水之中淹死。
天軍攻破南京城，嚴重的威脅到了在上海的列強的利益。為了穩定民心，為了安定洋人，太平天國在楊秀清的主張之下出版了一本《定都天京論》大肆喧揚南京城的好處，以此來證明天國沒有攻伐列強之心。
南京城破，咸豐能知道只是一些被歷史掩蓋了真像的東西，而如太平軍在南京城的兩次殺戮卻是一點也知道。叛亂，不管他多有“正義性”其受苦的始終都只是那些手無寸鐵的平民百姓。天軍在南京城的殺戮一經傳開，南就周邊的百姓紛紛逃離家園，遠走他鄉。於是造成了南京周邊赤地千里，農田無人種的場面。洪秀全打著摧翻清朝爆政，為百姓建造一個人人平等的世界的旗幟，卻另一方面對百姓進行慘無人道的迫害與殺戮，豈不可笑無比。
六月，當僧格林沁正在北方，揮軍消滅捻軍殘餘勢力的時候，當天軍再一次打敗反撲而來的江南江北大營之後。天軍坐穩了南京這座歷史悠長，繁華無比的大都市。只是經過天軍一輪清洗衣之後，原來繁華的大都市已經變成了一座鬼域，人口少了一半還多。由於天軍在南京城裡沒收了人民的財產，經濟也隨之蕭條一片，再無人也來天京做生意。
而此時太平天國的高層之間卻沒有注意到這些他們正在準備著再一次的擴大天軍佔領區的計劃。六月，天國領袖人物天王洪秀全等人在剛剛落成的天王府裡招開了第一次王國政治會議，討論了天國未來的戰略方向。經過將近幾天的會議，眾王爺與將領制定了以天京為中心，實行“西征東進南拒北伐”戰略方針。經過一個多月的準備，天軍發兵二十五萬，以翼王石達為主將，開始西征，兵發江西南昌，湖北武昌等地，同時太平天國還以大將林紹章這將領兵十萬進入湖南境內豈圖消滅盤據在湖南，對天軍威脅最大的向榮與左宗棠的湘軍部。而在北方，天軍以國宗賴漢英，大將胡以晃為將，兵發安徽，威脅江北大營，經略安微等地。
六月末，天國收到來自淮北的捻軍殘部的求援訊息。盤據在淮北等地的捻軍起義軍被僧格林沁與肅順一步步殘食得只能在安徽州，六安，三河等狹小的區域之中垂死掙扎。無奈之下，原本與太平天軍毫無關係的捻軍首領決定接受天國的領導，請求天軍北上支援。洪秀全正在天京做著皇帝過癮呢，聽說在北方咸豐的腳下有這樣一支部隊願意聽從自己的領導，又為了恫嚇一下遠在北京的咸豐，洪秀全決定發兵北上支援捻軍，同時見機行事，能直下北京就再好不過了。於是洪秀全於咸豐三年七月初以李開芳，林鳳祥為主要將領，率精銳天軍三萬餘人北上。
話說三頭單表一支。且說李開芳等人率領精銳的三萬天軍經安慶，過池州，直上安徽中中心重鎮廬州，廬州是江北大營主帥琪善的大本營，雖然一路上天軍北伐軍勢如破竹，攻無不克，但是到得廬州之後，李開芳等人終於遇到了一塊硬骨頭。由於天軍在南京城做得太過了，訊息傳到安徽之時，人人驚慌，生怕被太平軍破城之後來個血洗廬州，於是在琪善的建議之下，在廬州富紳的支援下，全城百姓，富紳家丁全部上城防守與天軍血戰。李開芳在廬州城下攻城數日而不能下，清軍軍民一心誓死不退，天軍軍糧告磬，無奈之下，李開芳等人只得棄廬州繼續北上，幾日這後，天軍攻克滁州，轉入防禦相對較弱的蘇北地區。
在接到天軍北伐的訊息之後，咸豐猶豫了很久，不知道到底是放天軍進入河南等地，之後北上天津，按照歷史上那樣，將李開芳等人圍困在天津獨流等地還是乾脆不讓天軍進入河南等地，直接將其消滅在安微境內呢。這是一個非常困擾的問題。
放天軍入河南山東，無疑可以讓李開芳等人變成一支孤軍，在外無援軍，內無糧食的困境下全軍覆沒，但是這樣便會有一個非常頭痛的問題。如今自捻軍之亂之後，河南等地的勸減之策實行地格外順利，這些地方現在可以說情況非常良好，各地實行勸減之策非常積極。如果放天軍入河南，這大好之局便會付之一矩，白忙活了幾個月。而如果不讓天軍入河南，萬一要是不能將天軍全部消滅，讓其竄進蘇浙等富裕的地方，把江南搞得一塌糊塗那也是得不償失的。
