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軍隊中先是大換血，後來又是搞什麼“去中國化”，大肆提拔所謂本省人和南方人，讓歷來有著光榮反臺獨立場的國軍出現了人心上的混亂，官兵中為誰而戰的反思不斷，否則這次叛亂也不會有這麼多的高階軍官參與。如果不是國軍自身的悠久歷史和多數中高階軍官還是國民黨員的話或者民進黨再執政個一兩屆的話，天知道還有多少軍官要倒向綠營。
短期的混亂和震驚以後，國防部長黃品仁先是宣佈參與叛亂的軍官為叛國罪，然後緊急調整軍隊並立即將原本計劃在年底才執行的“換血”方案啟動，將尚留在國軍系統由原民進黨晉升的部分中高階軍官進行甄別和更換，同時將本島剩餘的4個軍團重新部署，以第4、6、7軍團保持對當面叛軍的壓力。
但是唯一的一個完整軍團——第1軍團5萬人已經無法守備臺中至臺北的廣闊地區。為了解決兵力不足的問題，馬英九接受了參謀總部的建議將金門2個旅、馬祖1個旅及澎湖防衛司令部的1個旅調至基隆及宜蘭一線，作為預備隊。
所以一來起去時間也就過去了，直到3月27日上述軍事部署才算初步到位，當國軍正準備以“臺灣特色”向叛軍喊話時候
得到主子默許的偽總統楚愛春命令，宣佈徵召控制區內30至40歲的男子參加軍事訓練以組建第6、第7、第8（預備役）師，並透過媒體發表《公告》，要求臺北在4月5日前解散政府，現有軍隊就地駐紮並叫囂“本總統將親率精銳之師光復全島”。已經完全被形勢衝昏了頭的楚愛春拒絕了蔡義武的駐守待變的提議，要求立即向北方進軍但遭到了堅決抵制，當然同時也因美國顧問團的建議而暫時放棄了北進計劃。
叛軍派遣第1師進至臺南北門、學甲與第4軍團對峙，第3師進至小林、三民、天池一線和第6軍團對峙，第4師駐守花蓮，臺東和第7軍團對峙，臺南、憑東、高雄等地由第5師會同預備役部隊駐守。第2師為預備隊，其中：第5、第6旅進至楠西、珊瑚潭準備協助第1師，第4旅駐守墾丁、楓港等地。
不過叛軍的海軍實在太爛，其第一艦隊1艘“基德”級驅逐艦、2艘“拉斐特”護衛艦及部分導彈艇掃雷艇和3艘老舊的“陽字號”驅逐艦歸縮在“安平古堡”外的臺南水域防備大陸潛艇的滲透，其餘艦艇全部蝟集於高雄臺東兩地作為守備力量。
4月5日，美國第一批軍事援助已經秘密到達，其中有40輛M60坦克，8架F…16，12架F…4戰鬥機，200枚反坦克導彈以及部分魚雷和防空導彈。
毫無懸念的是，4月7日，獲得武器裝備的叛軍正式開始了軍事行動，以第1師2個旅向北面的第4軍團發動了試探性的進攻，試圖最終控制北進的3條道路。經過3小時戰鬥，叛軍佔領臺南縣城和義竹、布袋鎮並推進到了嘉義縣附近地區。
獲得“勝利訊息”的楚愛春，宣佈將4月7日定為“陸軍節”並大肆宣揚。
雖然蔡義武和美日顧問都表示了心中的懷疑，但當他看見楚愛春那興奮的樣子，連忙嚥下了話頭
佔領臺南縣以後叛軍首先釋放了被隔離的民進黨籍的縣政府官員。重新獲得縣長職務的牛採仁立即宣佈“臺南縣”脫離萬惡的外來黑金政權，解散藍營站多數的立法會並簽署命令沒收國民黨黨產。
原本在北軍控制下尚屬正常的臺南縣秩序頃刻間崩潰，被壓抑很久的綠營分子於4月8日上街遊行慶祝，後來逐步開始演變為對臺北和藍營人士的攻擊。當夜，部分極端分子公然號召市民和他們一起搶劫，4月8日22點至次日7點，有4家超市、2家工廠、13家店鋪、9家餐廳，30多所別墅被4000多暴民洗劫一空，地方上的警察對於受害人的困境漠然應對拒絕幫助，造成9位業主死亡，130多人被打傷，直接經濟損失約17億新臺幣。
同時一些刑事犯罪分子裹攜其間對受害人進行了毆打、縱火焚燒及性侵犯等令人髮指的罪行。一個暴徒逃離臺灣後曾經厚顏無恥地對新鄰居介紹：“面對那些平時對我們趾高氣揚的外省人，我們盡情地搶劫，毆打，焚燒，他老婆女兒也被兄弟們上了——那個傢伙趴在地上，象狗一樣的乞求我，企求放過他和他的家人——我才收穫了5萬美元，我現在還在後悔為什麼不再多要些”。
拍攝了“虐待外省人”的一個綠營記者事後回憶說道：當時，臺南縣城大部分地區及部分割槽鎮已經成為了一個沒有法律的人間地獄，到處是搶劫和焚燒，四處都可以聽到受害者的呼救，但是，那裡沒有秩序，什麼都沒有，警察僅僅是在遠處開著警燈閒
