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敵對達近一個世紀之久。2237年克林貢與聯邦的交涉幾近破裂。克林貢帝國向聯邦發出最後通牒，若聯邦不從雙方皆宣稱為自己領域的地區撤退，克林貢將對聯邦宣戰，兩國從而開始了武裝對峙狀態。
一切便從此開始。
面對很有可能爆發的戰爭，一部分人開始積極備戰。這些人中，以聯邦星際艦隊亞歷山大·馬庫斯上將最為積極。
瓦肯人的母星瓦肯星，被來自未來的羅姆蘭帝國的採礦船納蘭達號船長尼祿，運用一個世紀後的未來武器所摧毀，這導致瓦肯全球60多億人死亡，只有1000多人倖存。在瓦肯星被毀後，聯邦星際艦隊加大了對太空中遙遠星區的探索，亞歷山大·馬庫斯上將的心腹手下發現了一艘漂浮在太空的古舊飛船，飛船內有著數十個在冰凍倉中低溫休眠的人類，其中有七十三人存活。
亞歷山大·馬庫斯上將有著31區作為後盾，這是一個不被官方承認，類似於秘密警察組織的情報與防衛組織。亞歷山大·馬庫斯上將很快就知曉了這些人的來歷，這些人是基因改造人，源自三百年前地球爆發的優生戰爭。
優生戰爭（EugenicsWars）是1992年至1996年在地球發生的一系列戰爭。科學家為了改良人類透過優生和基因改造等方法，製造出了一批‘超人’，他們擁有更好的身體素質和更高的智慧，可隨之而來的還有更大的野心。
當時世界上大部分地區都被基因改造人統治著，所有基因改造人中最著名的則是可汗·努尼恩·辛格，他統治著全世界四分之一的領土。因為這些‘超人’的統治。使得非基因改造人的地位十分低下。後來由於非基因改造人的反抗而引起了世界大戰，最終導致基因改造人的獨裁政權被推翻。而可汗等八十個基因改造人逃過了制裁，自我流放到了外太空。當時新政府由於害怕可汗消失的訊息引起恐慌，就對公眾隱瞞了這個事實。此後基因改造技術被禁止。
馬庫斯上將發現一切後。決定喚醒了可汗，利用這個全面超越人類的基因改造人，推進他的聯邦星際艦隊軍事化大業。在亞歷山大·馬庫斯看來，現今的聯邦人民實在是太安逸了，無法扛起戰爭。要對付野蠻的克林貢帝國。亞歷山大·馬庫斯需要一個同樣野蠻的、殘忍的、野性的、戰士的頭腦來輔助，而基因改造人可汗·努尼恩·辛格則滿足所有的要求，這些高智商的強橫基因改造人就是為戰爭而生的，他們的體魄、他們的思維、他們的一切皆是為了戰爭服務。
利用活著的七十二個基因改造人，這些可汗·努尼恩·辛格僅存的族人，亞歷山大·馬庫斯與可汗達成了協議。在人質的威脅下，可汗·努尼恩·辛格迅速適應這個時代，迅速的學習新世界的科技、規則，來為31區設計武器和戰艦，來幫助亞歷山大·馬庫斯實現聯邦星際艦隊軍事化的願望。
而亞歷山大·馬庫斯則答應在事成之後。釋放所有的基因改造人，還可汗等人自由。但亞歷山大·馬庫斯從一開始就沒想著放可汗等人活路，而曾經身為一個統治者的可汗也清楚的知曉亞歷山大·馬庫斯的心思，但族人之命握與他人之手的他無可奈何，只能在暗地裡籌備計劃。可汗製作了一批先進的光子魚雷，並將自己的七十二個族人裝入其中，準備攜帶自己的族人逃出生天。
但是，可汗的暗中行動被亞歷山大·馬庫斯發現了，無奈之下他只能逃亡。可汗雖然逃了出來，但他覺得自己的七十二個族人肯定被亞歷山大·馬庫斯全部殺掉。於是開始了一條復仇之路。
作為一個精銳戰士，可汗為此制訂了詳細而縝密的計劃，並將其付諸實施。首先，可汗要將位於倫敦。表面上是星際艦隊的檔案館，實則為31區分部的機構毀掉。
為此，可汗找到了一個在31區工作的星際艦隊文職軍官。這位軍官有著一個身患重症，即便以星際時代的醫學也無法治癒的女兒。而作為基因改造人的可汗，擁有著細胞重生的能力，而他的血液更是萬能良藥。可以將這種能力帶給受血者，治癒任何疾病。可汗很清楚一個人，會為了自己的親人付出所有，於是他跟這位軍官達成了協議。
可汗答應用自己的血液救活軍官的女兒，而軍官則為可汗炸掉31區分部，並給馬庫斯上將發一份郵件，宣佈可汗與聯邦星際艦隊之間處於戰爭狀態。
為了讓自己的女兒遠離病魔的折磨，軍官毅然答應此事，在親眼見到血液起效後，軍官帶著製作出一枚戒指的超級炸彈，在可汗的一路監視下進入了31區。很顯然，可汗以軍官女兒的安危威脅他，刺殺一個人對可汗來
