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自訓練親兵以外部隊的權力被剝奪。一切軍隊的訓練都必須由整訓官進行。整訓官的升遷調動直接由軍機省新成立的總整訓部負責，與普通戰鬥類士兵由總參謀部管理其調動升遷不同。
以後軍隊主官（包括主將和參謀軍官。李儼在赤衛軍成立初期就設定了參謀制度。規定團以上的軍事編制都必須有參謀軍官）只管打仗屬於總參謀部管理，軍隊訓練由整訓官負責屬於總整訓部管理。而後勤輜重則由後勤系統官兵負責屬於總後勤部管理。再加上由總政治部任命調動的負責對軍隊洗腦地“政委”和由“捕風”下屬的“軍事情報部”、“捉影”下屬的“軍事安全部”任命調動的特製兵符掌握者“明虎符使”、“暗虎符使”，彼此各司其職，互不統屬，在保證軍隊戰鬥力的同時，最大限度的杜絕了被人鑽空子控制軍隊的現象出現。
這樣一來，軍機省下轄總後勤部、總參謀部、總整訓部、總政治部四部。（捕風、捉影、鷹眼都屬於情報機構，直屬於李儼控制。不在政府體制中。）三省六部再變為四省八部後，又變成了四省十部。
同時。來鵠將手下捉影營移交給副手，李儼最早培養的人才之一，賜姓李地李良接手，徹底告別情報機構，被任命為總參謀部主官總參尚書。（總參謀部的主官為“總參尚書”，總整訓部的主官為“總訓尚書”。總政治部的主官為“總政尚書”，四部的副官稱為某某侍郎。這與其他各部一樣。各部尚書皆為正三品。各部侍郎皆為正四品）
秦韜玉被任命為總後尚書。他最先的官職是工部侍郎，到鳳翔後加了個“左補闕”。後來李儼看他對物資調動管理頗有心得和幹才，成立軍機省後，將其遷為總後勤部主官總後尚書，管理軍隊後勤輜重。他倒也不負所望，兢兢業業，有條不紊，相當稱職，尤其是在三衛軍出動伏擊黃巢軍地時候。軍用物資短時間內調動到位。讓三衛軍能夠儘快儘量隱秘的出動，立下了大功。得到李儼的嘉獎。
總政尚書一職空缺。這一職務需要在軍中德高望重，同時又對李儼忠心耿耿的人擔任。目前並沒有合適的人選。其職責暫時由李儼委託內廷運籌處代理。
總訓尚書目前也沒有正式的人選擔任。在李儼的計劃中，整訓部人選將由軍校副主官擔任。目前這一職務暫時由方徹兼任。
軍校也已經初步建立了起來。其實李儼在終南山的練兵，即稱得上是練兵，又可以說是軍校的雛形。為了紀念終南練兵，李儼將軍校命名為終南講武堂。等還都長安之後，將會遷回終南山原來練兵處。軍校大祭酒也就是軍校校長由李儼親自擔任，這一點是必需的。軍校祭酒，也就是副校長由方徹擔任。
軍校成立後，由於教育人才地缺乏，往往是軍中現役將領前去客串。李儼偶爾也客串講師。其他至於來鵠、羅隱等有軍略地人都前去講過課。課本一部分是古代著名軍事著作，一部分是根據李儼結合後世軍事知識講述編纂的《軍官初級讀本》。
除了課本缺乏、教師缺乏，學員也缺乏。現在軍隊中連現役軍官都缺乏。往往有潛質地人都直接被任命為軍官或者代理軍官了，根本沒有時間做系統地軍事學習。李儼也只好效自己從前練兵故智，下令尋找孤兒作為少年學員進入軍校學習。其他的學員，就是將整編中的白虎軍團和即將整編的朱雀軍團的軍官以短期培訓班的形式送入軍校學習。也算聊勝於無了。
總之，有完善的軍事機構，有培養下一代軍官地軍校，至此。李儼的軍事制度改革方案基本上架構完成。
被任命去整編朱雀軍團地黃儔二人，先是在軍校用來培養整訓官。由李儼、方徹等人執教的整訓軍官臨時培訓班學習了一週時間，就帶著一幫同班同學，走馬上任了。
黃儔二人的遷升相當快。
最先他們二人在赤衛軍中，後來在龍尾陂大戰中因英勇善戰，黃儔立下活捉偽齊領兵大將王搏的功勞。而錢炳正也在解除山南西道軍武裝的時候，為威懾山南西道軍，親自斬殺牛勖心腹大將十餘人。立下戰功。
為此，此二人皆獲得一等寶劍忠勇勳章，為了替鼓舞士氣，李儼還召開了一個規模盛大的授勳儀式，親自為此二人及其他十餘名有功將士授勳。全軍士氣，為之一振。請求出戰黃巢的請戰書在李儼地御案上，堆了好幾大堆，當然這都是題外話了。
黃儔、錢炳正作為李儼親自提拔的人才。李儼對他們非常關注。為了鍛鍊他們的才能，這才讓他們二人進入赤衛軍中，從一個小兵當起。這兩人也沒有辜負李儼的希望，進入軍中沒多久，就因為訓練出色被提拔為夥長。隨後又
