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成功大吃一驚，坐直了身子，背後的靠枕都掉到了床榻上。
“後軍的許多船隻都在風暴中沉沒了，船上的糧草也都折損乾淨了，如今只剩下不到八千石糧草，臣等估計只夠大軍食用十日。”林驥沒辦法只好硬著頭皮說道。
“傳令下去，大軍馬上，即刻趕往澎湖，明天早上一定要抵達澎湖，錯過了明天的漲潮，大軍又要多等五天，我們耗不起！”鄭成功儘管知道夜間航行不安全，但是這時也沒有其他選擇了，軍隊的糧食緊缺，如果不能打下臺灣，那麼這一次的出征就徹底失敗了。
林驥等人不敢違抗他的命令，於是叫來幾名士兵，跟他麼交代一番，士兵們點了點頭，走出船艙，對著桅杆上面的旗手示意下達出航的命令。
鄭成功徵臺的船隊數量龐大，船隊在海上行軍傳達命令不能像陸地那樣派人前往，於是每一個船的桅杆上面都有一個瞭望哨，裡面計程車兵既是崗哨又是旗手，可以傳遞情報和主帥的命令。
旗手的訊號傳出去之後，其他船上的旗手紛紛做著同樣的旗語，不久之後整個船隊就都收起了船錨，跟著鄭成功的主船開始了向東的航行。
第二天一早，明軍便抵達了澎湖島了，澎湖列島，位於臺灣島西部的臺灣海峽中，因港外海濤澎湃，港內水靜如湖而得名。由臺灣海峽東南部64個島嶼組成，主要島嶼有澎湖本島、漁翁島和白沙島，面積約為96。6平方千米，佔總面積的76。1％。面積超過1平方公里的島嶼還有虎井、吉貝、望安等8個，其餘53個島嶼的面積都在1平方公里以下，其中有44個島嶼無人居住。
澎湖列島居臺灣海峽的中樞，扼亞洲東部的海運要衝，被稱為“東南鎖匙”。
荷蘭人此時並沒有在意這些狹小的無人島，島上沒有設防，明軍進入澎湖的內湖之後便稍稍休整了一日，這時已是農曆三月二十九日，根據何斌的航海圖和鄭成功獲得的水文情報，大軍要進入臺灣島，按照何斌給的航海圖，則必須要經過鹿耳門，鹿耳門只有每個月的初一和十五漲潮的時候才能透過像明軍船隊中的這些大船，因此明軍船隊必須在四月初一這一天透過鹿耳門。
所以三月三十號的時候明軍便離開了澎湖島，全軍向著東南方向的鹿耳門駛去了。
四月初一這天，臺灣島已經近在咫尺了，大軍在漲潮時安全的透過了鹿耳門，鄭成功擔心荷蘭人會派軍截斷大軍後路，因此下令留派一支船隊駐守鹿耳門，守住大軍的生命航道。
明軍一路十分順利的在臺灣南部登陸了，荷蘭人此時在臺灣島上主要集中在兩個城堡裡面，一個是臺灣南部的赤嵌城，一個是鹿耳門航道南部的熱蘭遮城（臺灣城），鄭成功並沒有急著發動進攻，而是先讓陸軍在岸上休整了兩日，然後兵分兩路，水軍戰船遊弋在熱蘭遮城和赤嵌城之間的大海灣內，將兩座城堡之間的聯絡徹底切斷，這時熱蘭遮城裡面的荷蘭軍隊早就得到了鄭成功大軍來襲的訊息，他們本想憑藉熱蘭遮城和赤嵌城的岸基火炮封鎖住鹿耳門的航道，以阻擋明軍進入大海灣，卻不料明軍走的並不是他們封鎖的南海道，而是北邊的廢棄的航道，於是他們的封鎖計劃便落了空。
荷蘭軍隊內部這時起了爭執，一部分人叫囂著要出兵主動進攻明軍，趁著明軍這時立足未穩之際一舉殲滅明軍，另外一部分人則主張將赤嵌城的軍隊撤到熱蘭遮城來，憑藉熱蘭遮城的有利地形優勢，固守待援。
此前幾天，荷蘭人的求援信件就隨著一條前往巴達維亞的商船駛向了巴達維亞了。
其實如果荷蘭人真的採取後一種堅守熱蘭遮城的辦法的話，明軍還真的不好打這一仗，好在荷蘭人最後沒有采取這一種辦法，反而想要依靠熱蘭遮城的地理優勢和對鹿耳門的水道封鎖來阻擋明軍，因此耽誤了時間，赤嵌城裡面計程車兵並沒有及時撤到熱蘭遮城裡來就被明軍一分為二，切斷了兩座城堡之間的海上航道。
此時擺在明軍面前的首要任務就是儘快的攻下赤嵌城，赤嵌城並不是像今天這樣的大城，比起中原常見的小縣城的規模還要小，從面積上來看只能算是一座城堡，但是城牆修築的十分堅固，四面都有炮樓，上面分別都裝有大小口徑的弗朗機炮，射程上面要比明軍的紅衣大炮稍微遠一些，赤嵌城內駐有五百名荷蘭士兵，還有四百多人的家眷。
鄭成功派出水軍戰船從海上切斷了赤嵌城的退路之後，赤嵌城的荷蘭人大為驚恐，他們知道如果不能打通海上的通道，與熱蘭遮城取得聯絡的話，赤嵌城是絕對守不住的，於是在明軍圍城的第二天便派出了以赫克託號
