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林啟榮到來之後，蕭雲貴帶著他在營中巡視，邊走邊和他說了很多話，蕭雲貴交待林啟榮鎮守上海期間要注重幾個方面的問題。
一是兵卒要操練新式洋槍洋炮，儘可能的演練精熟，掌握純火器作戰的方法。當然為了保證上海兵卒的火器，蕭雲貴答應採購到的火器優先配給林啟榮部。
二是蕭雲貴將在上海創辦西殿太平軍官講武學堂，蕭雲貴將聘請中外名師、名士做為講師，向西殿太平軍各級軍官講授軍事。蕭雲貴要求林啟榮在上海講武學堂開辦之後，除了讓太平軍自己的軍官學習之外，還要多多吸納有志青年入學，蕭雲貴希望這個講武學堂成為西殿太平軍自己的黃埔軍校。
三是讓林啟榮大力建設水師，上海靠近長江和大海，必須有自己的水師來保衛海域、河道，同時海關成立後，也需要強大的水師打擊海上走私和海盜活動，因此建立西殿太平上海艦隊的事便落到林啟榮身上。當然蕭雲貴建議林啟榮重用陸順德、趙順平等水師將領，並且儘可能的同洋人採購新式戰船。
四是地方幫派勢力的控制，蕭雲貴聽從錢江的計策，已經封賞沐關刀、謝應龍等上海反水的幫派首腦，幾個人被封為將軍、總制不等的官職，調到蘇州為官，蕭雲貴也給左宗棠去了信函，要他盯緊這幾個人，同時安排一些無關緊要的事讓他們做。幾個幫會的部眾則被蕭雲貴以整軍為名，徹底打散後，一部分充入陳玉成部，一部分交給林啟榮部，還有一部分有些特長的幫眾直接交給了白澤堂去訓練，將來可以充作白澤堂的密探或是殺手。交給林啟榮的這部幫眾，蕭雲貴就要林啟榮用好這些人，以這些人熟悉上海的特點並派出林啟榮手下得力大將統帥，重新扶植起太平天國自己在上海灘的黑勢力。很多太平軍不方便出面解決的事情，交給這些幫會處理是最好的。
五是要林啟榮協助王輳г嗽諫蝦０炱鶥�驕�約旱木�鴯ひ擔�ü�⒙襯諮笮芯褪親�拋鼉�鶘�獾難笮校�1848年5月，法國商人阿魯內向英國領事館租得英契第四十一號土地，開辦阿魯內洋行，又稱公生號，從事軍火貿易。其時，法租界尚未闢設，阿魯內成為第一個在上海租地的法國人，阿魯內洋行則成為滬上首家法國洋行，但這家洋行由於來上海三年經營不善已經頻臨破產。蕭雲貴之前找阿魯內買過一批軍火，算是挽救了阿魯內一下。
因此阿魯內對蕭雲貴十分感激，在交易過程之中，蕭雲貴已經和阿魯內商議好，等太平軍攻下上海就會找阿魯內洋行進口一條火藥生產線、一條紙質彈藥包裝線和球形開花彈生產線。由於英國佬的阻攔，這些交易都是秘密進行的，這些天蕭雲貴已經和阿魯內談妥，雙方以走私的形式把各種機器運到上海，太平軍這邊僱請洋人技師組裝。反正這個時候上海地界走私非常嚴重，就算到時候機器運到，海關已經開始運作，只要有太平軍的人接應，阿魯內的船甚至都不必開到上海交貨，直接在吳淞甚至是崇明島交貨，再由太平軍自行運至上海組裝即可。蕭雲貴讓林啟榮注意派兵保護好這次交易，隨後機器組裝、僱請洋人技師、招聘工人的事會由王輳г死賜瓿傘Ｍ�畢粼乒笠�罅制羧倥殺�；ず謎庾��鴯こВ�窈笏��晌��驕�匾�牡�┕┯Φ亍�
六是蕭雲貴要求林啟榮在上海附近的縣鎮鄉村組建太平軍地方民團，這些民團負責維持地方上的治安，同時也算是太平軍的預備役人員，還負責打擊地方地主團練勢力。太平軍一路掃蕩過來，地主團練已經被掃蕩得差不多了，但蕭雲貴還是這樣安排，他不希望地主團練勢力又死灰復燃。地方團練按照每個地方的人口數量而定多寡，按照每五戶出一丁的原則辦理，地方團練的費用全都由上海地方聖庫支出，配發的武器多是冷兵器，同時太平軍淘汰下來的一些火器也交給地方團練使用。
總之林林總總的蕭雲貴細細交待了一遍，然後又給了林啟榮一本詳細的實施細則，讓他先在上海試行，假如有什麼突發情況及時向蕭雲貴稟報。蕭雲貴也不知道這些事在過程中會發生什麼變化，計劃是計劃，實施的過程永遠是不可預知的，所以蕭雲貴給予林啟榮權利，一般的小事可由林啟榮自己斷處，遇上拿不定主意的大事稟報給他處理。
隨後蕭雲貴又交待林啟榮處理洋人事務上應該注意的一些事，洋人極為看重自己的權利，林啟榮在上海統兵要極為注意西方的一些禮節和處事原則，處理事務要有理有節，但也不能懦弱，總之要做到不卑不亢，這樣會少很多麻煩。
林啟榮一一謹記之，蕭雲貴知道林啟榮的性格沉穩，不像林鳳祥、李開芳等人急進，也不像吉文元
