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賴文光等部將希望西王能明辨是非，收回對陳玉成的處罰。
蕭雲貴已經回到了上海，在收到賴文光等人的上書之後，只回復了“軍人以服從命令為天職”幾個字，隨後賴文光等人也遭到降職處分。隨後蕭雲貴召集這些將領進行了長談，西王這次整編就料到會有這種局面，西殿很多大將手下的部將多數都是領軍大將自己提拔的，這些部將甚至只知領軍大將而不知西王。他整編就是要整掉這種風氣。
蕭雲貴對上書的三十四名部將進行了降職處分之後，又一一進行了單獨的談話，談話之中，陳玉成的部將們驚奇的發現西王對自己本身的能力和家事瞭如指掌，隨後耐心的淳淳開導。讓部將們知道西王這次如此處理是有西王的道理，並且斥責他們毫無眼光。西王自己都為了團結大局著想上書請罪了。他們幾個還要鬧騰什麼？難道真要逼得西王殺了陳玉成向天京請罪不成？
賴文光等人還是很不服氣，他們並沒有怨恨西王，反而更加的怨恨天京和東殿。蕭雲貴再把禍頭引向天京和東殿之後，就沒有再解釋什麼了，說白了就是一句話，明白要執行命令。不明白也要執行命令。
蕭雲貴的舉動並沒有讓西殿的將士們感到寒心，相反讓他們對天京方面卻是感到更加的離心，明明西殿這次沒有做錯什麼，卻被天京東殿逼迫。西王上書請罪，陳玉成被貶謫，天王在這種情況下也不出來說句公道話，因此西殿上下都憋了一口惡氣。
西殿上下的這種變化是天京方面始料未及的，楊秀清本想著看西王服軟之後西殿將士們寒心的樣子，卻想不到蕭雲貴是如何轉圜的，西殿上下卻是把所有不公的矛頭對準了東殿。而洪秀全卻想不到西王會妥協，更讓他想不到的是，一向喜歡痛打落水狗的楊秀清這次卻沒有窮追猛打下去。
十月中旬，在收到西王的請罪上書之後，東王假託天父下凡，在天父聖旨中不鹹不淡的批評了西王幾句後，天父就沒有再追究此事，反而是大大褒獎了西殿在蘇褔省實行的新政。
在得到西殿的示弱之後，東王讓秦日剛放棄了對陳玉成部的追擊，轉而開始統領江西方面的兵馬繼續和江忠源部清軍作戰。同時，下令將國宗楊輔清革職拿問，關進牢房內了事。
東殿和西殿的這種默契讓洪秀全感到了很大的不安，洪秀全有種被東王和西王聯手耍了一道的感覺，但隨後西王的密信讓他寬慰不少。蕭雲貴的密信告訴洪秀全，他為了顧全大局這次隱忍不發，請天王不必擔憂，日後若是賊子罪跡昭顯，他必定提兵勤王云云。
看了這封信後到讓洪秀全有些不好意思，看來西王為了能一擊即中，為了能讓洪秀全不揹負無罪而誅功臣的罪名還是在忍辱負重的。
就這樣南昌之敗的餘波被蕭雲貴化解了，西殿看似吃了大虧，但蕭雲貴卻把這些因素轉化為對自己有利的事情來加以利用，藉著此事他開始對陳玉成部的整編，也不動聲色的讓軍心、民心對天京方面更加的離心，最重要的事讓天王和東王之間看不見的裂痕更加的深了。而蕭雲貴這一手趨利避害算是玩得甚為圓滿了，其實這也不是他一個人的主意，他身後還有洪韻兒、左宗棠、王輳г恕⒗羈�嫉熱說陌鋶摹�
……
卻說榮祿這邊雖然被陳玉成的回馬槍殺敗，但好歹只損失了數百兵馬，隨後他和曾國荃都看出賴在南昌不走的楊輔清已經是外強中乾。兩人一合計便給曾國藩去了信函，力陳讓曾國藩率領精銳兵馬前來摘桃子。
得到榮祿和曾國荃的稟報後，曾國藩也判斷太平軍那邊陳玉成部的忽然後撤一定是太平軍內部出了問題，決定抓住機會用實戰來一次練兵，當即派遣羅澤南、李續賓等湘軍大將率領一萬五千湘軍新募之兵進入江西增援。
與此同時兩廣趕赴南昌的清軍援兵也到了，清軍一時間聚眾十萬兵馬。在江忠源的統一指揮下，清軍接連攻破楊輔清的營壘，終於楊輔清不支各路清軍的輪番衝擊，只得倉皇敗退。在敗退的路上又被榮祿、曾國荃、羅澤南等湘軍截擊，損失四萬兵馬。
是役清軍陝甘總督舒興阿戰死，折兵三萬有餘，而太平軍損失更大，東殿十餘名檢點以下將官戰死或被俘，整個南昌戰役加上西殿太平軍的損失，共計死傷五萬餘人，丟失鍋帳、火器、糧草、旗幟無數，而且太平軍沒有拔掉南昌這顆釘子，未能達成戰役目標，算是太平軍近三年來最大的失敗。
憑此功績，江忠源功勞最大，得了毅勇巴圖魯勇號，加了總督銜後，被咸豐委以總督江西、福建、蘇南三處軍政大事的實權。江忠源沒有像歷史上那樣在廬
