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克上海之時，就已經下定決心要整編西殿所有的軍隊。
整編一詞是軍伍中常用的，一般是指這支部隊被打得傷亡很大，需要下去補充兵員，整頓、編訓來恢復這支部隊。但一般來說。因為部隊整編後，補充新兵較多，新兵沒見過血，這支部隊的戰鬥力會直線下降。
但也有例外的，比如太祖在歷史上進行的三灣整編，當時這支部隊打剩下千人，部隊建制混亂、思想混亂、軍心動搖，因此太祖進行了三灣整編，縮減部隊編制，把部隊縮減為團級編制。然後又在軍中建起了黨支部，開始了黨指揮槍的建軍歷程。
西殿這次整編不同，西殿兵馬並不是因為減員而進行整編。蕭雲貴的整編理由就是十六個字，去蕪存菁、重整編制、消除幫派、學新戰術。
第一點去蕪存菁是重點，西殿兵馬這個時候部隊雜多。部隊成分複雜，新兵、老兵比例搭配不合理。弱兵、強兵混合。老弱兵卒需要裁汰，兵卒思想需要進行整頓。
第二點重整編制，蕭雲貴自從開始領著太平軍四處征戰以來就總覺得太平軍的編制越來越不適合眼下的戰爭需要。以一軍為例，全載其組織編制，五人為伍，伍長管衝鋒、破敵、制勝、奏捷四伍卒；五伍為兩。兩司馬管剛強、勇敢、雄猛、果毅、威武五伍長，25人；四兩為卒，卒長管東、西、南、北四兩司馬，104人；五卒為旅。旅帥管壹、貳、叄、肆、伍五卒長，525人；五旅為師，師帥管前營、後營、右營、左營、中營五旅帥，2625人（實應為2630人），五師為軍，軍帥管前營、後營、左營、右營、中營五師帥，13125人（實應為13155人）。軍帥之上，有監軍、總制、將軍、指揮、檢點、丞相，以至軍帥節制。
這個編制是按照《周禮》的軍伍編制來制定的，而《周禮》所處的時代卻是幾千年前的冷兵器時代，現在不管是太平軍還是清軍卻已經是冷熱兵器混雜使用的軍隊了，這個編制明顯已經跟不上時代變化的腳步。
冷兵器時代需要軍隊儘可能的發揮出人力優勢，這就意味著你的陣型寬度要儘可能的大於敵方，壓制敵方兩翼，對敵方中軍從三個方向進行肉搏打擊更加容易取得勝利。當然也有喜歡直搗中軍的冒險者，向當年的蒙古軍隊就常常喜歡鑿穿敵人的中軍，不過不是任何一支冷兵器軍隊都有蒙古騎兵的強悍戰鬥力。
同時，《周禮》存在的時代，中華大地還都是奴隸制，軍中會輔以大量的炮灰奴隸兵來打頭陣，消耗對方體力，而正規軍是在後面行動。《周禮》的這個軍伍編制是正規軍使用的編制，當奴隸兵和敵人消耗之後，正規軍才開始出動。
而且冷兵器時代的兵器種類也是一個如何編制的原因，古時講究長兵以衛，短兵以守，箭矢櫓盾駐陣腳。因此冷兵器時代的軍隊編制比較適合冷兵器發揮人力。
但太平軍眼下是冷熱兵器混用，而且作戰規模越來越大，太平軍使用的周禮軍制已經不適合這種作戰需要了。太平軍的一個軍有一萬多人，旗下一個師兩千六百多人，在作戰的時候，一個戰術方向上使用一個戰術單位是較好的，而太平軍一個軍的兵力到下一級忽然銳減為兩千多人，在大兵團作戰的時候是明顯不夠的，而在小規模作戰中又顯得太多。隨後的幾級編制中都存在這樣的問題，原因就是太平軍編制是五五編制，五卒為旅，五旅為師，五師為軍。
在蕭雲貴看來既然太平軍正在向熱兵器軍隊過渡，因此這次整編需要連同軍隊編制一起進行改變，改變成更加適合熱兵器作戰需要的三三制。
軍隊體制編制“三三制”；最早起源於英國將軍漢密爾頓爵士依據軍事組織的歷史得出的結論。他認為基層軍隊管理幅度應在三至六人之間；三人將使一名軍官相當忙碌；而六人也許要一天工作十小時。他論述道：“我們越是接近整個組織的最高司令；就越是應當按三人一組進行工作；我們越是接近整個組織的基層（戰列步兵）；就越是應當按六人一組進行工作。”他的這個理論影響甚大；英國的軍隊體制依此按“三三制”編制。隨後，蘇聯等國均採用此編制。
三三制在熱兵器軍隊興起之初得以廣泛運用還有一個重要的問題就是戰場通訊問題。冷兵器是聽鼓聲而進，看令旗為伍，聞號炮為令，簡單的一些指令兵卒可以根據這些來服從命令。而熱兵器軍隊就不同了，就像一個簡單的排隊槍斃就需要整個戰線計程車兵統一動作，統一發揚火力。因此在熱兵器戰爭中，一個軍官指揮幾個士兵才不會忙中出錯呢？漢密爾頓爵士已經找到了答案。
當然三三制在現代已經
