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沒有廢除天京方面還在用的檢點、監軍等名稱，雖然在西殿官吏中，天國這些舊時的官爵早已經被蕭雲貴變成了虛銜，但蕭雲貴還是沒有廢除它，畢竟西殿的官還是要向天京報備的，沒有這些虛銜還是很麻煩，而且天京那邊也不明白一個少校是多大的官啊。
與天國舊時虛銜官爵不同，西殿這套軍銜卻是實打實的好處，按照不同的軍銜，你享受到的待遇也是不一樣的。天京那邊因為開始擴張、擴兵的緣故，天王、東王等王爺們為了籠絡人心，那官爵也是大加派送，如今在天京可謂是檢點滿地是，監軍不如狗。聯想到後期天國一口氣居然封了兩千七百多個王爺，那就更加可怕了。
所以蕭雲貴在沒有廢除天國舊官爵的前提下，把新軍銜當成實銜來封賞給將士們，並根據新軍銜來定將士們的軍功和待遇。如今是戰亂年代，戰功漲得很快，這也就意味著軍人升職的機會很多。從前西殿也出現過尷尬的事，就是將士們的戰功很大，個個升職都很快，而天國舊爵從低等的聖兵開始到可以領數百兵的旅帥不過四個級別，也就意味著打幾個大勝仗下來，一大批將士升職之後，一支兵馬中將官很多，而兵卒很少。也曾經出現一旅之內士兵只有不足百人，兩司馬以上的將官卻有三百多人。
這種局面會讓將士們覺得這官爵來得容易，久而久之便不太珍惜了。而新的軍銜制就不同了，光士兵的等級就有四個級別，熬到一等兵需要立多少軍功也是有明文規定的，而就算你熬到一等兵卻也還是一名士兵，要升上士官就更加不容易了。這就讓西殿太平軍的軍制更加趨於合理，而不是像從前那樣封到後面無官可封搞出幾千個王爺來。
除了軍銜制外，兵部還修訂了《蘇褔省徵兵制》，明確了西殿是徵兵制和募兵制並軌實行的。這次經過整編之後的將士都算是募兵制下的常備職業軍人，經後西殿野戰軍就是一支職業軍人組成的軍隊，他們的薪俸、糧餉都是西王府提供，也就意味著他們成了西殿的兵馬，這也打破了聖庫供養的情況，士兵們也可以有私產了。
而徵兵制則是針對鄉兵制定的，鄉間村坊的青壯凡是年滿十八歲後，就有加入地方鄉兵部隊服役三年的義務，三年後退伍，回地方務農。但每地的鄉兵都有一個限額，也不一定所有十八歲的青壯都能當上鄉兵。
蕭雲貴之所以選擇募兵制和徵兵制並行，是因為現在太平軍還沒有取得天下，而且列強還在虎視眈眈，他需要常備軍隊來作戰。雖然募兵制將來可能成為國家沉重的負擔，但蕭雲貴相信等到取得天下，列強的威脅也降低的時候，再改為徵兵制，這樣就不會有什麼大問題了。
此外西殿兵部還頒佈了《傷殘捐軀將士照養章程》，西殿將士們傷殘之後，西王府也是一樣的照養，同時會安排傷殘將士就業。捐軀的將士除了得到撫卹金之外，西王府還能分家屬二十畝土地。這些都是職業兵能享受的待遇，而鄉兵因為是義務兵，能享受的待遇就差了一些，但傷殘捐軀之後也同樣有保障。
最後就是兵部頒佈的《西殿榮譽爵位章程》，這個章程裡規定的則是爵位和一些榮譽稱號和榮譽勳章的種類，以及獲得勳章後可以享受到的待遇。爵位蕭雲貴依然採用了公侯伯子男五等爵位來獎勵有功之人。稱號當中有羽林衛、禁衛軍、虎賁烈士等等軍事性的榮譽稱號，也有太師、太傅、太保、上卿、少卿等文事性的榮譽稱號。勳章則是以漢家一些著名人物為名的勳章，如霍去病勳章、嶽武穆勳章等等軍事性勳章，也有如班超勳章、張良勳章等等文事性勳章。值得一提的是各行各業都有勳章，這些勳章是用來表彰各行各業湧現出來的人才，反正古代漢家各行各業有的是名人，直接用名人命名勳章即可。比如工匠們的勳章叫魯班勳章，大夫們的勳章叫扁鵲勳章等等。
爵位和榮譽稱號一旦獲得，按照等級西王府會每年給予獎金或者其他免稅政策，而勳章獲得則是一次性獎勵一筆錢財。這個手段更加豐富了獎賞功勞的手段，不像之前太平軍中人人都是在聖庫吃大鍋飯，有功勞了大家都加官進爵，手段比較單一。這個章程頒行之後不但刺激了軍隊的榮譽感，也大大刺激了各行百業人等的上進之心，歷朝歷代何時明文規定會獎勵辛苦的工匠、大夫等三教九流的人物？
此令頒行之後，蕭雲貴也直接便用，封賞了一批能臣舊將，不少跟隨蕭雲貴的老將們被封為子爵、男爵不等，榮譽稱號也是發了一批，蕭雲貴更加許諾，整編結束後，有突出功績的會頒給第一批的勳章，蕭雲貴為了儘快完成整編，不介意下一陣勳章雨。
蕭雲貴選在這個時候頒佈各種和
