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1363年，朱元璋麾下一位將領不知道自己旗下有多少人馬，朱元璋因此而生氣。
次年，也就是公元1364年，朱元璋開始推行一種全新的標準的軍隊編制表，他將過去野戰軍中各翼元帥府改稱為‘衛’。‘衛’的編制為五千人，再分成一千人一組的千戶所，千戶所再拆分成百人一組的百戶所。
部隊指揮官都要放棄原有的稱呼和榮譽爵位，現在的人馬統一接受新的軍銜。朱元璋明確允許衛以下的軍銜世襲，軍戶世襲制同時也承襲了元代的兵制。
1364年明軍改制，在明軍中服役的老兵，即朱元璋在攻打陳友諒的時候親自帶領過的主力士兵被分派成17個衛，這個集團的老兵被准許可以完全退休。其他部隊的人則被派去南京地區搞軍屯，明軍在春天裡進行休整或勞動。在此之後，朱元璋本人不再負責具體的軍事指揮工作。
長江流域的各方勢力此消彼長，北方的民兵元帥們也出現了新舊交替。元政權默許的最大的割據軍團首腦察罕帖木兒死亡，他的侄子擴廓帖木兒整合了他的勢力強勢興起。
1367年11月，朱元璋釋出同時南征和北戰的指令，徐達和常遇春合作帶領二十五萬大軍去征服北方，而胡美帶軍進入福建，湯和與廖永忠帶水師沿海岸南馳，從海上進攻福建和廣東。
胡美水軍開抵福州，陳有定投降，明官軍完全拿下福建。
隨後廖永忠和朱亮祖將大部分水軍繼續南開，他們開抵廣州，為元軍鎮守廣州十餘年的將領何真投降。
接著是廣西，兩個月之後，廣西全線投降。
在北方，徐達和常遇春先下濟南，後是洛陽，民兵組織擴廓帖木兒的隊伍戰敗就撤退了，但元政府軍的抵抗很頑強，元軍強勢的抵抗在這時候失去了作用，明軍勢如破竹，馮勝拿下潼關。
公元1368年，正月初四，朱元璋正式稱帝，國號‘明’。
這一年，也就是洪武元年，明軍佔領大都，元亡。元順帝逃往上都，史稱“北元”。而公元1367年被稱為“吳元年”，朱元璋是在向其他人表示，這個時代需要一位新的皇帝。
朱元璋稱帝之後，他需要建立一個允許經濟運轉的和屬於和平時期的經濟體制，他還需要組織一個有效的文官政府來解決複雜的國家問題。
明帝國已經有了繼承中國悠久傳統的政體，但朱元璋在某種程度上繼承了元統治者窮兵黷武和世襲制的世界觀，明王朝後期還需要對儒家讓步，及對文人士子鄉紳這些社會精英階層做出讓步。
洪武二年，朱元璋建立官學制度，洪武三年，朱元璋重開科舉考試。
洪武二年，大將軍常遇春去世。
洪武三年，朱元璋為他的三十四名將領們封爵，這些人都幫助或者說他們合力成就了朱元璋建立大明王朝的盛大功業。
獲封受賞的人都是朱元璋在內戰時期的功勳將領，朱元璋最早的二十四個夥伴中還有二十位倖存者，其中六位獲封公爵，十四位獲封侯爵。被賜爵位者中還有來自敵軍的歸順者，例如胡美。
洪武五年，明使以朱元璋繼位告知琉球中山國，中山國遣使入朝，與明建交。
同是洪武五年，春，徵虜大將軍徐達領兵穿越戈壁遠征蒙古，他與蒙古政權下最大的武裝勢力擴廓帖木兒的大軍在外蒙古相遇並展開決戰，但這次徐達的遠征遭到慘敗，明軍損失“無慮數千萬”。
戰敗之後，大明被迫接受與蒙古人的軍事對峙，明軍也與蒙古政權開始了永久的邊境保衛戰。而大明軍隊與蒙古部落的邊境鬥爭在後來幾乎貫穿了整個大明王朝，蒙古政權也似乎從未被大明統治者徹底征服過。
洪武五年之前，明軍又征服了三個省，山西、陝西和四川。四川是明朝獲得的最後一塊領土，明軍對四川的征服並沒有使他們在西南開創個新的安穩的時代，相反的是，明軍後頭對西部和南部地區的非漢族的其他民族開展了一系列綏靖戰役。
洪武五年，因徐達戰敗，朱元璋的雄心在這場慘敗的戰役中受到抑制，他放棄了他曾經試圖爭奪整個外蒙古地域的宏圖霸業與遠大構想。
同年，洪武皇帝不再主要關心軍事問題，他過去準備征服整個元帝國的軍事理念開始收縮，明王朝對蒙古的軍事行動開始採取守勢，明朝以他們新修建的長城為依託，防守著以悍馬和騎兵見長的蒙古軍隊。
朱元璋的武力征服道路已經基本完結，他現在需要建立一個明確的實體政權制度來幫助他運轉國家。
洪
