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大關，這時候明行政機構大部分還是軍事性質的。
在此後兩年裡，明政權向蘇州擴充，明軍逐步奪取鎮江、常州、江陰和常熟，最後奪取了揚州。其中大部分戰役是徐達指揮的，這些勝利適當打擊了張士誠的領地和野心，而明軍這一階段的擴充也以佔領揚州告一段落。
安徽南部和浙江依然有待征服。1357年，朱元璋親自統軍佔領寧國，三個月後，明軍統帥胡大海領兵攻佔徽州。
又三個月之後，常遇春領兵佔領池州。池州之捷正是導致朱元璋與陳友諒大戰的開端。
1358年，胡大海全權率軍征討浙江，胡大海的主力在當年11月封鎖浙江的內陸城市金華，而金華抵抗到了次年1月。
1359年11月，朱元璋親自到金華統兵，當年12月，他成立了浙東行中書省。12月3日，胡大海自元軍手中奪取了處州。
朱元璋在元帝國的後繼政權中完成了浙江一省的分割形勢，明軍此時佔領了四個比較貧瘠的內陸府，而張士誠繼續控制浙江北部沿海的富饒之處。
期間常遇春曾經試圖突襲杭州，但未成功。同一時期，方國珍和他的艦隊繼續控制浙江的東部海岸。
到1360年開春，朱元璋的明政權領地為江蘇一部分，長江以南的整個安徽，及浙江內陸部分。這些地方的總人口在當時大概是780萬左右。
1360年，陳友諒以他的權力所繫王牌內陸水軍作為籌碼拿出來進攻南京，他企圖以他的強大的內河艦隊一舉摧毀朱元璋的勢力，但陳友諒的進攻稍嫌魯莽，他在南京城中了埋伏。
朱元璋奪取了陳友諒的一支完整的艦隊來擴充自己的水師，而這次對陳友諒強大艦隊的掠奪，使他在此後兩年中基本主宰了長江中游的水域領地。
1360年，明軍強大的諜報分子彙報陳友諒殺死趙普勝並打算東擴、掠奪明政權安徽南部領土的資訊，那是常遇春在1357年攻克下來的池州，陳友諒打算收復它。
陳友諒計劃來一次偷襲，朱元璋則令常遇春停止在他杭州炫耀武力的活動，又令徐達前往池州，與常遇春匯合。明軍兩位將領聯合伏擊了偷襲者，活捉三千俘虜，並且常遇春殺掉了大部分人，還派了幾個俘虜回去給陳友諒報信。
陳友諒的性格本就暴躁易怒，俘虜的報告迅速激怒了陳友諒，他打算用手頭的部隊去擊打明軍，陳友諒動用了十萬人，並且指揮艦隊向下遊。行駛，他和他的艦隊在1360年6月抵達太平。
明將領花雲拒不投降，他率領三千明軍在太平奮力抵抗了三天，陳友諒失去耐性，用艦隊中的大船去攻擊太平城垣，最後花雲被俘，但拒絕順降，犧牲於此戰中。
陳友諒得意洋洋，他預備以這種戰法橫掃長江水域。陳友諒將戰艦停靠在採石碼頭，他自己稱帝，政權為‘漢’，並派遣使節去見張士誠，請他從背面出兵，和自己一起前後夾擊南京。
陳友諒率領艦隊直航南京，朱元璋已經獲悉太平失陷的訊息，但他的水軍與陳友諒無法較之高下，有人提議放棄南京，轉而堅守南京城東的紫金山。
朱元璋決心迎戰，他要誘陳友諒上岸，並引陳友諒去指定地點，打伏擊戰。等陳友諒的水師到了大勝關，這裡港汊太窄，大船不能停靠，他又怕遇上埋伏，於是下令向長江返航。
由於當天暴雨天氣，朱元璋又經過精心設計，他和馮勝的軍隊進攻漢軍後衛，迅速贏了一仗。在南京這邊戰鬥進行的時候，胡大海從浙江進犯江西，這個行動開啟了明軍在江西的戰鬥全景。
南京一仗之後，陳友諒因他的失敗和給部隊帶來的損失，他在江西的地位發生了動搖。
1361年，朱元璋向長江上游進軍，他將陳友諒趕出九江。但朱元璋在還沒完全佔領江西的時候就離開了南昌，南昌發生叛亂，朱元璋只能調回武昌的軍隊來鎮壓南昌的叛亂。
接著是明軍隊伍中的浙江叛亂，因為朱元璋對南昌情況的一時疏忽，陳友諒取得時間來進行重新武裝，他預備接著進攻搖搖欲墜的明政權。
朱元璋知道明軍遠離南京，南京城有被張士誠的吳軍進攻的危險，但他認為他的部隊還是應該全力進攻陳友諒的漢軍。
1361年9月，朱元璋率水軍北上，他們先抵達安慶，俘獲了一些船隻，但沒有破安慶城，於是接著北上。
1361年9月23日，明艦隊到達鄱陽湖入口，湖口。
陳友諒在九江部署自己的水軍迎戰，在朱元璋航行的途中，明軍
