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日、貝託萊和他們的同事們的積極參與。特別是蒙日，他現在每天都在開羅與拿破倫見面，得以逐漸影響拿破倫，使其認識到以知識分子而不是政客作為組建政府以及政府執政方向的指導力量的重要性。拿破倫一貫喜歡視自己為“公僕”——當然是有學問的公僕（他甚至在釋出軍事命令時常常簽上“科學院院士”的字樣），他在業餘時間通常和考古學家、歷史學家和科學家在一起，而不是和粗魯計程車兵在一起。這些科學家的非凡創造力使法軍不必依賴歐洲本土的後方，而在埃及自給自足地生存下去。
嚴格說來，當時的埃及科學院有3大目的：一是在埃及傳播知識和技術；二是研究埃及的博物學歷史、工業和人文歷史；三是“為政府出謀獻策”——最後一項實際上是其主要的功能，它是埃及第一個完全有組織的科學智囊團。
科學院分成4個部門：數學部（包括蒙日和拿破倫）、物理和政治經濟部（包括解救過約瑟芬的前督政塔里昂）和文學藝術部（包括德農，未來的盧浮宮藝術館館長）。拿破倫還親自在缺乏人才的埃及從自己的軍官和士兵中選拔合格的科學院成員。
科學院院址設在被沒收的馬穆魯克宮廷，離厄爾費宮僅數英里路程。蒙日、貝託萊和其他院士就居住在這兩個宮廷裡面。同時，在那裡還有植物學、物理學和化學實驗室、科學資料和埃及古玩以及拉丁文、希臘文和阿拉伯文的圖書館。
科學院於8月23日在院長蒙日的主持下舉行了成立儀式，但其實際的院長無疑是副院長拿破倫。拿破倫給科學院的第一個課題是立即為法**隊改良麵包烤爐，以提高效率和生產量；研究啤酒花的可能的替代品，以便為軍隊提供啤酒；用最好的辦法淨化取自尼羅河的飲水以及適於埃及使用的風磨和水磨；建立鑄造廠和制硝廠以生產機器、工具和火藥。此外科學院還研究適用於埃及的民事和刑事司法制度和教育制度。拿破倫每週都要親臨科學院數次，能擺脫司令部來到這裡，他總是很高興。（當時由於法國海軍的失敗，使得拿破倫的遠征軍處於孤立無援的境地，因此他不得不想盡辦法自力更生，解決軍隊的給養和彈藥問題。）
科學院的設立為幫助拿破倫解決軍隊面臨的各種技術難題起到了不可估量的作用，同時，確立了蒙日在他心目中的無可辯駁的地位。回到法國以後，蒙日繼續擔任新建立的法蘭西科學院的工作，主持著在這個國家進行的一切科學研究工作。
蕭傑來到科學院的時候已經是上午10點多了，科學院的科學家們早已經開始工作了。由於蒙日在拿破倫心中的地位非常的高，所以蕭傑在他面前也一點都沒有擺皇儲的架子。
“院長閣下，不知道我和科學院合作的幾項研究進行的怎麼樣了？”蕭傑很隨和的問道。早在戰爭開始之前，蕭傑就委託科學院為他進行一些研究了，其中包括對鋼材質量的研究，為了製造出效能更好的大炮，他現在迫切的需要質量更好的鋼材。同時他還委託科學院進行蒸汽機的改良，在蒸汽機投入工業生產已經有幾十年的時間了，技術比起瓦特改良的蒸汽機也有了很大的進步。但這對於日趨快速發展的鐵路運輸以及蕭傑想要在日後建立的用蒸汽機推動的海軍戰艦來說還是遠遠不夠的，所以他需要科學院對蒸汽機做進不步的改良，是它的功率更大，重量更輕。第三個合作專案則是電力的研究了。蕭傑提出了磁能產生電的觀點，經科學院的科學家們證實以後，就立刻開始了發電機的研究，以便能快速的進行第二次科技革命。當年的日本就是第一次科技革命和第二次科技革命同時進行的，發展速度快的驚人，為了加快法國的發展，所以蕭傑把主意打到了這個上面。最後一個專案則是通訊科學的研究了，蕭傑的目的是為了能夠更有效的指揮部隊作戰，所以他迫切的希望無線電報能早日發明，那樣就不必像現在這樣軍隊的最高指揮官必須要和自己的部隊呆在一起了，電報機發明瞭的話，那麼完全就可以在巴黎指揮所有的軍隊進行戰鬥。但他也知道這些發明有的可能在很長一段時間裡都不會有結果，畢竟要科學技術積累到了一定的程度才會引起質變，產生科學的飛躍。蕭傑也知道這些是急不來的，但他相信只要他們現在開始這方面的研究了，那麼，最終就一定有成功的那一天。
“皇儲殿下，非常抱歉。您和我們合作的四個專案中除了前兩個取得了一些成績以外，後面兩個都暫時還沒有什麼進展。
聽到蒙日這樣回答，蕭傑也沒有任何的驚訝，這一切都在他的意料之中了，要是能那麼容易的就研究出來的話那就不用等到第一次科技革命爆發以後才開始
