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既然機構已經成立，光祿大夫迫不及待地投入到工作中去。相比較顧問權，光祿大夫們更為看重質詢權。畢竟，按照皇帝陛下已經批紅的相關律法，一旦光祿大夫提出質詢，相對應的政府、司法、監察機關必須做出回應。
不過，科舉出身的光祿大夫們還是覺得非常尷尬。他們最想質詢的，當然是安臥荊州的林純鴻，可是，一旦他們向荊州發出質詢，豈不是變相地承認了荊州才是大明的中樞？
不得已之下，他們為了發揮自己的價值，向朝廷發出了一系列質詢。
光祿院的成立雖然得到了皇帝陛下的背書，但包括皇帝陛下在內，幾乎所有官員都未意識到需要對光祿院發出的質詢需要回應，有的甚至對光祿院這幫傢伙指手畫腳頗為不滿，滿口抱怨之聲。
因此，這些質詢石沉大海，無人理會。
至於其他一些光祿大夫則沒有任何顧忌，接連向荊州發出了數道質詢。
比如，歸安茅元儀質詢荊州都督府，長江南北諸多重鎮城牆皆已殘破，為何都督府從未組織修繕城牆。
茅元儀可不是一般人，曾是遼東經略使楊鎬之幕僚，後來為孫承宗所重用，崇禎二年時任副總兵，率領舟師守護覺華島。覺華島失陷後，獲罪戍邊，後來返回故里。這次被推舉為光祿大夫。
都督府認真答覆道：戰爭形式已經發生了變化，火炮成了當前軍隊的標配。按照以前城牆的修築方法，無法抵禦火炮的轟擊。若要抵禦火炮，非得如襄陽一般修築稜堡。
然而，修築稜堡需要耗費巨資，鑑於當前長江南北並無實質威脅，不修也罷。
……
黃宗羲、黃道周等人覺得向荊州發出質詢不妥，向茅元儀等人發出嚴正警告。如茅元儀、鄭夢帆等輩則大不服氣，辯解道，朝廷不尊法度，不能履行中央的職責，不向荊州質詢向哪裡質詢？
雙方吵成一團，各不相讓。
黃宗羲、黃道周等人見這樣不是辦法，想來想去，提議就禁止向荊州發出質詢議題進行投票。
茅元儀、鄭夢帆雖然堅決發對投票，但也想不出更好的解決辦法，只好捏著鼻子認可了這一提議。
投票結果沒有任何意外，三百多票贊成，一百多票反對，禁止向荊州發出質詢的議案得以透過。
林純鴻知道投票結果後，對此一笑置之，並未放在心上。倒是黃宗羲覺得一人一票的辦法非常公平，又能避免無休止的爭吵，遂將投票制度固定化，但凡有爭議的議題，都採用這個辦法。
王大俊這次亦被推舉為光祿大夫，有了這個身份，王大俊當然要充分利？分利用。於是，王大俊向朝廷質詢：天津的商人，本為大明之子民，因地方官橫徵暴斂，遂採用了激烈的手段。既然商人們已經答應按照規矩納稅，為何朝廷直欲剿之而後快？
同時，天下人都認為地方改制能增加朝廷的收入，為何朝廷執意不從，非要以增設門卡關稅的方式盤剝子民？
王大俊的質詢，同樣石沉大海，沒有人理會。
……
朝廷一再藐視光祿院的質詢，讓最高階光祿院形同虛設，急壞了黃宗羲一幫人。
最高階光祿院的處境越來越尷尬，向荊州髮質詢，不許；向朝廷髮質詢，不理，最高階光祿院成立有何用？
正當黃宗羲一籌莫展時，光祿大夫黃道周、倪鴻寶、楊廷麟三人卻離開了揚州，乘船往北，最終抵達京師。
這三人被稱為“三翰林”，文章、風骨皆享譽天下。
只見三人昂首挺胸、目不斜視，徑直來到長安右門外，拿起大大的鼓槌，敲響了登聞鼓！
登聞鼓已有數十年未響，隆隆的鼓聲震動了整個京師，就連宮內朱由檢的心臟，也隨著鼓聲撲通撲通亂跳。
按照規矩，登聞鼓響，所涉案子由都察院審理。
當都察院接過三人的訴狀一看，不由得倒吸一口涼氣，三人狀告大明皇帝及大明朝廷！
這還了得！
都察院將三人扣留，立即報至朱由檢處。
朱由檢看了訴狀，一時大怒，正準備將三人下詔獄，卻被曹化淳阻止。
曹化淳只說了一句話：皇上忘了嘉靖朝囚禁海瑞一事？
朱由檢猛然醒悟，心道：差點被這幫沽名釣譽之徒算計了！朱由檢強壓住內心的火氣，吩咐都察院放人，不用理會這幫狂徒。
朱由檢自認為放了黃道周三人一碼，三人卻絲毫不領情，聲稱：都察院不審理完結此案，
