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果不其然，林純鴻還在半路上，就命令各路總督返回荊州，令張道涵準備召開閣幕屬擴大會議。
待到林純鴻一行抵達荊州，立即宣佈召開閣幕屬擴大會議。
擴大會議直直商議了十數天，林純鴻簽署了一系列命令：
將馬尼拉、淡馬錫、巴達維亞、達古潘的名字分別改為宋州、星州、椰州、碧瑤，並對四城進行改制，建立府縣制，成立宋州、星州、椰州及碧瑤四府，由海事都督府直轄。
將原海事都督府的軍事功能剝離，成立新的海事都督府，治所星州，除了直轄新成立的四府外，還負責管理南洋、西洋、大西洋所有據點及領土的民政事務。
最讓外界吃驚的是，林純鴻居然任命朱之瑜為海事都督府都督。
朱之瑜乃標準的儒生，除了上次跟隨林純鴻南巡外，從未離開過大陸，這次居然一下子跑到了天涯海角，擔任勞什子的海事都督府都督。
難道朱之瑜失寵了？還是林純鴻希望朱之瑜到天涯海角傳播華夏文明？
除了參加閣幕屬擴大會議的重臣外，誰也不知道原因。
同時，林純鴻還發布命令，海事都督府下，設立南洋總督府及孟買總督府。
南洋總督府，治所坤甸，負責呂宋、婆羅洲、爪哇、蘇門答臘諸多島嶼之民政。
彭新就任第一任總督。
孟買總督府治所孟買，負責印度半島區域內的民政及商貿，第一任總督乃陳力子。
林純鴻又命令，將海事都督府的軍事職能剝離出來，在廣州單獨成立海軍都督府，下轄東洋艦隊、西洋艦隊、緝私隊、龍虎軍團、龍衛軍團。陸世明任海軍都督府都督，梁楓提了一級，任海軍都督府副都督兼參軍總管。西洋艦隊司令由宋書陶接任，龍虎軍團統帥由王大貴接任。
除了上述機構變化外，荊州高層的人事變化也很大。張兆就任都督府副都督、田楚雲任都督府參軍總管、狄威任都督府後勤總管。
鑑於江南各省陸續設立布政使司，林純鴻命令取消江南總督一職，將郭銘彥調回荊州，就任職官司總管。
同時，林純鴻將宋應星提拔一級，擔任科教司總管，兼任行知書堂祭酒。
至於工程院，則由戴哲接管。
林純鴻又在科教司下，成立科學院，由方以智擔任院長。林純鴻還專門設立格物基金，鼓勵大明人從事基礎科學研究。
郭銘彥不再兼任工商司總管，由鄭天成接任。空出的財政司總管由薛一謙接任。
監察府內，增設一名副府令，由張傑夫接任，同時主管大理司，負責審理重大刑案。
……
任何人，在某一職位上呆的時間太久，總會冒出一些莫名其妙的問題。無論黃宗羲，還是熊文燦，都勸過林純鴻無數次，說高層需要輪調。
林純鴻一直以大局未定進行推脫。
因此，當變動來臨時，幾乎所有人都覺得來得太遲。
不過，這一連串變動太多，直讓整個大明眼花繚亂。大明才智之士車載斗量，馬上抓住重點，將焦點集中在朱之瑜就任海事都督府、張兆返回荊州、張傑夫至監察府任職等變動上。
張傑夫在林純鴻身邊呆了將近七年，如果這樣還不算心腹，恐怕天下任何人都找不到一個心腹了。張傑夫掌管大理司，主管天下刑案，如果林純鴻沒有興大獄、整肅官場的意思，恐怕連街頭的老太太都不相信。
幾乎所有人都相信，荊州城內，暴風雨即將來臨。未來幾年，到底誰會倒黴，誰也不知道。
至於張兆，作為林純鴻的第一個封疆大吏，權力大得沒邊，行政、軍事一手抓，幾乎掌握著和大明差不多的疆域。
林純鴻令張兆返回荊州，難道擔心張兆坐大，威脅荊州的權威？
還是林純鴻擔心周望把持都督府，造成所謂的外戚干政的威脅？
與或兩者皆有之？
朱之瑜就任海事都督府都督，大明才智之士迅速將這件事與另外兩件事聯絡在一起。
一是林純鴻若干年前曾一針見血地指出過，大明內閣存在一個致命弱點，內閣首輔基本都來源於翰林院，地方官無一例成為內閣首輔。事實確實如此，凡是金鑾殿登科後，若被任命為地方官，則表明這輩子擔任內閣首輔無望。
林純鴻認為，連地方行政首腦都未擔任過，如何執掌龐大的大明？
朱之瑜從未擔任過地方行政首腦，這次遠赴天涯海角，是否有積累資歷的意思？
