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石井四郎斜楞著眼睛看了一下頓足捶胸後悔莫及的牛込憲兵隊，滿面喜悅地走出了陸軍監獄。他了解到在突然釋放的背後，是他的上司——軍務局長永田鐵山（當時是大佐）做了工作。
從此以後，對石井四郎來說，永田鐵山就成了他終生難忘的“救命恩人”。永田確實是拯救石井四郎軍人生命的恩人。“這個即將有所作為的人，被當做罪人用繩子捆綁起來，太可惜了”，於是，永田鐵山在陸軍上級機關裡上下奔走。這是石井四郎至死也難以忘懷的。
在隊長室裡放置永田胸像的背後，隱藏著有關濾水器的大貪汙事件。
著眼於鼠疫菌
石井四郎有著把細菌轉用於武器的這種惡魔的想法，併產生了在日本完成細菌戰戰術的野心。其契機是1930年春天赴歐洲的視察旅行。
雖說這次是視察，其實後來據石井四郎自己講，是一次同駐各國日本大使館、領事館保持著聯絡的秘密偵察，也就是說，是一次軍事間諜旅行。
派石井四郎到歐洲去的是當時陸軍省的一個課長永田鐵山大佐。那時，石井四郎是一等軍醫，作為“石井式濾水器”的發明者，他的名字在陸軍領導人中開始有所知曉（當時還在研製中，實際上兩年後才研製出成品來）。
1931年秋，石井四郎結束對歐洲各國的“間諜旅行”回到日本。在他回國前的9月，在關東軍的策劃下，發生了柳條湖事件。
石井四郎一邊旁觀著日中戰爭擴大，一邊為了報告在歐洲一年半的視察成果，前往陸軍省訪問了永田課長。據說，當時，石井報告說，歐洲列強尤其是納粹德國都在進行把細菌轉用為武器的嘗試，主張“日本如果不立即開始進行基礎研究，那就趕不上馬車了”。
石井四郎回國後不久，便開始在陸軍第一醫院工作，並晉升為三等軍醫正，兼任陸軍兵工總廠的工作，又是陸軍軍醫學校的教官。
據認為，石井四郎從這時起開始著手進行細菌的毒性研究，不，並非單純的細茵毒性研究。石井四郎成了設定於東京新宿區若松町的陸軍軍醫學校內的陸軍防疫研究室（有關人員的證詞說，在1933年時叫別的名稱，這一點尚未弄清）的負責人。雖說使用助手進行小規模的研究，但是卻開始了相當有組織、有系統地培養細菌和感染實驗工作。
《陸軍軍醫學校50年史》（1936年11月7日發行）在談到石井四郎和新設的“防疫研究室”之間的關係時，有如下一段記述：
其三設立防疫研究室
設立宗旨：防疫研究室作為有關防疫作戰業務的研究機關新設於陸軍軍醫學校內。關於新設這一機構，1928年陸軍一等軍醫石井四郎作為國外研究員訪歐期間察知各國形勢，深感我國缺乏相應設施，乃國防上一大缺陷。1930年結束對歐美的視察回國後，他指出國防上這一大缺陷，並向上級呈報說建立這種設施乃當務之急。爾後，作為陸軍軍醫學校教官，他利用指導學生之餘暇，徹夜不斷進行實驗和研究。1932年，在小泉教官的大力支援下，獲上級批准，在軍醫學校內新設了以該軍醫正為首的研究室。
開設防疫研究室1932年8月，石井軍醫正等五名軍醫新配屬給陸軍軍醫學校，開設了防疫研究室。當時，把防疫部的地下教室加以改造。為了進行基礎研究，他們夜以繼日地進行作業。
隨著防疫研究室作業的進展，感到設於防疫部地下室研究過分狹窄，石井軍醫正向上級呈報意見的結果，在近衛軍醫部部長小泉的支援下，從靠近軍醫學校的近衛騎兵團佔用的土地中讓給他們5000餘坪（每坪3。3平方米——譯者注），著手新建防疫研究室。1933年4月，以約20萬日元的施工費開始施工，同年10月竣工。
新研究室是一幢兩層的鋼筋水泥建築，佔地約797平方米，總建築面積為1795平方米，附屬建築物有39。7平方米的木造動物房，863平方米的辦公室、變電站、機械室和倉庫等。
設立滿洲防疫機構隨著基礎防疫研究的進展，為了進行防疫實地應用研究，石井軍醫正排除萬難，挺身奔赴滿洲，為建立防疫機構而盡力，並取得各項研究的實際成績。駐滿洲各部隊同內地保持著密不可分的關係，他們為了在防疫方面滿足皇軍作戰上的要求，於1936年新設了防疫機構。
該機構同內地防疫研究室遙相呼應，不僅成為皇軍防疫的中樞，而且在防疫方面為完成駐地作戰上的重要使命而向前邁進。
“在軍醫學校任教官時代，石井就使用
