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這一風波平息後，倭方代表以勝利者的姿態，繼續進行威脅和訛詐。
美國顧問科士達則想方設法慫恿李鴻章趕快接受條件，以便從中漁利。在1895年4月1日舉行的第四輪談判中，倭方提出十分苛刻的議和條款，要求中方在三到四日內答覆，主要包括：確認朝鮮獨立；
清政府向倭賠償軍費庫平銀三億兩；
清政府割讓臺灣島及其附屬島嶼、澎湖列島、遼東半島給倭；清政府向倭開放北京、沙市、重慶、蘇州、杭州、湘潭和梧州七處通商口岸；長江、西江、吳淞江及運河等內河航行權範圍；倭駐軍地點及所需軍費。
李鴻章對倭的獅子大開口大為震驚，他一面奏報朝廷，一面對除“確認朝鮮獨立”以外的條款進行逐條駁斥，並採取拖延戰術。
其後在倭的要求下，清廷改命李經方為全權大臣，隨李鴻章一起議約。伊藤博文則在4月8日約見李經方，警告他一旦談判破裂，“北京之安危亦有不忍言者”，要求儘快接受日方條件。
4月9日，中方將條約修正案交予倭，修改內容主要是將賠款減為1億兩和縮小遼東半島的割讓範圍。次日（4月10日）舉行的第五輪談判中，伊藤博文提出日方的最後修正案，其中對遼東半島的割讓範圍適當收縮，賠款減為2億兩，通商口岸減為4處，這是東洋人根據西方國家的態度做出的一點讓步，但仍十分苛刻。伊藤對李鴻章說：“中堂見我此次節略，但有允、不允兩句話而已。”
李鴻章問：“難道不準分辯？”伊藤博文回答：“只管辯論，但不能減少。” 此間，李鴻章每日給總理衙門發回大量電文報告會談進展情況，往來的電報均被日方截獲破譯。伊藤由此完全掌握了清政府決意迴避談判破裂局面的底線，同時也意識到拖延談判對東洋人不利，故採取了更加強硬的立場。
而清廷則一直對東洋人提出的要求束手無策，幾番折衝後看見事情已無迴旋餘地，遂於4月14日電諭李鴻章：““原冀爭得一分有一分之益，如竟無可商改，即遵前旨，與之定約”。
4月15日，清廷與倭雙方舉行最後一輪（第六輪）談判，會談從2時半延續到7時半，其間李鴻章苦苦哀求減輕勒索，但均遭拒絕。陸奧宗光對此記錄道：“會見的時間雖長，散會時已到上燈時間，而其結果，他（李鴻章）惟有完全接受我方的要求。李鴻章自到馬關以來，從來沒有像今天會晤這樣不惜費盡唇舌進行辯論的。
他也許已經知道我方決意的主要部分不能變動，所以在本日的會談中，只是在枝節問題上斤斤計較不已。例如最初要求從賠款二萬萬兩中削減五千萬兩；看見達不到目的，又要求減少二千萬兩。甚至最後竟向伊藤全權哀求，以此少許之減額，贈作回國的旅費。
此種舉動，如從他的地位來說，不無失態，但可能是出於‘爭得一分有一分之益’的意思。”1895年4月17日上午11時40分，李鴻章代表清政府與東洋人在馬關春帆樓簽訂喪權辱國的《馬關條約》，其主要內容包括：清政府承認朝鮮獨立；割讓臺灣島及其附屬島嶼、澎湖列島與遼東半島給東洋人；賠償東洋人2億兩白銀；開放沙市、重慶、蘇州、杭州為通商口岸；允許倭人在通商口岸開設工廠。
1895年5月8日，中日兩國在芝罘（今山東煙臺）交換兩國皇帝的批准書，條約正式生效。
按：《馬關條約》包括《講和條約》11款，《另約》3款，《議訂專條》3款，以及《停戰展期專條》2款。中文字稱“清廷”，日文字稱“清國”。
大清帝國大皇帝陛下及大東洋人帝國大皇帝陛下為訂立和約，俾兩國及其臣民重修和平，共享幸福，且杜絕將來紛紜之端，大清帝國大皇帝陛下特簡大清帝國欽差頭等全權大臣太子太傅文華殿大學士北洋通商大臣直隸總督一等肅毅伯爵李鴻章、大清帝國欽差全權大臣二品頂戴前出使大臣李經方、大日帝國大皇帝陛下特簡大東洋人帝國全權辦理大臣內閣總理大臣從二位勳一等伯爵伊藤博文、大本帝國全權辦理大臣外務大臣從二位勳一等子爵陸奧宗光為全權大臣，彼此校閱所奉諭旨，認明均屬妥實無闕。會同議定各條款，開列於左：第一款
清政府認明朝（鮮）國確為完全無缺之獨立自主國。故凡有虧損其獨立自主體制，即如該國向清政府所修貢獻典禮等，嗣後全行廢絕。
第二款
清廷將管理下開地方之權並將該地方所有堡壘、軍器、工廠及一切屬公物件，永遠讓與日（倭）。
第一、下開劃界以內
