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而後，劉君韜決定將醫護堂劃歸到民部轄下，成立醫護司，司丞為岑熵。
醫護司負責發展醫學、培養醫護人才，研發各種藥品、醫療手段。
劉君韜將會在玉山鎮成立醫護學堂，由岑熵指派專門的醫師進行教學，培養醫護人才。
同時，劉君韜還決定在山東各縣設立醫護所，在各州城設立醫護堂，全面開放向各地軍民百姓提供醫療服務，並且收取少量的錢財。
當山東鎮大軍出征的時候，醫護司也將調集人手，根據實際需要補充到大軍之中。
雖然經過改革之後，各營之中都已經配備了常備的醫師，但是畢竟人手有限，還是需要醫護司提供協助的。
民部的改革事務全部確定下來之後，部長郭永忠便開始忙碌起來。
雖然郭永忠此時已經是頭髮花白，但是依舊是老當益壯，特別是看著玉山鎮越發的興旺，看著劉君韜銳意進取，心中便欣喜異常，感覺渾身上下似乎有用不完的力氣！
而劉君韜也是開始拼盡全力，在處理完民部的改革事宜後，便開始操刀對探查部進行改革。
劉君韜決定改探查部為情報部，部長依舊為劉子安。
同時，原先探查部下轄的坊間司、朝堂司、藩邦司基本上不會有太大的變動，司丞依舊為劉尚、劉忠、劉夏三人。
不過，劉君韜決定增設內政司，司丞為劉子安舉薦的郭翼，此人原是藩邦司的一名人員，為人十分乾練，對稽查事宜非常在行。
內政司負責對山東鎮和玉山鎮的各方面進行監管，對貪墨、違規、擅權等進行稽查、上報，說白了內政司就是山東鎮對內的探查部門。
之前商部出的幾次貪墨案件已經給劉君韜敲響了警鐘，所以便在情報部成立了內政司，專門對內部各方進行監管，防止日後再發生類似的案件。
此外，劉君韜還準備在此基礎上完善對內部權力的全面監管，但是前提是在不影響辦事效率的基礎上，決不能將監察機構發展成御史十三臺那樣的“嘴炮”機構！
劉子安接到整合命令之後，便開始著手進行改革了，並且按照劉君韜的命令開始調配人手。
幾乎在同一時間，劉君韜也將贊畫部部長藍思齊找了過來，開始對贊畫部進行改革。
此番改革，劉君韜對戰略司和參謀司並沒有太大的變動，只是招募了不少的人才充盈進兩司之中，充實了戰略司和參謀司的實力。
同時，劉君韜下令在贊畫部增設檔案司，司丞為藍思齊舉薦的同鄉人才，名叫曹繼旺，是個落魄的秀才，不過卻對案牘之術非常在行。
檔案司負責收集各種戰略、歷史、情報資料，以及大明周邊各方胡族的資料，並且將所有的資料存檔備查，在總兵府內設立案牘庫房，為戰略司和參謀司做出決斷提供資料支援。
這也是劉君韜為了實現山東鎮的資訊化做出的一大舉措，這也只是第一步而已，將來還會在各部逐漸進行深化的改革。
贊畫部的改革其實是各部中相對比較簡單的，只需要在人手上進行調整，增設一個檔案司便可，不需要像其餘部門那樣幾個機構都需要調整。
不過贊畫部部長藍思齊則是接到了劉君韜的命令，準備卸任贊畫部部長一職，贊畫部部長由原參謀司司丞張玉清繼任，參謀司司丞一職由張玉清副手趙炳義繼任。
當藍思齊接到命令開始忙著改革贊畫部的時候，劉君韜依舊沒有停下來，還在調集人手。
此番改革，劉君韜準備增設中樞部，以後各部的上傳下達、各部之間的相互配合，都要經過中樞部向自己稟報，自己的各項命令也會由中樞部下達。
而中樞部部長一職則是由原贊畫部部長藍思齊就任。
中樞部下設文案司、政令司、發展司三個部門。
其中，文案司司丞為楊啟凡，此人是玉山鎮的老人，之前一直在贊畫部任職，是一個行文高手，並且對大明律十分在行，此番成立文案司，劉君韜第一個想起的人就是楊啟凡。
文案司負責山東鎮上下所有文書、案牘的起草、上傳下達、存檔備查等事宜，作為劉君韜的“秘書處”來使用，是劉君韜對各部下達命令的執行部門。
政令司司丞為賀之命，此人是張驍軍舉薦的人才，原本是張秋鎮上的一名閒散通判，本來已經準備賦閒在家了，機緣巧合之下被張驍軍認識，舉薦給了劉君韜。
賀之命此人熟讀大明律，對各衙門的上傳下達的運轉規則十分在行，出任政令司
