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待命玄帶著莫道的元神去幽冥之地輪迴時，老子他們就紛紛返回聖人道場去了，一副對人皇之爭不聞不問的樣子。
這樣一來，本來懼於聖人直接插手的蚩尤一下子又恢復了信心，卻是打算乘著比方金仙受創，一舉擊敗軒轅。
雙方卻是因此再次爆發了一場慘烈的大戰，無數的修士化為灰灰，連元神都未能倖免逃出輪迴轉世。
最終，還是兩教金仙更勝一籌，再加上龍族和麒麟兩族金仙的臨陣脫逃，蚩尤一方徹底大敗。
這次軒轅黃帝顯然想畢其功於一役，一舉奪得人皇之位，是故死死追著敗逃的蚩尤。
最終逃到九黎部落核心處的蚩尤避無可避，竟是被逼的使用秘法以自身替代那先前的巫士，更是生祭了無數的族類。
如此大的代價卻是再次成功擺下偽都天神煞大陣，不過這次召喚的不是怪獸，更像是上古魔神。化為上古魔神的蚩尤揮舞著巨斧宛如盤古一般。
魔神蚩尤不僅手中的斧頭威力強大，等閒金仙不敢硬接。而且這魔神蚩尤肉身更是堅硬無比，兩教金仙的道術和法寶偶爾能成功攻擊到蚩尤身軀上的，卻是造成不了任何傷害，肉身之強直追上古祖巫之軀。
後來，不知這軒轅從哪得來一柄血紅的利劍，在眾金仙的護持下，卻是一劍斬到蚩尤頸脖處。這詭異的利劍竟是一下子斬斷魔神蚩尤的腦袋。
隨後在眾人驚詫的目光中，軒轅黃帝似乎還不放心，又將蚩尤的四肢斬下，命麾下修士將蚩尤六部分身軀埋在洪荒六座大山之下。
並求得兩教金仙設下無上玄妙陣法，封印了埋葬蚩尤屍首之地。九黎部落的蚩尤已滅，剩下的族人皆歸順於皇帝部落。
至此，得到三清支援的軒轅黃帝終於統一洪荒人族諸部落，成為共主人皇。成為人皇的軒轅黃帝為表現大度和氣概，高度讚揚了棄暗投明的炎帝部落，並改黃帝部落名稱為炎黃部落。
他將那把斬卻蚩尤的血紅之劍稱為軒轅劍，因常佩戴於身，被族人另稱為人皇之劍。不過對於那些曾經幫助蚩尤對抗自己的勢力，軒轅黃帝可就沒那麼大度了。
在兩教支援下，軒轅黃帝在成為人皇后的百年間，先是率領一眾金仙征討了一直困於海外的龍族，藉口是龍族不尊天道，相助蚩尤屠戮洪荒人族。
軒轅黃帝用軒轅劍屠殺了九條金仙境界的真龍，並將他們的身軀和元神用來製作一方寶印，後來亦是成為一件了不得的法寶。
哪知軒轅此舉算是徹底惹怒了龍族，自從上古三族大戰之後一直閉關不出的祖龍終於現身。
祖龍退往海外前就是大羅之境，如此多年過去，修為境界不知增了幾何，這軒轅以其金仙修為哪是對手。
縱然他喊出三位聖人的名頭，卻是不想這祖龍毫無畏懼，揚言要殺了軒轅以報族人被滅之仇。
後來，好在白霧山的命玄道君出現，及時出手救下軒轅黃帝，並於祖龍大戰一番，最終卻是達成協議解決此事。
龍族與人族的協議卻是祖龍不再追究人皇屠戮龍族金仙之事，並表示以後也會主動保護洪荒人族；而軒轅必須以人皇之尊向天道立誓：龍族此後為人皇之位的守護神獸，凡人族所居之地，龍族皆可去的。
這軒轅並不知道上古辛密，只得礙於祖龍的威勢同意此事。畢竟自己這方沒什麼損失，而且恰逢天庭玉帝敕封龍族管理天地間與水有關之事，在軒轅看來這龍族今後對人族的發展有大大助益。
隨後軒轅黃帝學著解決龍族之法，又解決了麒麟一族，從此這麒麟就成為人族的聖德聖獸，乃有祥瑞之意。
這軒轅也打過上古三族的最後一族鳳族的注意，奈何打聽許久發現，這鳳族族長的血脈竟是白霧山上的孔宣金仙，命玄道君的愛徒之一，隨即打消了這個念頭。
如此，內憂外患都解決之後，人族在軒轅黃帝的帶領下又迎來新的發展。此後一千年的時間內，人族的實力卻是恢復到人皇之位爭奪前的狀態。
雖然軒轅乃廣成子和通天的弟子，算起來也是聖人門下第三代弟子。而這軒轅也很爭氣，竟是在人皇之位千年時間內，將修為提升至半步道君的境界，只差一步就可成為不死不滅的道君。
奈何，千年時間一到，之前被莫道毀去肉身的玄都卻是再次帶著老子的法旨，讓軒轅黃帝卸去人皇之位前往火雲洞靜修。
不過這軒轅退位之前卻是選好了接班人，就是他在位千年內新成就金仙境界的修士少昊。不過這少昊為以示對軒轅的尊敬，不再自稱為人
