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導這支後來被稱為“北洋軍”的武裝，袁世凱奠定了“北洋系”的基礎，他本人也成了“軍閥之父”。他早年的部下中至少有10人在辛亥革命後成為幾個省的軍事長官，有5 人（袁世凱本人除外）成為民國時代北京政府的總統或總理。
李鴻章和劉坤一分別於1901 年和1902 年去世；此時40多歲的袁世凱成了滿清建立新式軍隊的主要人物。他繼李鴻章擔任直隸總督，在任期（1901 年至1907 年）內與滿清上層密切合作，其中就有以腐敗著名的慶親王。此人自1884 年恭親王失勢下臺後就一直把持著清廷總理衙門的最高職位。袁世凱建立的北洋軍被分為相當於師一級建制的6 個‘，協”，附屬於這6 個協的有6 所各具特色的軍校，軍隊還設有自成系統、具體而微的總參謀部。加之士兵訓練有素，軍事演習給觀者以深刻的印象，各省於是競起仿效北洋軍建立起自身相當不完備、更談不上有任何實際效用的地方新軍。
對於已經被各省與各地方勢力之爭消耗得筋疲力竭、支離破碎的清王朝而言，政治形勢使真正的軍事中央集權成了不可能實現的幻想。上以只年的軍制重組使中國軍隊的主要控制權仍然留在省一級的地方機構中。建設新軍的藍圖要求建立36 個協，但已建立的新軍缺乏指揮、充分的財政和工業支援這些至關重要的構成要素。這一時期的創新主要體現在新式軍校的建立上，如北京附近的保定軍事學堂。這些軍校此時造就了一批新的學者型軍官，他們是充滿愛國熱情的軍事活動家，既懂近代軍事技術，又有學者們重整河山的責任感。這一時期，越來越多的日本教習受聘於軍校，以替代先前高薪聘任的德國教習。中國軍校學生也被派到日本的軍校學習。在日本，中國軍校生們看到鄰國的榜樣，再一次激起了更大的愛國熱情。浙江人蔣介石當時18 歲，他於1 例萬年人保定軍校，於次年赴日本留學。
計政改革：中央對地方的權力平衡
繼承明初體制並在此後的4 個多世紀中不斷得到完善的清朝政體，到1800 年為止，與中國以農業為本的需求還是相當契合的。但是正像習於騎射的軍隊突然被鐵路和步槍所取代，木桅帆船換成了蒸汽輪船，這個帝國政府同樣也已變得過時。此時的中國需要強勁有力的中央機構以前所未有的積極性和速度執行新的職能，實施新式法律和推行財政程式，並且被各省份更充分地承認為它們的宗主和協調者。然而這樣一箇中央集權的國家政府將打亂長期以來北京與各省之間的平衡。當時各省政府仍屬平行於中央政府的部門，它們依然直接向皇帝上書陳事。各行省只是由設在京師的六部提供指導和幫助，而不是接受命令和控制。對北京而言極其不幸的是，隨著19 世紀後半期漢族士紳階層參與平叛運動而產生的地方主義，這時由於各通商口岸工業的發展、地方貿易收人的增長、地方軍隊的擴大以及私人官僚機器的膨脹，也得到極大的助長。所有這些新情況都加強了一些主要地方省政府在整個權力結構中的力量，這與加強中央政府權力這個日益緊迫的需求是背道而馳的。中央集權過程同時面臨著舊利益集團官僚機構的無動於衷和新地方利益集團野心勃勃的凱覷。
在北京推行的改革通常是以建立與舊的政府機構並行且隸屬於舊機構或是在舊機構的框架內運作的新的代理機構。在新機構不斷成長、日臻完善的同時，舊機構逐步萎縮。按照政府與各國簽訂的關於義和拳事件善後事務的草約，總理衙門於1901 年改為一個建制完整的外交部，稱作“外務部”。19 0 5 年，巡警部成立，即後來的“民政部”。在1000年的官制重建工作中，新設的教育部接管了原屬禮部職司的督察糾幼官員的職能，而舊有的兵部，本來由文官任事，現在被擴充成了陸軍部，由野心勃勃的滿洲將領把持。以沿海省份建立各式各樣的“局”為標誌的革新舉措也漸漸為設在北京的新式政府部門採納。當各地招商局推動了一些先進省份的商會活動、商務報刊的發展和商務及實業學校的興盛後，招商部於1903 年在北京建立。它逐漸吸收了舊的工部，最終形成農工商部。它的主要職司是促進鐵路建設，舉辦實業成果展示會，推廣標準度量衡，主持各類企業的註冊，制訂礦務條例，完善公司法，管理農會和其他一些近代化舉措。其中還有一項很別緻的舉措，即向有突出實業成就者授爵。
僅僅在北京建立一些新式政府機構，相對於在全國範圍內推行革新還是較為容易的事。正如列強在對待日本時的態度一樣，他們堅持認為任何取消治外法權的舉措都必須以法律
