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結束，在和林留一支普通軍隊後，回到中國。1261年年底，阿里不哥捲土重來，驅逐了這支駐軍，並進軍迎戰忽必烈。在戈壁邊境上打了兩仗。第一仗忽必烈獲勝，然而；他再次錯誤地沒有追擊阿里不哥，10天后打了第二仗，儘管戰鬥十分激烈，但卻沒有決定性的勝負。站在阿里不哥一邊的有窩闊臺家族的首領、塔爾巴哈臺的葉密立地區的統治者海都和察合臺宗王阿魯忽（alghll或alllghli），阿里不哥曾幫助阿魯忽從其堂兄妻、兀魯忽乃手中奪得察合臺兀魯思。由於這一支援，阿里不哥的勢力與忽必烈的勢力相匹敵，直到將近1262年年底，負責後勤的阿魯忽因為付出太多，看不到彙報，在忽必烈的引誘下背棄阿里不哥投靠忽必烈。這一出人意料的背叛改變了形勢。當忽必烈趕走了阿里不哥的人，重新佔領和林時，阿里不哥被迫在伊犁河流域與阿魯忽作戰。阿里不哥被阿魯忽和忽必烈兩軍拑住，疲於奔命，最後於1264年投降忽必烈。忽必烈寬恕了他，但是，處死了他的一些主要支持者，包括聶思托里安教丞相孛魯合。為謹慎起見，他把阿里不哥作為重要俘虜囚禁起來，直到1266年阿里不哥去世。
阿里布哥與忽必烈的爭奪戰結束後，窩闊臺的孫子海都以葉密立為據點，聯合朮赤系諸王展開了反對忽必烈的鬥爭。八剌遵照忽必烈的旨令，率軍攻打海都，佔領了其中的一部分領土。而朮赤系的忙哥…帖木兒又派別兒哥率5萬騎兵前去援助海都，使海都重新召集起已四散的軍隊與八剌交戰，結果八剌失利。朮赤、察合臺、窩闊臺系諸王都想獨佔河中地區，但為調合彼此的矛盾，1269年在阿姆河以東的塔剌思草原集會決定：將河中地區分成三份，分歸八剌、海都和忙哥…帖木兒管轄。會上還決定諸王聯合起來共同反對忽必烈。塔剌思會議後，八剌與海都結為”安達（義兄弟），他們清除了忽必烈的擁護者，並沒收其資財，繼而將矛頭指向託雷系的伊利汗國。
1302年海都因傷去世後，都哇成為察合臺汗國的實際統治者，他把汗國的東部土地交給海都的兒子察八兒統治。但察八兒卻想控制整個察合臺汗國，與都哇發生了權力之爭。都哇和察八兒之間的鬥爭，為元朝廷干預汗國之事提供了方便。元朝統治者都支援都哇，迫使察八兒屈從了都哇。從此，窩闊臺系失去了對察合臺汗國的統治權，元朝名義上的宗主國地位才算確立，但是因為忽必烈違反蒙古法統，對於其他汗國的軍事指揮權卻徹底失去了——當然，其實到了元順帝逃亡漠北的時候，察合臺汗國已經自顧不暇，內戰的正開心，所以王保保寧可求助於瓦剌也不求著察合臺汗國幫助北元復國……
這些還都是大的戰鬥，忽必烈時代因為忽必烈自身的根基在華北，法統也是按照中原法統，和蒙古本部的貴族零星衝突不斷。忽必烈雖然在蒙古本部沒玩屠城這套，不過把反對他的牧民當奴隸賣卻是很來癮。
其實要是比起來對草原民族的打擊，因為熟悉草原虛實的緣故忽必烈遠遠比衛青霍去病還大得多——這種政策的好處就是減少了漠北草原的蒙古貴族對佔據中原的蒙元的威脅，【但是依然有漠北為根基的武宗孛兒只斤海山擊敗以華北為根基的叔叔阿難答的事情，如果說明朝靖難是軍事政變的話，那蒙元的軍事政變可就多了去了。】壞處就是被打回草原之後，殘破的草原無力支援反攻中原。
蒙元不到百年滅亡，一是先天根基不足，造成了政局不斷的動盪，二是同時統治漠北加中原超過了當時政府能力的極限，別說是沒啥文化的蒙古人，換哪個民族也是一樣。
說穿了，就是體制問題，不是簡單的軍事問題。
僅僅就軍事問題而言，其實蒙元不到百年滅亡的主要原因是紅巾軍三路北伐，導致元朝脆弱的政府土崩瓦解——察罕帖木兒死後，他的繼承人兼外甥王保保和他手下的部下在中原打成了一鍋粥，才被朱元璋撿了便宜。
不能說朱元璋推翻元朝的過程中不重要，畢竟任何事最難的就是最後的百分之一——但是把推翻元朝的功勞全部授予朱元璋，而對民族英雄劉福通視而不見，這樣理解歷史，就讓人無語了。
察罕帖木兒，王保保，這種明朝建立的對手秦良玉自然是知道的，不過海都，阿里不哥等人，秦良玉自然就不知道了，至於韃子自相殘殺的事情，身為邊將的秦良玉自然知道，不過韃子建立王朝之後，不是簡單的無道，還是沒有章法繼續自相殘殺到這個地步秦良玉自然就不知道了。
而劉福通反蒙元立了大功，最後是死在誰手裡呢？《明太祖實錄》在靖難以及朱棣登基
