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些貸款竊取了大量長期以來求之不得的“好處”——不僅使段祺瑞政府“欣然同意”日本接管德國在山東侵略特權的要求，還以借款抵押名義進一步攫取了在東北地區修築鐵路、砍伐森林、採礦的權利；派遣軍官為北京政府訓練“參戰軍”；又透過訂立《中日陸軍共同防敵軍事協定》、《中日海軍共同防敵軍事協定》，獲得日本在中國駐兵和自由進入中國東北、蒙古的特權。日本實際上幾乎全面控制了中國的中央財政、稅收、銀行、電訊、警察和軍隊。
當時的日本內閣總理寺內正毅炫耀說：日本從這些鉅額投資中所得到的利益，“何止十倍於‘二十一條’”。【1。 段祺瑞政府和袁世凱政府一樣，都是日本的傀儡政府。並且，這些小人得志的北洋軍閥一代不如一代。這些賣國協定與隨後的日本侵華戰爭關係日趨密切。2。 可悲的是，雖然國人對日本透過段祺瑞政府實施的“菊分根”政策有所抗議，但總體上十分順利，甚至可以說是幾乎沒有受到阻礙，大量國家權益被輕易竊取。】
與此同時，段祺瑞還為加強獨裁，藉口張勳復辟導致民國傳統中斷，拒絕恢復《臨時約法》和國會，準備以梁啟超“研究系”和各省督軍指派代表組建新的臨時參議院，制定新約法，組建新內閣。【自武昌起義之後，多次為個人的議員名位背棄孫中山革命路線的國會議員們，這時終於遭到被集體拋棄的報應。】
段祺瑞出賣國家主權、邁向獨裁的倒行逆施，必然遭到廣泛而強烈的反對，孫中山及其領導下的國民黨再度成為革命鬥爭的領袖和主導力量。1917年7月中旬，孫中山在“暫行自主”的雲南督軍唐繼堯和廣西督軍陸榮廷支援下，號召為捍衛《臨時約法》和恢復舊國會進行“護法運動”。
7月21日，海軍總長程璧光率第一艦隊從上海南下廣州，宣佈脫離北京政府，響應護法號召。絕大部分“商榷系”和“政學系”老國會議員也紛紛聞訊南下。
8月25日，孫中山在廣州召集國會議員。由於因受到段祺瑞政府脅迫等原因，響應號召前往參會的國會議員雖有150多人，但仍未能達到法定人數，因此被命名為“非常國會”。“非常國會”推舉孫中山為大元帥，唐、陸為元帥，組成中華民國軍政府，與北京的段祺瑞政府抗衡。10月上旬，孫中山簽發討段令，號召維護《臨時約法》，捍衛國會，打倒假共和，建設真共和。段祺瑞政府也提出了“武力統一中國”的口號。於是，護法戰爭正式爆發。
開戰之後，南北兩方的前線軍閥都為了儲存派系實力，不願積極戰爭，雙方各自出現內部矛盾，並導致內部分裂。
在北方，段祺瑞於10月份派直系軍隊進入湖南與桂系交戰。馮國璋為避免自己的嫡系部隊被消耗掉，提出“和平統一”口號。11月，一直消極抗戰的直系軍隊進一步自動從湖南退兵，宣言停戰。直隸、江蘇、湖北、江西等省的直隸系督軍，也聯合通電，主張南北和談。
在南方，滇系和桂系軍閥也不願北伐，一起排斥堅決進行護法戰爭的孫中山。唐、陸二人實際上一開始就拒不就任元帥職，進而於1918年1月在廣州成立“西南自主各省護法聯合會”，與孫中山領導的護法軍政府分道揚鑣。在國民黨右派的操縱下，“非常國會”改組軍政府，以總裁制代替大元帥制，選舉唐繼堯、陸榮廷和清廷遺老岑春煊等六人和孫中山一起組成“七總裁”。孫中山被迫辭去軍政府大元帥職務。
5月26日，孫中山憤然離開廣州，並通電譴責軍閥政客“南與北如一丘之貉”，護法運動宣告夭折。孫中山轉而發憤研究革命理論和國家建設理論，埋頭撰寫《知難行易》和《建國方略》學說。【與康有為先研究理論後實踐改良運動相反，以孫中山為首的革命黨人實際上是先進行革命，再回頭補革命理論和國家建設理論研究的課。前期理性研究的不足，是孫文革命受挫的重要根源之一。導致貿然暴動和茫然革命的根源，在於日本的蓄意誤導。前期的一些零散理論，還得益於改良派或者說是保守派的批評（論戰）。改良派與革命派水火不容、勢不兩立的路線鬥爭，也是近現代中國覺醒道路上的一大悲劇。這不僅僅是兩個人和兩條道路的悲劇，而是近現代中國一代變法圖強精英的集體缺憾和一代國人的集體悲劇。】
段祺瑞在“武力統一”失敗後，決定先消滅北京政府中的異己。在馮國璋的代總統任期將滿之際，段拉攏一幫政客在北京安福衚衕成立“安福系政治俱樂部”，並以此奪取新國會的多數席位。1918年9月，“安福國會”推舉徐世昌為大總統，將馮國璋排擠出北京
