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來，天皇什麼東西咱們不清楚，日本真正的統治者豐臣秀吉可是受過明朝“日本國王”封賜的，現在的德川幕府繼承了豐臣氏的事業，當然也就是明朝下屬的一位國王了。然而幕府並不瞭解朝鮮人的想法，德川秀忠在位的時候，國書後面只署名“日本國源秀忠”，宗義成感覺不大好辦，就去懇求起草國書的僧侶金地院以心崇傳，請他改個署名。
以心崇傳對此要求有點莫名其妙，於是模稜兩可地寫了個“日本國主”。宗義成不敢再提要求，就擅自把“主”頭上的一點抹掉了，改成“日本國王”。
幕府為此展開了大討論，討論究竟應該怎樣處理這一事件，以後再寫國書應該怎樣署名。討論的結果是以兩國邦交為重，宗義成赦免無罪，柳川調信擅告家主，為人不忠，流放出羽國津輕郡。然而“日本國王”之稱，似乎坐實了日本乃是中國的藩屬，有辱國體，此後國書署名一律改成“日本國大君”。在日本人想來，自己名義上的君主乃是天皇，天皇和中國皇帝是平起平坐的，幕府作為天皇的臣子，實際管理日本列島，可稱“大君”，以與朝鮮國王平起平坐。
不過後來又有人提出異議，說“大君”的稱呼其實比朝鮮國王要矮上一頭。因為朝鮮的王子大多封為某某君，其中嫡王子稱“大君”，幕府將軍若也稱“大君”，那不變成朝鮮國王的兒子了嗎？況且，大君之名源出中國古書，本是天子的別稱，也容易和日本天皇相混淆，不如仍改為“日本國王”為妥。
提出此議的乃是江戶幕府中期的著名思想家新井白石，他的建議得到了第六代幕府將軍德川家宣的贊同，於是自此以後，幕府所簽發的日本國書之署名，就正式變成“日本國王源某某”了。
江戶幕府時期，日朝關係一直都很良好，貿易往來不斷，尤以對馬的宗氏得到朝鮮李朝同意，每年派出二十條貿易船，收入相當可觀。幕府還想透過朝鮮恢復與中國的邦交，然而中國自明朝中葉以來一直奉行閉關鎖國政策，使得中日兩國間的官方貿易受到極大限制，民間私商倒是熙熙攘攘，甚至當明清之交，很多明朝遺臣都航來日本，大多居住在北九州地區，對於江戶幕府佔統治地位的朱子學之確定和發展，作出了很大的貢獻。明末大將鄭成功還一度想把日本當作復國的基地，甚至提出向江戶幕府借兵，還好此事並未成功，否則鄭成功怕會前門據虎，後門引狼。
除中、朝兩國外，德川家康時代就大力發展同呂宋、安南、柬埔寨、暹羅等東南亞國家的邦交，同時還頒發給前往這些地區的貿易船“朱印狀”，以證明他們並非倭寇和海盜。日本人因此大量移居東南亞各地，一個名叫山田長政的日本人還曾一度成為暹羅國王的寵臣。
日本南部的琉球群島，從十五世紀以來就一直為土著尚氏所控制，尚氏嚮明朝稱臣，受封琉球國王。因為琉球的貿易地理位置非常重要，所以慶長十四年（1609年），急於挽救財政危機的薩摩國大名島津家久就侵入並佔領了琉球國。幕府承認島津氏對琉球的控制權，但島津氏也很鬼，並不廢黜尚氏國王，讓他們仍以藩屬的名義嚮明朝進貢，從而得以透過琉球國和明朝展開官私貿易。一直到明治維新以後，逐漸軍國化的日本才真正吞併琉球王國，把它變成了現在所謂的“沖繩縣”。
●禁教和鎖國
江戶幕府的所謂“鎖國”，其實鎖的是南蠻貿易。豐臣秀吉在世的時代，就曾經下令嚴禁天主教傳教，勒令凡日本國人都不得信奉這種異國邪教，等到秀吉去世，德川家康為了加強對外貿易，一開始並沒有重申禁令，不僅如此，他還優待新近航來日本的英國和荷蘭商人。家康曾經任命英國航海長威廉·亞當斯作為自己的通商顧問，賜予三浦半島二百五十石的俸祿，亞當斯因此躋身幕府旗本之列，並且取了一個日本名字叫做三浦按針——按針在日語中有領港、領航之意。
在德川家康類似舉措的鼓勵下，各地諸侯也紛紛大力發展南蠻貿易，伊達政宗就曾派家臣支倉常長前往歐洲，謁見羅馬教皇和西班牙國王，要求通商。據說常長本人因此直接得到教皇的洗禮，被授予羅馬公民權。
但是新教國家英、荷與先期航來的舊天主教國家西、葡之間矛盾重重，前者因此在家康面前大進讒言，說天主教傳教士乃是妄圖將日本變成殖民地的西、葡國王派來的間諜。家康本就不滿天主教宣揚上帝萬能從而淡化世俗領主的權威，進而看到很多九州諸侯透過與西、葡等國通商獲得了大批物資和武器，認為如果不加限制地任其發展，將會動搖幕府的統治基礎，恰巧就在此時，發生了著名的“岡本大八事
