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當基因原體的會議解散許多小時之後，他們發現暗夜幽魂消失了，他可怕的衛隊也被殘殺到只剩下一個。
走廊，牆壁和天花板到處是暗紅的鮮血和斷裂的骨頭。
暗夜幽魂早已乘坐軍團飛船逃走了。
在基因原體們能夠來得及追趕時，他已經消失在亞空間。
何露絲大叛亂
在明瞭了他的殘暴行為之後。混沌勢力爭相拉攏暗夜幽魂
。就在這個時候，他已經變得極其瘋狂，總是在銀河中留下每一個被殘暴屠殺的世界的證據。沒有一個世界是安全的，而語言暗夜幽魂將在那裡發動全面攻擊也變得越來越不可信，帝國偵察部隊一直緊緊追隨著暗夜領主軍團留下的蛛絲馬跡，並且一直對帝皇王座傳送無法想像的圖畫和資訊。
在帝皇名義下散佈可怕的屠殺和大範圍的殘害平民是極其卑劣的行徑。
然而不敬和褻瀆的暴力屠殺已經成為暗夜領主軍團的簽名，他們在每一個登上的星球散佈殘忍的報復。
暗夜幽魂已經不再以帝皇的名義而戰了，他已經將帝皇作為一個虛弱的的偽君子來聲討了。現在的這個基因原體在死亡和恐怖的名義下作戰，他對於如何更好的操縱這個恐怖的軍火庫是極其在行的。
暗夜幽魂的生理變化也極其明顯，他的嘴唇向外反開，他的肌肉結構堆積起來，而他多瘤的手掌則扭曲成抓握的形狀。
被兒子殘暴行為震驚以後，帝皇為了回應譴責而不得不命令暗夜幽魂的應答和解釋，並命令他立刻出席會議並對軍團的一切行為負責。
但是就在法令頒佈的時候，緩慢但有力的帝國法律卻不能懲罰暗夜幽魂了，因為一場前所未有的大叛亂正在成為現實。
何露絲，基因原體中最受帝皇賞識和喜愛的兒子，操縱了數個星際戰士軍團的反叛而墮落入混沌。
他的行為在星球對兄弟軍團的屠殺中徹底證明了他的背叛。
要求暗夜幽魂和暗夜領主受審的法令立刻被擱置。
很快的，帝國分裂並展開了全面內戰。
暗夜幽魂迅速和何露絲簽訂了同盟，而且越來越明顯的暗夜領主所放出的針對帝皇的言論是真實的，他們的確將要在廣大的帝國東部邊境展開一系列異常殘忍種族屠殺行動，他們完全不求助於混沌的力量，他們蔑視對混沌的絕對信仰。
與之對應的，他們的基因原體以死亡和恐怖為信仰，並且最終變為了連自己都憎恨的形態。很快的，整個曾經驕傲的為帝皇東征西討的軍團完全的被殘暴的殺手和無恥的罪犯取代。
他們並不效忠混沌，他們只是利用混沌造成的混亂作為他們反人類的工具而已。
整個人類帝國的疆域都在這可怖的軍團下顫抖，而且緩慢而堅定的，暗夜領主慢慢的用鮮血刻出了一條通向地球的征途。
即便是在何露絲大反叛的結局到臨之際，而混沌的大司戰的戰車，也終於慢慢墜毀並逐漸燃燒之後，暗夜領主依然繼續著可怕的報復行動。
他們繼續針對人類帝國進行襲擾，一系列的有計劃的屠殺和破壞被一個個執行。
暗夜領主的目標從表面看來依舊沒有改變，但很明顯的從戰場紀錄看來基因原體的戰役方向被改變了，他們所有本來有利的計劃全都向相反的方向去進行了，他們的戰略不再象一隻破襲部隊，而更像一隻自殺軍團。
更明顯的是，暗夜幽魂可能很清楚帝皇最終對他的生命下達了剝奪的決定，當然是藉由可怕的卡里多司寺廟的暗殺者執行。
幾乎一半以上的卡里多司暗殺者被調集來執行刺殺該基因原體的任務，希望他的死能永遠結束這隻軍團的惡行。
夜幽魂最後的臨死前的話成為了帝國曆史上的最大謎團之一。
人們猜想暗殺者馬莎是被有意允許探索暗夜幽魂的奇異的宮殿的，宮殿是一個仍然活著的**。猜測會碰到無數守衛和異教徒的馬莎沒有想到，整個大廳都是被血肉和骨塊充滿的，可是卻空無一人。
動感側聽器安裝在馬莎的怪異的下臂護甲，保證靜態平衡在暗殺者的心中。就是這件裝備反映了扭曲的基因原體和闖入的死亡天使的對面，下面摘抄如下：
在一個充滿黑暗的遠離王座和他受害者的骨塊的池子當中，一塊充滿尖叫的臉孔的地毯吸引著暗殺者的目光看到了一雙多瘤的而**的下肢，暗夜幽魂正端坐在那。
他的瘋狂和仇恨遠遠的散發出來，甚至可以被探測儀器探測出來。
