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經過各方斡旋，陳琪美勉強坐上了上海都督的位置，由馬漢龍當任任軍務部長一職，鈕永建為司令部部長，黃郛由於掏槍大鬧會場，什麼都沒撈著，李平書為民政總長，伍廷芳為外交總長，陳暉祖為財政總長，王一亭為交通部長。
馬漢龍當上軍務部長之後，立即對上海所有部隊進行整編，將光復會策反過來的清軍兩千多人整編成一個師，任命李燮和為團長兼任吳淞司令立即前往南京參加江浙聯軍，又將上海武裝商團整編成一個師，任命李英石為師長長，並命他率部前往參加江浙聯軍準備北伐。又命劉福彪等人組織青幫人員，一共湊出三千餘人，編成一個師，下轄三個團，任命同盟會成員張承槱當任師長率部北上參加江浙聯軍準備北伐，黃郛、劉福彪和蔣志清等分別當任團長。
馬漢龍這樣做也是為了妥協，畢竟在浙江光復時，同盟會方面沒有撈到什麼油水，蔣志清等人窩著一肚子火，陳琪美也多次向鐵血救國黨表示了不滿，這也是為了平衡各方面的關係。
除了這三個師要北上參加江浙聯軍之外，馬漢龍還以振華公司護衛隊四千多人為基礎編練出兩個師，分別為滬軍第一師和第二師，不足的兵員在上海灘進行招募。聽說軍政府為革命要招兵北上北伐，各界有志青年紛紛報名參加，就連公共租界和法租界的大部分華人巡捕們聽到這個訊息都跑到華界來報名。
就因為馬漢龍在上海灘招兵，眼看著公共租界和法租界的華人巡捕們幾乎要跑光了，這可讓公共租界和法租界當局極為不滿，沒有了華人巡捕。兩個租界的巡捕房根本就玩不轉，公共租界警務處和法租界警務處不得不將事情報上去讓上頭出面，事情最後鬧到了英國駐滬總領事法磊士那裡，法磊士立即出面找上海軍政府都督陳琪美進行協商，陳琪美不想得罪洋人。只能讓馬漢龍停止招收華捕，馬漢龍表示他可不能阻止那些華捕報名，他們都是自願的，而且革命熱情很高，他作為招兵的最高軍官當然不能這麼幹。
陳琪美命令不了馬漢龍極為惱火，這讓他在法磊士面前顏面無存。他想到馬漢龍是鐵血救國黨的人，是蕭震雷的手下，於是立即給蕭震雷發去一封電報說明情況。
蕭震雷接到電報後考慮到現在國內的革命才剛剛開始，還不能與洋人翻臉，很快就回了一封電報。指示已經招進來的巡捕就算了，接到電報時算起，以後不再招收租界巡捕當兵，這才避免了租界巡捕房變成空的命運，同時還提出要租界當局保持中立，不能幫助清廷方面，最後催促上海軍政府儘快排出軍隊北上支援北伐。
拿到電報之後的陳琪美立即將馬漢龍找來，將電報給他。讓找照指示辦事，有了蕭震雷的指示，馬漢龍才下令停止招收華人巡捕。並命令李燮和、李英石和張承槱立即分別率領第三、第四、第五師開赴南京參與進攻南京的戰役。
上海這邊的革命熱熱鬧鬧的，蘇州這邊也沒有閒著，江蘇軍政府成立之後雜事繁多，蕭震雷將一些不太重要的政事交給程德全和鐵血救國黨在蘇州的成員們處理，他在掌握全域性的同時又抽出時間將手下軍隊進行重新整編，進行一輪瘋狂擴軍。
新軍第二十三混成協直接改編成了江蘇第一軍。劉之潔任軍長，下轄兩個師、一個炮兵旅、一個騎兵旅。第四十五標編成第一師，師長朱熙。參謀長兼政治委員的石堪，第四十六標改編成第二師，師長陳繼祖，政治委員兼參謀長蔣正英。炮兵旅由原炮兵營改編，騎兵旅由原騎兵營改編，主要指揮官基本不變，這些軍隊缺員的部分面向社會招兵，而且要以最快的速度招齊全。
同時將秘密招募的第四十鎮兩萬餘人改編成了第二軍，軍長由伍世友當任，下轄第三師和第四師，這兩個師的兵員和裝備反而是最齊全的，改編完成之後基本上至缺很少的兵員了，在抵達南京外圍的這幾天時間裡就已經招募滿員，全軍一共兩萬五千六百人。
除此之外，蕭震雷又將江蘇各地投降和俘虜的那些巡防營清軍進行整編，編成一個師，師長餘漢良，參謀長兼政治委員安延年，是為江蘇第五師。
除去滬軍第三師是光復會人李燮和領導的，滬軍第五師是同盟會張承槱領導的，這兩個師一共六千餘人都不是蕭震雷的嫡系，關鍵時刻肯定指揮不動，不能算在鐵血救國黨的軍隊當中，蕭震雷自己算了算自己手中的能夠指揮得動的軍隊：江西方面有四個師，浙江方面有五個師和一個混成旅，江蘇這邊有五個師，一共有十四個師和一個混成旅，現在這些部隊除了用巡防營改編的江西第四師、江蘇第五師和浙江混成協都是滿員之外，其他主力部隊都還不
