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人和賞罰得失，尤其論述了對土蕃作戰的應有方略。其論宏闊，大氣磅礴，方略亦具體可行。得到高宗和武則天的賞識，授秘書省正字之職，入值書省，以便隨時尋喚。不久，遷任監察御史、殿侍御史。
在平徐敬業叛亂，武則天讓他擔任李孝逸軍的監軍。武則天對他認識極準，魏元忠果然極有軍事才能，給李孝逸獻計無不成功。平亂之軍所以能不失時機地進軍，能迅取得勝利，和魏元忠的監軍獻策關係極大。平叛魏元忠立下汗馬功勞，也表現了他非凡的軍事天才和果勇的作風。
平亂後因功授司業正，不久遷洛陽令。當時酷吏橫行，他先後數度受害，次入獄因平叛有功，被武則天救下，流放嶺南。一年多後被召回任御史丞，又為來俊臣拘陷，將就刑神色自若，前死者屍體相枕藉於前，他亦毫無害怕之意，這次又被武則天在刀頭救下，流放費州。復為丞，又年餘被酷吏侯思止陷害，繫於獄，在獄大罵侯思止不停。女皇愛惜他的人才，仍然沒有殺害他，把他流放到外地。酷吏敗後，女皇仍恢復他的原官。女皇對他累被牽進重案而不解，問其原因。他委婉地回答女皇，身為頭鹿，酷吏欲烹為美羹，故受害，武則天聽到後悔不已。
聖歷二年，武則天提升他為鳳閣侍郎、同鳳閣鸞臺平章事，並命他檢校幷州長史，任天兵行軍大總管，以阻突厥。再遷升為左肅政臺御史大夫，檢校各州長史、同鳳閣鸞臺三品，已成為出將入相的樞垣。魏元忠性情剛烈，嫉惡如仇，敢說敢為，但他與狄仁傑、婁師德等相比較，缺乏後者的機智和通融，因此治理政務軍務、對上對下，威嚴剛猛，無法緩和通諒。此時，狄仁傑等輔大臣去世，武則天對他十分信任，宰相班子很少再有比他有威信的了。但因女皇寵幸“二張”，他義憤填膺，絕無通融餘地，終於生了與女皇之間的正面衝突，幾乎無味地丟掉腦袋。
對女皇寵“二張”之事，狄仁傑等宰相也勸諫，但又都有所保留。女皇以“二張”為近侍，宴飲笑鬧，遊山玩水，其行為自然為正派大臣所反對。天子應親君子，斥小人，清心寡慾，而為天下立德，這是正直官員期望的好皇帝。狄仁傑等雖勸諫女皇，但他們清楚地看到，女皇雖近“二張”，但也親和、尊重大臣，朝政務委任宰相把持，諸官任事也不許含糊，卻不讓近寵們干預朝政。因此，整個朝政仍風正氣清。無邪侫之氣。狄仁傑等人還看到，女皇一邊宴遊玩樂，一邊處理政務，二者相得，並未因寵“二張”而費政務。同時，皇帝晚年，廣建宮宇、吉愛遊樂，但即一直重視農業生產，國力未受多大損失。尤其能讓狄仁傑等可以接受的是，女皇已是高齡老人，高宗已離她十幾年，身為萬乘之君，卻又是孤寡老人，寵幾個男侍，消遣暮年之寂寞，能算個什麼大事呢？不要說老人已難有男女歡愛了，就是有此又能說明什麼？帝王三宮六院，佳麗千萬；一個大臣也都是妻妄成群，女皇也是皇帝，作為皇帝就不能有幾個男妻妄？總而言之，作為女皇的股肱大臣，都是七八十歲的老人了，應該相互理解才對。所以，狄仁傑等雖也勸諫女皇，讓她別太出格，女皇也深知其意，所以沒出大格，他們君臣之間許多年相處融洽，狄仁傑去世時，女皇當著眾官員的面，大哭不止。女皇帝，也是有血有肉的人啊。
尤其讓大臣們高興的是，晚景的女皇帝性格變的溫柔而有趣，大小事任你勸諫，不再動氣火。即使是關於“二張”的勸諫，有時很讓她面子上過不去，她也都不火。如前提到的那個宰相韋安石，當著皇帝的面，逐走了“二張”的友人四川宋霸子等商人。女皇不僅未加罪，還表揚韋安石直言勸諫，這種風度讓在場的官員無不歎服。又如前提到的右補闕朱敬則好言勸諫女皇，說出那麼難聽的話來，武則天還賞賜他東西，也不追究侮辱她的侯祥等人。
久視元年（7oo年）十二月，鳳洛舍人崔融上奏，要求取消屠宰和捕魚的禁令。他認為烹殺豬羊，連古聖人都不禁止，還用來祭祀天地祖宗。南方人吃魚，北方人吃肉，這是民間百姓古來養成的習慣，又有多少漁民和屠戶以此為生，怎麼可以禁止呢？武則天看罷奏摺後，立即下詔取消禁令。
長安元年三月，宰相蘇味道與鳳閣侍郎、同平章事張錫，因選官洩露了機密，張錫更因之貪髒當斬，臨刑前女皇繞恕不死，流放循州。蘇味道被牽連下獄，女皇見他在獄表現得好，便放出官復原職。蘇味道感謝女皇，因三月底下了一場大雪，便率領百官入賀，宣稱是“瑞雪”。殿侍御史王求禮卻奏言：“三月雪為瑞雪，臘月雪為瑞雷乎？”蘇味道仍堅持說是“瑞雪”。王求禮又說：“今陽和布氣，草木榮，
