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太平軍解決三江口清軍後，即傳檄廣州府所轄各縣，至九月底，實際控制香山、增城、番禺、順德、東莞、三水、新寧、清遠等縣，另有南海、佛山、新安、連山州等縣或被迫反正，或主動反正。
廣州府轄十五縣一散州只龍門和叢化兩縣據城自守，不願歸降太平軍。龍門叫尚可遠所領平南藩下漢軍攻破，叢化則叫南雄副將孫義部並太平軍一部攻破。二部破城時對城中百姓多有殺戮，言稱有辮者即為刁民，逮之便殺，造成二縣萬餘百姓喪命。
訊息傳至廣州，周士相立即發下嚴令，稱日後凡破府縣，不論有辮是否無辮，都不得濫殺。有辮者為難民，無辮者為順民，除非該城守軍對太平軍造成重大傷亡，否則不得屠城。
為嚴明軍紀，以正太平軍大明王師之名，周士相下令斬攻破龍門軍百戶，原任平南藩下協領一員；總旗二人，原任平南藩下佐領兩員，以為懲戒。同時派員接管叢龍與龍門縣務，調香山縣永樂鄉長宋達明、龍眼鄉長萬長隆為二縣知縣。另令廣州府立即調運錢糧安置二縣難民，接濟百姓，建鄉設村，以為長久之計。
反正諸縣，只名義上屬廣州府管轄，南海、佛山、新安、連山州四州縣仍舊由原先清廷委任的知縣管事，這幾縣的營兵也不過是換上明軍的紅色軍服而矣，除此之外，一切並無改動。
南海千戶王兆興、佛山千戶趙自強，新安千戶林興國、連山州千戶吳安遠都是綠營將領，王兆興與趙自強是主動率兵反正，林興國和吳安遠則是見勢不妙被迫反正。四人雖授太平軍千戶職，但其部屬營兵仍為其私兵。縣中事務也由原清廷委任的知縣負責，對於廣州只是名義上服從，縣內錢糧並不上繳。甚至境內軍民都不曾割辮，明顯是在明清雙方搖擺。若太平軍敗。則四縣再次易幟也是轉瞬之間的事。
對此，周士相不予理會，叫廣州府不必對四縣有何攤派，也不必派人到四縣，叫四縣就這麼保持現狀。之所以如此，卻是心有餘而力不足。收復廣州不過月餘，周士相既要整合降兵，又要在實際控制的幾縣進行土地整並。還要派兵剿匪，安置難民，恢復生產，一樁樁事情實在是壓得他不得一刻喘息，又哪裡能顧得上那四個陽奉陰違的縣。
這四縣保持現狀，名義上服從廣州，已經是最好的結局了。便是周士相氣不過，或是擔心有隱患，派兵去剿，短時間內還是得讓四縣保持現狀。甚至連知縣官吏都派不出。既然無法實際控制這四縣，又何必派兵去打。
新成軍的步軍第一鎮入駐清遠，皆因該縣為廣州最北端的重鎮。與韶州接壤，若韶州有事，則第一鎮便可直接攻入韶州。新會和肇慶是廣州的南大門和西大門，清遠便是廣州的北大門。
四鎮組成後即在駐防地內清剿土匪和散兵，對於那些打著太平軍旗號卻不願接受太平軍指揮的綠營兵也一律清剿。原增城守備胡明義部“奉命”讓出增城往新安縣去，增城由第三鎮蔣和部接管。經過整整一個多月的剿匪，共殲滅大小土匪4000餘人，挑選青壯1000餘補入太平軍，其餘老弱一律發往香山安置。劃給土地實行屯墾。
為有效控制平南、靖南、綠營降兵，除將其家眷遷至各處分別安排。剝去其中高階將領的帶兵之權外，周士相另外人為製造漢軍之間的裂痕。使他們不能齊心。
具體做法是將攻破廣州前加入太平軍的漢軍定為銳兵，攻破廣州城後來投的漢軍定為選兵，最後面一批即三江口被俘的漢軍則定為備兵。
銳兵家眷和選兵家眷與備兵家眷並不打散安置，而是集中一處安置。如香山龍眼鄉安置500戶漢軍家眷，則選兵家眷和銳兵家眷、備兵家眷各佔三分之一。
但是銳兵家眷和選兵家眷所分得土地和獲得的糧食、農具要比備兵家眷多，且安置地新建的村公所人員多選銳兵家眷和少部分選兵家眷充任，如此便讓先期投奔太平軍的漢軍家眷在政治地位上壓制了後投奔的漢軍家眷，透過一系列的特權讓他們自覺高備兵家眷一等。
人都是貪利的，在發現太平軍給自己的待遇較另一部分人優遇要好後，銳兵和選兵的家眷自然而然就會向著太平軍，而不是和那些不如他們的備兵家眷一樣對太平軍心生不滿。即便軍中的漢軍降兵作亂，他們也不可能得到全部漢軍的支援。
當然，周士相也不願意看到自己的軍隊處於長期人為製造的裂痕之中，因此他制定凡備兵在太平軍中服役滿三年即可享受銳兵待遇，選兵則服兩年役即可。如此，便給了那些選兵和備兵獲得更好條件的出路。三年時間，足以改變一切，只要太平軍不亡，可以
