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根據周士相和宋襄公事先商定並集合現有武器裝備，太平軍自即日起整編為步軍左營、步軍右營，親兵營、炮營、輜重六營，另編水營一部、騎營一部，同時成立軍帥府並增設預備兵營。
步軍左、右營由原陷陣營、雄威營、震虜三營合併而成，不足兵員由近衛、虎捷抽調。
整編後的步軍左、右營各3000人，其中步軍左營武器標配為刀1000把、矛2000杆，弓160張、弩30具，另有鐵甲150具，棉甲1200幅、盾900面。
步軍右營為半火器兵，武器標配為銃1200杆、刀500把、矛1200杆，斧120把，另鐵甲60具、棉甲600幅、盾300面。
親兵營由原近衛營改編，全營兵力1000人，武器標配為刀200把、矛800杆；
炮營全營兵力1000人，設有大小銅炮116門，銃炮130杆、虎尊小炮40門，另有炮車150輛、雙輪推車100輛，拉炮用駑馬、驢、騾合計400頭。
輜重營由近衛、虎捷二營剩餘兵力並抽調原後營保安團丁組成，兵員配製為1500人，武器以刀、矛為主。太平軍原先擁有可拉車的牲畜除調撥炮營外全部集中於輜重營，供運輸使用。
水營以新招香山漁民及原降兵中的潮州兵組成，暫定800人，因水營為新組建，故還沒有戰船配署。
為解決水營有名無實的尷尬，周士相讓廖瑞祥儘量從漁民手中收購漁船，將其改建為可在內河駛行的小型戰船，供水營先行訓練起來。另外還要重金聘期工匠到香山為水營打造能在珠江、譚江上面航行的戰船。最好還能在海上航行。
這個要求顯然有些不切實際，公庫的資金也不足以承擔打造水師的要求，因此周士相便只能耐下性子緩步發展。抱著試一試的心態。他派人到新會向陳奇策購船，還讓人到沿海地區要漁民帶話給洋上海盜。若他們願歸順太平軍，周士相將予以重用。
騎營由邵成國的騎兵隊擴充，因戰馬、騎手不足，短期內無法進行大規模擴充，故暫定兵員300人，實際有戰馬52匹，駑馬80匹。
整編後，太平軍建制兵員人。
步軍左、右兩營營兵力配製為10人一伍。50人一隊，300人一衛，600人一旅，全營為一師（營）。
一伍設伍長一名，小旗銜、副伍長一名，軍士銜；一隊設隊長一名，總旗銜、副隊長兩名，小旗銜；一衛設衛長一名，百戶銜、副衛長兩名，試百戶銜；一旅設旅長一名。千戶銜、副旅長兩名，總旗銜；一師設師長（營官）一名，衛指揮使銜、副師長兩名。指揮同知銜。
同時於各隊設安軍小使一名，小旗銜；各衛設安軍中使一名，總旗銜；各旅設安軍大使一名，百戶銜；各師設安軍使一名，千戶銜。
親兵營和輜重營、炮營參照步軍左、右營定製編員，水營和騎營因規模不及以上諸營，暫以一旅定製，對外則稱全營。
各營營官人選分別為：
步軍左營營官葛義，副營官姜樊、宋二牛；
步軍右營營官鐵毅。副營官鄭鐵柱、王有喜；
親兵營營官邵九公，副營官管三水、朱慶來；
炮營營官齊豪。副營官牛根生、江四海；
輜重營營官趙四海，副營官陸武、崔豹；
水營營官唐正兵。副營官鄭慶、錢來；
騎營營官邵成國，副營官王化、鮑德。
以上諸營成立後，各營即挑選所屬士兵入營整訓，剩餘人員則編入預備兵營，同時各鄉保安隊戰時也歸預備兵營提調，用以補充作為野戰軍種的其它各營。自成軍之日起，有來投太平軍的也全部集中到預備兵營進行訓練，訓練合格後方可獲得補充至野戰軍的資格。
預備兵營營官暫以受傷的蔣和擔任，待其傷愈後再行擇將。預備兵營主官職銜等同戰兵各營，以下則各降一等。
同時成立太平軍軍帥府，各營歸軍帥府直接指揮，軍帥自然由周士相擔任，副軍帥則由向來穩重的秦智生擔任。
宋襄公則擔任軍帥府總幕僚一職，負責軍帥府日常運作，公文軍令軍紀制定、糧草物資分發等，同時協調地方事務，戰時與預備兵營營官一同補充兵員至前線。
各營駐地也要進行變動，原先駐各鄉太平軍太過分散，不利力量集中，也不利應付突發戰事需要。故重新整編後，步軍左營進駐增城一線的銀瓶嘴山，步軍右營和炮營則全部進駐良字都。親兵營和騎營駐香山縣城，
