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與陳奇策定下新會戰略後，周士相終率太平軍於初十日渡江。
長達數月之久的新會之戰，太平軍共戰歿百戶以下官兵1420人，傷570人，後徵保安團丁聯同新會民夫青壯、清軍俘虜850人，傷亡達全軍四分之三多。至決定渡江，太平軍五大營只存官兵1165人，後營老弱7800餘人，另有傷兵320人。
做為太平軍補充的2000民夫在太平軍的“要求”下隨同太平軍行動。周士相從中擇1500年輕力壯者補入各營，餘下者歸入後營保安團和公庫軍。
1700名清軍俘虜在經過幾天的整編甄別後，也分批補入太平軍和保安團。800名廣州各府縣的綠營兵被第一批補入太平軍，600餘非遼東出身的清軍第二批補入，餘下200多遼東出身的漢軍旗兵則被撥入新建炮軍營充為炮手使用。
此去香山，關鍵在於立足，而香山對於太平軍太過陌生，故而原屬香山縣的100多綠營降兵得到了周士相的重視，分別將他們安在各營擔任副旗頭，以為各營佔據香山時為嚮導。
1500名民夫聯同1700名清軍的補充，使得太平軍的軍力達到了4000餘人，不但之前的五大營全部滿員，新建炮軍營也達到了600眾，如此不但太平軍六大營兵力達到3200人，屬後營的保安團和公庫軍也有了近2000人的編制。
長達數月的守城戰和出城決戰使得太平軍的軍官大量陣亡，現在又一下補入如此多的民夫和降兵，指揮和管理上面難免出現問題。周士相對此的解決辦法是大量提拔作戰有功計程車兵擔任小旗，更從民夫和俘虜中選了20人擔任小旗官，倖存的小旗又大量升總旗，總旗升試百戶。此外。對於降兵的補充和改變，周士相還有另外的手段，那就是安軍使的存在。
安軍使所起的作用類似於後世軍隊的政委。周士相前世又是人民軍隊的一員，軍史戰史多少有些瞭解。自然知道解放戰爭時人民軍隊是如何吸納改造那些國民黨軍隊俘虜的<script type="text/javascript">reads();</script>。在將前世的一些改造手段告訴宋襄公後，便由後者物色安軍使人選一一補入各營，在降兵進入軍營第一天起，安軍使就開始發揮作用。僅從目前的情況來看，安軍使的工作很有成效，至少，加入太平軍的清軍俘虜總體還是安靜的，大多數人已經習慣自己身份的改變。甚至有一些俘虜開始主動找到安軍使，將自己是如何成為清兵，又如何在軍官的帶領下作惡一一道出，最後請求太平軍的寬恕，決意和清軍不共戴天。
雖然各營軍官對安軍使的突然出現有些不滿，他們無法接受自己的命令會受到另一個人的質疑，自己對部下的懲罰會被人阻撓，甚至這個人還會越級上報他的不是，讓他這個主官很沒面子。但不管怎麼說，安軍使對於軍心的穩定作用還是被各級軍官們看在眼裡的。因此他們也勉強接受安軍使的存在。
長達數月的惡戰雖然讓太平軍傷亡巨大，但同時也算是真正將太平軍打造成了一支百戰精兵，活下來的人無論是軍官還是士兵都比從前強得太多。經歷過血海屍堆的太平軍將士已經堪比精銳。補充的兵員已經超過原有官兵總數，但在這些太平軍將士的凝聚統帶下，戰鬥力和忠誠性並沒有下降太多。接下來周士相要做的就是如何將這一支成分複雜的軍隊徹底改造，將其打造為一支能左右局面的強兵。
雄威營百戶仍由邵九公擔任，震虜營則由原百戶葛正弟弟葛義正式擔任百戶一職，陷陣營百戶繼續由鐵毅擔任，近衛營百戶禿子蔣和因為腳板受傷無法行動，周士相便改命公庫軍的趙四海擔任近衛營百戶，蔣和則調公庫軍。等到他傷愈後再作決定。虎捷營百戶則仍由秦智生擔任。各營陣亡的試百戶也分別由各營百戶報上人選，周士相無一不準。
新建的炮軍營百戶人選周士相定了齊豪。齊豪從前雖是大西軍的總兵，但現在只是太平軍的一員。在買鹽和炸營上立了大功的齊豪出任太平軍的高階軍官也是應有之意。對他的任命沒有引起其他將領的反感。炮軍營的炮手全部是被俘的漢軍旗炮手，起先在出任炮營百戶後齊豪還擔心這些漢軍旗兵不服管制，但讓他驚訝的是，根本不必他這百戶動作，原先那些先加入太平軍的漢軍旗兵就能壓制住新加入的旗兵，把他們管得服服貼貼，這讓齊豪大是輕鬆。
糧食短缺的問題並沒有因為繳獲的清軍糧草而所改編，為了最大程度的恢復那些快餓死民夫的體力，周士相也是不惜血本將不多的糧食拿出，如此才讓民夫們稍稍恢復一些
