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秦王府諸將領還準備將李建成和李元吉的一百多名親信全部誅殺，並將他們的家產沒收官府，程知節勸解李世民說：“罪孽都是兩個元兇所犯，而他們已經伏誅了，倘若還要牽連他們的黨羽，恐怕要天下大亂啊！”
於是李世民讓諸將領停止了追殺。當天，李淵頒佈詔書赦天下，叛逆的罪名只加給李建成和李元吉二人，對其餘的黨羽，一概不加追究。
接著李世民將李建成的兒子安陸王李承道、河東王李承德、武安王李承訓、汝南王李承明、鉅鹿王李承義，李元吉的兒子梁郡王李承業、漁陽王李承鸞、普安王李承獎、江夏王李承裕、義陽王李承度等幼兒都被殘忍殺害，還在宗室的名冊上刪除他們的名字。
原東宮和齊王府的女眷則全部沒入宮中，後來成為李世民的後宮組成部分，其中較著名的是原來李元吉的妻子楊氏，李元吉死後被李世民納為妾，但沒有正式封號，宮中呼為“巢剌王妃”，是長孫皇后去世以後唯一一個生下子女的嬪妃。
7月5日，李淵立秦王李世民為皇太子，又頒佈詔書：“從今天起，軍隊和國家的各項事務，無論大小，全部委託太子處理和決定，然後再報告給朕。”
同一天馮立和謝叔方都自動出來負罪。薛萬徹躲起來以後，李世民多次讓人明示他，於是他也出來了。李世民感慨地說：“這些人都能夠忠於自己所事奉的人，是義士啊！”便赦免了他們。
7月10日，李淵政變功臣宇文士及為太子詹事，長孫無忌與杜如晦為左庶子，高士廉與房玄齡為右庶子，尉遲恭為左衛率，劉弘基為右衛率，秦王府舊臣虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為太子洗馬，論及政變的功勞，以長孫無忌和尉遲恭為第一，分別賜絹一萬匹。
李淵還特別嘉獎尉遲恭，慰勞他說：“愛卿對於國家來說有安定社稷的功勞。”於是把齊王國司的金銀布帛器物全部賞賜給了尉遲恭。
7月31日，以秦王府護軍劉弘基為左衛大將軍，又以侯君集為右武衛大將軍，尉遲恭為右武候大將軍。
8月3日，以高士廉為侍中（相當於宰相），房玄齡為中書令（亦相當於宰相），蕭瑀為左僕射（亦相當於宰相），長孫無忌為吏部尚書，杜如晦為兵部尚書。
8月4日，以宇文士及為中書令，封德彝為右僕射（亦相當於宰相）；又以前天策府兵曹參軍杜淹為御史大夫，前任中書舍人顏師古、劉林甫為中書侍郎，左衛副率公孫武達為左衛將軍，左虞候劉師立為驍衛將軍，副護軍薛萬徹為右領軍將軍，右內副率張公謹為右武候將軍，右監門率長孫安業為右監門將軍，右內副率李客師為領左右軍將軍。至此，李世民集團成員和支援李世民的官員控制了國家的要害部門和職位，完全掌握了全國軍政大權
太子李建成和齊王李元吉的餘黨流散逃亡到民間，雖然朝廷連續頒佈赦免令，他們仍然感到內心不安，圖謀僥倖獲利的人爭相告發捕捉他們，以此邀功請賞。諫議大夫王圭將這種情況告訴了太子世民。
8月7日，李世民頒佈太子令：“六月四日玄武門之變以前與東宮和齊王府有牽連的人、六月十七日以前與李瑗謀反有牽連的人，一概不允許相互告發，對違反規定的人以誣告罪論處。”
朝廷派遣諫議大夫王圭安撫崤山以東地區，允許他見機行事。王圭來到磁州的時候，遇到州縣枷送前任太子千牛李志安、齊王護軍李思行前往京城。
王圭說：“我奉命出使的時候，對原來的東宮與齊王府的屬官已經一概赦免，不予追究。現在又押送李思行等人，那麼誰會不對赦令產生懷疑呢！雖然朝廷為此派遣了特使，又有誰會相信他呢！
我不能夠因顧慮自身遭受嫌疑，便不為國家考慮。何況我既然被視為國中才能出眾的人士而受到禮遇，怎敢不以國中才能出眾人士的本色來報答太子呢！”於是，他將李志安等人一律釋放。太子李世民得知此事後甚為高興。
7月14日，李淵將親筆詔書賜給裴寂等人說：“朕應當加上太上皇的尊號。”表達了自己要退位和內禪的想法。
7月27日，李淵撤銷了太子李世民兼任的天策上將府邸，為李世民登基做準備。
8月3日，李淵頒佈制書，將皇帝位傳給太子李世民，自為太上皇，仍居於大內皇宮正殿——太極殿。李世民堅決推辭，高祖不許。
高祖頒佈傳位制書的第二天，即武德五年八月初九，太子李世民在東宮顯德殿即皇帝位，是為唐太宗，並大赦天下，從此開始了他輝煌的皇帝生涯，在即位第二年
