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參謀、教練三處，委任劉永慶、段祺瑞、馮國璋為總辦。從此，他訓練的新軍改為北洋常備軍（此即北洋軍的由來）。
1902年12月6日，清政府命令從八旗兵丁中，精選3000人交袁世凱訓練。次年6月該鎮練成（此即後來的北洋第一鎮）。
1904年袁在山東、河南、安徽招募壯丁，訓練成第三鎮和第四鎮。1906年又從武衛右軍先鋒隊中抽選六七成和招募部分壯丁改編為第五鎮，把武衛右軍及自強軍並編為第六鎮。至此，北洋軍六鎮的編練計劃全部完成，鎮的編制官（相當於師長）。北洋六鎮，只有第一鎮是滿人擔任統制官，其餘五鎮的統制、協統、統帶的官員均為小站時的舊班底，形成了一個龐大的北洋軍閥集團。
1906年以後，隨著革命排滿運動的日益擴大，立憲思潮興起，一部分滿族親貴疑忌心很重，對漢族官員亦不甚信任。這時袁世凱已經訓練完北洋六鎮常備軍，手握重兵，身兼多職，權傾朝野，黨羽成群；這時有人把天津稱為“第二政府”（因袁坐鎮天津），北京政府諸人皆為傀儡。滿族親貴把袁世凱看作一個危險人物，促使清廷削去其權柄。
1906年11月6日，清廷釋出中央官制上諭，其中一條是把兵部改為陸軍部，以練兵處等併入。任命鐵良為陸軍部尚書，掌握中央軍權。陸軍第一鎮本是旗兵兵丁，應為陸軍部管轄。第三鎮駐紮保定和錦州，第五鎮駐在山東，第六鎮駐紮在北京近郊，現在未設軍統，亦應歸陸軍部直接管轄。可是袁無意交出兵權，因此說二、四兩鎮防區在直隸境內，八國聯軍“尚未盡撤，大局尚未完全安定；直境幅員遼闊，控制彈壓須賴兵”，請求仍歸自己“統轄督練，以資策應”。袁這時###痛割愛交出四鎮兵權，辭去兼職。20日，清廷批准袁辭去兼職，對袁所請統轄督練所有二、四兩鎮，同意各軍均應歸陸軍部統轄，所有二、四兩鎮暫由該督調遣訓練。並馬上派滿族將軍鳳山任練兵會辦大臣，接管袁交出的北洋四鎮。北洋軍是袁的主要力量，清廷這一舉動，無疑是對他一個重大的打擊。
1908年11月3日，慈禧在頤和園度過了七十四歲的壽辰，患了痢疾，臥床不起，她突然聽到一個驚人的訊息，袁世凱要廢掉光緒，擁立載振為帝。對這個未經證實的訊息，她未有真的相信，但對袁和奕劻勾結很緊還是不無戒備的。因而慈禧把段祺瑞的第六鎮調出北京城，讓第一鎮調入控制北京的局勢。13日，奕劻聽說光緒病危的訊息趕回北京後，慈禧降懿旨，授光緒皇帝的弟弟載灃為攝政王，命將其三歲的兒子溥儀抱進宮內教養，在上書房讀書。14日，官方宣佈年僅38歲光緒皇帝逝世於瀛臺。慈禧當即召集攝政王載灃和軍機大臣奕劻、世續、張之洞、鹿傳霖、袁世凱於福昌殿，宣佈：一、立溥儀為嗣皇帝，入承大統。二、以溥儀承繼同治皇帝之嗣，兼承光緒皇帝之祧。三、溥儀正在沖齡，由攝政王監國，所有軍國政事，悉秉承她的訓示裁度施行。待溥儀年歲漸長，學業有成，再親裁政事。15日慈禧也旋即死去。
慈禧死後，由光緒皇帝的弟弟載灃當政，對袁世凱是一個最大的威協，而康有為又在海外通電討袁，上書攝政王，清數袁的罪狀，指出：“先帝之喪苟有可疑，袁世凱固賊也；既無可疑，袁世凱亦賊也。”一些與袁有矛盾的親貴、官僚無不主張迅速除袁。袁整日不安，猶如芒刺在背。其黨羽也為他捏著一把汗。
載灃對袁世凱出賣光緒是深切痛恨，對他貪權置勢是極為疑忌的，很想把袁除掉，為兄報仇雪恨，杜絕後患，免使自己大權旁落。隆裕太后，自然贊成（隆裕是慈禧太后的內侄女，光緒帝后），但他們沒有立即採取行動，不過他們一執政，就把袁冷落在一旁了。頒佈諭旨，批裁檔案，載灃都取決於張之洞和世續等人，不讓袁過問。
八、官場失勢，回籍“養痾”
八、官場失勢，回籍“養痾”
袁世凱以前最畏懼的是慈禧太后，太后一死，他的心目中無人可節制他了，削除他更不容易。載灃這才決定除袁，主張將袁革職拿交司法部治罪，但在徵求奕劻、張之洞的意見時，奕劻首先反對，威脅說：“殺袁世凱不難，不過北洋軍造反起來怎麼辦？”張之洞儘管與袁的矛盾不少，也不同意殺袁，說：“主少國疑，不可輕於誅戮大臣”。載灃為人擾柔寡斷，缺乏決斷魄力，一聽便洩了氣。後來按照張之洞的意見，將諭旨改為“回籍養痾”，1909年1月2日釋出。這首上諭是：“軍機大臣、外務部尚書袁世凱，夙承先朝屢加擢用，俾效馳驅，不意袁世凱現患足疾，步履艱難，
