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閣以及大都督府商議完之後，朱由校又單獨召見了張獻忠。
“知道朕為何要你出任交趾省的提督嗎？”朱由校問道。
“臣愚昧，還請陛下指示。”張獻忠恭敬地說道。
“朕看的出你有殺心，交趾反覆無常，必須使用雷霆手段才可取得效果。”朱由校說道。
“雷霆手段？！”張獻忠疑惑地問道。
“該殺的時候就要殺，那怕殺個血流成河也無所謂，只有把所有想反抗帝國的人都殺光，交趾才能安穩。你要明白一點，朕要的就只是交趾的土地，凡對帝國對朕有異心者都不能放過。”朱由校說道。
“臣明白了。”張獻忠說道。
“朕給你五年的時間，只要你不起異心造反，你在交趾做的一切朕都會把你擔著。”朱由校強調道。
“臣絕不會背叛陛下的，臣必定會給陛下一個忠於帝國的交趾。”張獻忠信誓旦旦地說道。
……
五月初，孫傳庭和來秀才等人回到了京師，而大軍卻是回到了駐地。他們此行回京師就是參與都督府大理寺對他們坑殺四十萬俘虜一事進行審判。
“陛下，這是都督府大理寺對孫都督等人判決，還請陛下批示。”王禮乾將一份判決書遞給了朱由校。
朱由校快速地瀏覽一遍，說道：“不行，判決太重了。”
“這……”王禮乾看著判決書不知道該說什麼。
“朕說了允許將功折罪，此次南征大勝而歸，朕認為孫傳庭等人可以不計功，也不處罰。”朱由校說道。
“諾，臣會將陛下的意思轉達給都督府大理寺。”王禮乾躬身說道。
“下去吧。”
……
按照朱由校的意思，孫傳庭等人審判結果很快就出來，孫傳庭和來秀才兩人此次南征既不記功也不處罰。而其他將領則視情況而定。
判決出來之後，朝廷一片譁然，朝廷大臣都知道這是朱由校在包庇孫傳庭等人。但朱由校卻不以為然，在審判結束之後，朱由校特意召見了孫傳庭一干人等。
“臣請辭廣州都督府都督一職。”孫傳庭躬身說道。
“這是為何？”朱由校問道。
“陛下為臣等所犯下罪責甘願承擔罵名，臣無以為報，唯有辭去都督府都督一職才能報答陛下的恩情。”孫傳庭解釋道。
“朕對這些罵名無所謂，孫愛卿不比介懷。”朱由校說道。
“陛下，此事由臣來擔責是最好的，還望陛下恩准。”孫傳庭懇求道。
“陛下，坑殺四十萬俘虜是臣的主意，理應臣來擔責。”來秀才見狀說道。
“陛下，孫都督本就是進士出身，辭去都督一職也可擔任朝廷其他職務。”秦良玉說道。
朱由校想了想說道：“孫愛卿，朕同意你辭去廣州都督府都督一職，你且休養一段時間，等時機一到，朕會讓你出任兵部尚書一職。”
“陛下，這……”孫傳庭一聽馬上便想拒絕。
“不能拒絕，兵部尚書由你來出任是最合適不過的了，只有這樣才能更好地銜接內閣與大都督府。”朱由校口氣不容拒絕，孫傳庭也沒有再繼續堅持。
“陛下，臣今年六十有八了，也準備告老還鄉了，還望陛下成全。”秦良玉說道。
“秦愛卿，你不會也是為了坑殺四十萬俘虜一事才請辭的吧？”朱由校不滿地問道。
“臣不敢，臣真的是年事以高，無法再繼續擔任大都督一職，本在去年年中，臣大病之後就準備跟陛下請辭的，但去年災害不斷，陛下又有心南征，臣這才拖了一年。”秦良玉解釋道。
“如此的話，朕準了，傳旨加封秦良玉為太子太傅，賞銀元千兩。”朱由校說道。
“謝陛下隆恩！”
“傳旨，調袁崇煥出任大都督府大都督，滿桂出任瀋陽都督府都督，洪承疇出任廣州都督府都督，祖大壽出任呂宋都督府都督。”朱由校想了想說道。
“諾。”
……
六月，夜半平陸地大震。震壞城垣民居，山崖崩裂。這場地震是今年發生最大的災害。今年相比前兩年，災害的情況已經有了極大的好轉，帝國也在連年的災害中逐漸恢復過來。朱由校也再次提起了他的新政。
“在《大明律》中《婚姻》共計十八條，但時至今日，這十八條中有些已經不合時宜，有些已經基本荒廢，朕這才將《婚姻》列為第九條新政，此條新政事關整個帝國，不能有半點馬虎
