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將領坐大的手段使了出來，只要控制住一軍的錢糧甲器命脈，再強的將領也不能掀起什麼風浪來，這也意味著三娘對全國軍隊的控制更加嚴謹了，今後軍隊便是國家的軍隊而不是哪一個將領的軍隊了。
同時戶部還加入了關稅司，也就是負責海外貿易的關稅收取，海商出海必須先交關稅，而將後來的市舶司功能都加在了關稅司的職責上。
禮部承擔的職司不便，還是禮樂之事、科舉之事和涉外之事，三娘特別加重了理藩院的職責，並規定今後前來朝拜的藩屬之國，在還禮之時，定是要公平交易，三娘可不是那些抱著天朝上國的思想，別國進貢一些土特產，然後天朝上國為了面子問題，就賜下一些絲綢、茶葉、瓷器等等，每次朝貢還禮都是虧本的。
刑部除了掌管刑罰之外，三娘設立了監察司，主要就是負責監察百官的規行。同時刑部被剝奪了頒佈刑法的權利，刑部今後就只管查案、審案、斷案，扈元朝所有的法令皆由中書令頒佈。刑部多出的一個司部是警察司，刑部掌管的警察司負責管理各地設立的警察所，就是負責維持地方治安。
工部的職司除了之前的興修水利、修橋鋪路、營造屋宇、宮殿、城垣之外，三娘新設了火器司、船舶司、機械司三個司部。火器司就是負責製造、研發各種火器、火炮、火藥的司部，該司部早在山東路時就存在，當時的山東路的工匠們都被集中到一起，專門修繕火器和配製火藥，如今只是正式掛牌而已。船舶司也是在山東路時就有，負責管理船隻、建造船隻。同時船舶司還要該管內河航運往來的各種船舶，也算是江海事局的前身。機械司負責的事也不少，從礦產勘探到開採、冶煉，以及各種機械的製造等等。
六部官員和屬員大都是由山東路出身的文官擔任，他們在山東路實行的新政已經有了很好的經驗，接下來只是推廣全國的問題而已。而梁山出身的老兄弟中，只因很多都是武將出身，是以在六部擔任官職的並不多，只有穆弘為兵部尚書，韓韜、彭玘、黃信、孫立等人在兵部任侍郎，鐵面孔目裴宣為刑部尚書，蔡福、蔡慶在刑部任職，九尾龜陶宗旺在戶部農林司任職，孟康在船舶司任職，湯隆在兵甲司任職，金大堅、蕭讓在禮部任職。
其餘梁山老兄弟都是武將出身，三娘在全國設立了東西南北中五大軍區，負責統領天下兵馬，負責戍邊和保衛地方。其餘梁山武將及田虎、方臘麾下降將都在五大軍區之內擔任軍職，此間就不一一贅述。總之三娘為跟隨自己的一干老兄弟都安排好了，除了擔任軍職之外，三十六天罡正將都按戰功封了侯爵或伯爵之位，其餘將佐或封男爵、子爵，都有爵位封賞。
扈元朝將地方行政體系也做了改變，將宋朝的一路行政單位改為行省，比如山東路改為山東行省，三娘還是習慣用行省劃分地方行政區域，而沒有沿用宋朝的什麼一路軍州。行省之下便是府，府之下是州，州之下是縣，縣之下是鄉，鄉之下便是村。三娘在地方管治上一改前朝通病，那便是縣以下便沒有很好的管治，多是鄉民自治。扈元朝在縣之下還設了鄉和村兩級單位，鄉長和村長一般也是由村民自己推選，不過朝廷加入了監察和政績考核，同時也給朝廷俸祿，對縣以下更小的地方行政也有效管治了起來。
同時三娘還設立了御史監察臺，負責監察全國官吏，設立了宗正府管理宗室以及各級爵位的公侯們，設立宣政院管理天下教義，設立了宣慰司負責管理少數民族事務。而公孫勝、魯智深、武松等出家人多被封了護國真人、國師等職位，便在宣政院內任職。
而一應女軍們也在朝中設了官職，允許女子出任朝中官職，雖然朝廷允許女子出任官職，但真正在朝廷任職的也只是瓊英、孫二孃、龐秋霞、顧大嫂等跟隨三娘起家的女將，很少有女子真正透過科舉考試做官的。直到後來三娘之子扈宗明繼位後的第五年上，才正式有第一位元朝女子正正經經透過科舉做官的，到扈宗明登基十年後才出現了第一位科舉女狀元，那都是二三十年之後的事了。
