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外圍的海岸離開之後，越靠近內6受到的攻擊越激烈，日本政府也不是不知道使徒這種東西只有eva可以匹敵，但是他們卻不願意死心，寧可勞民傷財地做出這樣在neVR的人看來十分沒有意義的事情，也希望能夠讓這該死的東西遠離日本。
neVR基地的人十分冷靜地彙報著戰鬥狀況，動作迅速地在雷一鳴的指揮下做出各種前置部署。
凌波麗的狀況有些糟糕，之前的粗略檢查只發現了她的骨折跟腦震盪，仔細檢查之後卻發現她還有內出血跟大腿骨骨裂的問題。內出血可比簡單的外傷要難處理的多，開刀到現在也才休息了不過一天時間，要讓她駕駛本來就不夠穩定的零號機出戰，簡直就是沒有可能的事情。
雷一鳴卻並沒有多少擔心的感覺，因為即將來到neVR基地的少年，將會是一切的開始，甚至於就算碇真嗣真的無法出戰，也還有凌波麗的備用品等候他消耗。
不過為了能讓碇真嗣登上初號機，他還是冷酷地命令治療班，將凌波麗做好出戰準備。
碇真嗣少年在一路的顛簸之後，被葛城美里救下，送到了這個名為neVR的地下基地來。
然後，少年的世界在這一天被顛覆了。
十年不見的父親，初次見面就讓他登上巨大的機器人，去跟外面的怪物戰鬥，這樣的事情怎麼可能接受的了！碇真嗣的臉像是隨時會哭出來一樣。
黎星刻內心苦笑起來，“真是可憐的孩子。”
“但是他是這個世界的核心。”雷一鳴何嘗不同情這個可憐的少年人，可是現在這是他的工作。
他臉上的鏡片恰到好處地反射出白色的光芒，遮住了他的雙眼，冷漠地看著底下似乎隨時會崩潰的少年說道，“如果不做，就離開這裡。把凌波帶過來，準備戰鬥。”
凌波麗是被醫療班的人在緊急醫療床上送過來的，手臂上甚至還掛著點滴，潔白的石膏、繃帶跟那身白色的緊身作戰服讓她看起來分外悽楚可憐。
看著要讓這樣一個受重傷的少女上去作戰，碇真嗣終於有些忍耐不了了，就在此時，第三使徒的攻擊已經臨近了neVR的上方，巨大的爆炸衝擊力讓即使處在地下數十公里處的eva機艙都受到了相當的衝擊。眼看著頂部的器械掉落下來，即將砸到碇真嗣等人的時候，明明沒有駕駛員的初號機卻忽然抬起手來，幫碇真嗣擋住了那些東西。
“碇唯果然是個愛護兒子的女人。”黎星刻面上不顯，只是在心裡淡淡地說道，在他們的眼裡，這一臺初號機的身上掛著無數人類的靈魂，只不過大部分都沒有意識，僅僅只是作為附著物而存在。真正核心控制這一臺巨大人造物的，還是在裡面的碇唯。
只是即使是碇唯，能夠清醒的時間也不長，更多的時候，只能保持靜默的狀態。
“是啊，不然也不會主動將自己跟這臺初號機融合起來。”雷一鳴在心裡跟他說道，說完之後又問了下giotto，“現在你大概到哪裡了？”
“呃，大概快到neVR的正上方了。”哪怕使用aTFie1d隔離開使徒的主要意識，但是還是能感受到來自使徒的一些些微的情緒，有激動，有興奮，有略略的期待。
雷一鳴低下頭去，冷酷地說道，“凌波麗，準備出擊！”
“我做，我做就是了吧！！！”碇真嗣終於無法忍耐地叫了起來，幾乎要哭出來的聲音讓葛城美里也有些不忍心。
初次架勢eva，在那之前連一點點經驗也沒有的碇真嗣憑藉著前所未有的高同步率成功地啟動了這臺初號機，發射上去正式迎擊第三使徒的結果，就是被對方削到盔甲飛落，機體受損，而本人更是意識不清的狀況。
為了保護自己的兒子，初號機果斷地暴走之後，將第三使徒撕成了碎片，毀掉了第三使徒的s2機關（核心）。
就在第三使徒的s2機關被毀掉的瞬間，giotto發現自己被彈了出來，變成了跟之前的兩百多年一樣的靈體狀態。
“結束了呢……”他看著暴走的初號機啃食著第三使徒的碎片，有些無奈地扭過頭去。露在外面的城市被毀的一塌糊塗，所幸之前呆在第三使徒裡面的時候，他就知道這裡的人都已經轉移走了，不然……
他嘆了口氣，朝著地下飛了過去，出乎他意料的，才飛到了一半，就感到了一陣奇怪的阻擋力量。他知道這多半是底下的neVR組織製造出來的，類似aTFie1d的力場屏障。他可沒有驚擾底下人的意思，便老老實實地跟在上來善後的工作人員身後，透過他們
