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六部人員也有了很大的變動，
兵部尚書：王永光
左侍郎：陳奇瑜，右侍郎：梁廷棟
禮部尚書：張惟賢
左侍郎： 李標右侍郎：溫體仁
吏部尚書：周嘉謨
左侍郎：張好古右侍郎：成基命
戶部尚書：程國祥
左侍郎：候洵， 右侍郎：王永佶
工部尚書：曹珖
左侍郎：劉宗周 右侍郎：張慎言
刑部尚書：喬允升
左侍郎：張致 右侍郎：錢士升
內閣以後就作為我的總理衙門，功能近似於現在的國務院一般。升內閣大學士為從一品，高於六部尚書。處理政務上，大事要進行討論得出結論後再呈上。各大臣雖然也按六部分工，但奏摺每位都需傳閱。其他內閣大臣有不同意見可以附在奏摺上。
這裡面我將以往禮部尚書為內閣大學士的慣例破除，同時尚書不再兼任。以後的日常公務由六部解決，尚書會同部內的侍郎商量批覆後交給內閣查閱，內閣有複議，同意職權，傳閱後再進獻大內。皇帝擁有最後決定權。皇帝批閱後教六部實施。不能決者，教由文華殿議事。
六部中，我儘量把資格老的主理尚書一職，下邊的侍郎則要幹吏。王永佶是善於理財的，所以特別把他從南京調了過來。他原先只是在南京做個庫府的小吏，這大明朝不是沒有人才，而是給埋沒了。我之所以知道他，都是看了明史中的列傳才清楚。工部侍郎劉宗周也是個人才，可惜為人太傲，也先讓他吃點苦頭。不然這種人一旦身居高位，可以為權相，也可是奸臣。
同時裁減大內的太監宮女，把原先的武監已經撤銷，6續放出幾批，將太監數減為2ooo，宮女3ooo人的樣子。錦衣衛和東廠在大明百姓中惡名遠揚，我對這兩個機構也不是很爽，藉著這個機會，把它們都撤了。紫禁城防衛由新設的內城司負責，直接聽皇帝指揮。皇城防衛由御馬監分離出來的兵衛改成皇城司負責，讓勳公國戚當任。外城的五衛留守司改成九門提督，由知兵忠良者當任。第一任九門提督就是我提拔的孫傳庭。城內巡警司規順天府管制，負責日常治安。
張惟賢雖在我登基中出了大力，因此讓他任禮部尚書，賜良田2ooo畝。同時加太師銜。封蔭其子弟，他是我朝第一位官居一品的大臣。
錢兼益原本論資格他可以任個內閣大臣的，但是不知怎的，溫體仁上奏彈劾他於天啟二年南京鄉試舞弊一案，竟是糾纏不清。我對錢兼益也沒有什麼好感，畢竟也是投降滿洲人的2臣。最後我也不好懲處他，便讓他到陪都任禮部尚書一職。
定國公，開國公也賜田2ooo畝，兩人世襲皇城司左右提督之職。徐光啟則拿到我補充的那本《天人錄》，他已經高興的忘了自己姓什麼！
原本我還想對全**隊進行整治，但是一開始不能變動太大，免得朝野出現動盪。
在我整改內閣和六部後，恢復了文華殿早朝議事，定在九點到十二點。以前的早朝太早了，老實說，是我自己起不來，早上五點，我怎麼都是要睡覺。就算醒來也是糊里糊塗的，怎麼理事啊？那些已經十幾年沒有上朝的朝臣聽到我恢復了早朝，心下叫苦。但是看到詔書中我調整上朝時間，都大呼皇上聖明。
改制後，上任的長官需要熟悉磨合，加上已近新年，我給了他們這段的時間，理順六部內閣，過了年再開朝議事。現在我終於可以輕鬆下。想來我有很長時間沒有到後宮看看了。我的皇后和兩個貴妃，自從上次冊封后都沒有見過。她們居於紫荊內城的坤寧宮和永壽宮，承乾宮。而我自從即位以來都在文華殿住著，一來事情忙，二來去後宮也是蠻遠，七轉八拐的也要半個小時。但現在我有了時間，怎麼說她們也是我合法的妻子，是需要去看看的。
“曹化淳，”我叫了聲，
馬上曹化淳就躬著身子進殿來，“奴才在！”
“擺駕坤寧宮，不用去宣旨，你備好鑾駕就是了。”
“奴才這就去辦。”
不一會，我到了文華殿外面，宮人見到我全跪了下來，三呼萬歲。皇帝儀仗居然有三百多人。氣派是夠氣派，可惜也花費我太多。不過我不能什麼都順著我的意思來，這朝中宮裡的規矩都幾百年了，一旦改動，影響巨大。還是先得穩住朝政。
我的車駕走了好一會才到坤寧宮，因為在天啟朝，魏忠賢和客氏大修宮殿，又重修了建極殿，中極殿。現在看來倒是挺金壁輝煌
