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淖鈾鏤�慌桑�淺置髟和場Ｋ�乃幕首觼w山天皇的子孫為一派，為大覚寺統。兩派皇族爭執不下，於是鎌倉幕府進行了協調，在幕府的操縱下，兩個皇族輪流當天皇，在八十多年間出現了九個天皇，勉強維護了天下一統。後來兩派皇族愈鬧愈烈，終於鬧到了兩個天皇並列的局面。
在德治三年持明院統的花園天皇即位時，尊治親王被立為皇太子。在文保二年因為花園天皇讓位之故以三十一歲的壯年登基。即位後的三年時間裡由父親後宇多法皇開設院政。根據後宇多法皇的願望，後醍醐天皇將哥哥後二條天皇的遺子邦良親王立為皇太子；並將自己的兒子降為親王，否定了其皇位繼承權。這引起了後醍醐天皇的不滿，同法皇發生了矛盾。這也引起了鎌倉幕府的不滿，最終元亨元年後宇多法皇的院政被廢止，後醍醐天皇親政。
後醍醐天皇對鎌倉幕府深有芥蒂，積極籌備倒幕計劃。雖然鎌倉幕府兩次成功抗擊元朝的入侵，但財物匱乏，無法恩賞抗元官兵。導致了武士對幕府的不滿日益增高。正中元年，鎌倉幕府發現了後醍醐天皇的倒幕企圖，發動了正中之變，責令六波羅探題將天皇身邊的日野資朝等人處分。鎌倉幕府不知該如何處置天皇。但天皇此後更加深了倒幕的意志，同醍醐寺的文觀、法勝寺的圓觀等僧人親近。元德二年假借為中宮安產祈禱為由，暗地裡為征討關東祈願，並拉攏興福寺、延歷寺等寺社勢力的關係。但大覺寺統的貴族大多支援邦良親王。而持明院統的貴族則支援鎌倉幕府，後醍醐天皇陷入了孤立狀態。而且邦良親王病死後，鎌倉幕府指定持明院統的量仁親王為皇太子。後醍醐天皇的皇位岌岌可危。元弘元年，後醍醐天皇再次計劃倒幕，但被身邊的吉田定房告發；後醍醐天皇攜帶三神器逃出京都，以比睿山為據點，舉兵討幕。但最後被包圍在了笠置山。幕府以絕對的兵力優勢攻陷了該城並逮捕了天皇。這就是元弘之亂。
鎌倉幕府將策劃倒幕的後醍醐天皇廢黜，擁立持明院統的量仁親王即位，是為光嚴天皇。而鎌倉幕府則商議，以承久之亂中策劃倒幕的後鳥羽上皇被流放隱岐島之事為先例，將後醍醐天皇也流放到了隱岐島。次年後醍醐到達隱岐島。但是當時倒幕的勢力，如護良親王、河內國的楠木正成、播磨國的赤松則村等人，活躍於日本各地，紛紛表示效忠於後醍醐。元弘三年後醍醐天皇在名和長年等人的幫助下逃離隱岐島，逃至伯耆國船上山舉兵討幕。鎌倉幕府的執權北條守時派遣我先祖足利尊氏前往征討，但先祖足利尊氏早就看不慣鎌倉幕府的囂張跋扈，倒向了後醍醐一方，攻陷了幕府的六波羅探題。此後新田義貞在東國舉兵，攻陷鎌倉，北條氏和鎌倉幕府一起滅亡了。
回到京都的後醍醐天皇舉行了建武新政，不承認光嚴天皇皇位的合法性，尊之為上皇，剝奪了他所有權力。同時廢除了幕府和攝關制度，建立了天皇獨裁政權，由天皇自行任免官職。同時廢去了邦良親王遺孤康仁親王的皇位繼承權，將自己的兒子恆良親王立為皇太子。建武新政表面上是復古，事實上建立了天皇**政權。而且其激進的改革、恩賞的不公平、朝令夕改的法令和政策以及對貴族、大寺社、武士等較大勢力集團權利的侵害，最終導致了新政的失敗。公卿們也對新政持冷漠態度。朝廷重公卿輕武士以及政令多變、決策錯誤百出等等，導致了社會的混亂、公卿與武士之間矛盾的激化。
先祖足利尊氏看到後醍醐天皇新政很是後悔幫助其登上天皇之位，第二年先祖足利尊氏借鎮壓中先代之亂的契機前往東國，鎮壓成功之後在鎌倉自行封賞有功的將領，與新政對抗。後醍醐天皇命新田義貞前往征討，義貞在箱根竹之下之戰中敗北，先祖尊氏趁機迫近京都。但隨後楠木正成、北畠顯家在京都擊破先祖尊氏，只好逃往九州島。翌年先祖足利尊氏在九州站穩了腳跟，得到了光嚴上皇的院宣，再次迫近京都。楠木正成建議同足利尊氏談判，同時遷都以疲敵軍，但被後醍醐天皇拒絕了。新田義貞、楠木正成一起討伐先祖尊氏，在湊川之戰中被我先祖大敗，正成戰死，義貞逃回京都。
先祖足利軍入京後，後醍醐天皇逃往比睿山抵抗。先祖足利尊氏畢竟和天皇還有些交情，不至於水火不容，建議達成和解，讓後醍醐天皇將三神器交出。先祖尊氏讓光嚴上皇開設院政，並由持明院統的光明天皇即位，制定建武式目，開設室町幕府。後醍醐天皇從幽禁地花山院中逃出，聲稱交給足利尊氏的三神器是贗品，自己逃到了大和國的吉野，開設南朝朝廷，從此開始了日本的南北朝時代。後醍醐天皇死心不改，讓新田義貞奉尊良親王和恆良親王
