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有矛盾的：如陳濟生的《再生紀略》說，牛金星同賀有威、郭之緯兩將留守。
《甲申傳信錄》說，李過和賀錦留守（按：賀錦當時在甘肅，此係誤記）。《甲申核真略》說，西李都督同牛金星留守。《平寇志》說，李牟和牛金星“以老弱萬人守京師。”《鹿樵紀聞》則說李過留守。
在李自成率師出征後留守北京的大將究竟是誰需要進一步考證。
如果僅據趙士錦的記載就斷定是李巖還不足以成立。其次，關於李巖在天津地區和北京城郊作戰的問題。《甲申紀事》附錄的一個塘報裡，談到明遼東海州衛生員張世珩報告說：
四月二十八日遏闖賊下總兵李公子率賊兵趕天津金總兵，至李村北首，因金總兵官兵往南迴，李公子追趕十餘里，將官兵殺死。李公子收兵，到李村下營一晚。二十九日李公子領兵迴天津，天津城門俱閉了，不容李公子進城，內裡百姓大炮打李公子，，李公子帶領兵馬星夜往北京。
這個材料從內容來看有許多不準確的地方，如“闖賊下總兵李公子”的說法不僅不符合李自成的軍制（大順軍是不設總兵職務的），而且在當時民間流傳的李公子一般都指李白成。
“天津金總兵”的說法也有問題，據乾隆四年《天津府志》和《天津縣誌》，明代最後一任天津總兵曹友義，並不姓金。
材料中所談到的作戰情況，在天津府志、縣誌和《天津衛志》裡都無可查考。按當時情況分析，李自成在四月二十二日山海關戰役失利後，二十六日返回北京，準備登極和西撤，不可能派出“制將軍”一級的大將再東去追趕什麼金總兵。
據《國榷》和程源的《孤臣紀哭》載，李自成起義軍攻克北京後，明天津兵備道原毓宗立即投降，在城樓上樹起“天應民順”的黃旗，天津的老百姓也在門前貼上“民順”的紙片。
可是，明天津總兵曹友義卻頑固不化，“以牙兵五百斬關而出，毓宗以津兵邀之，友義單騎走”。很可能這個遼東生員報告的李公子追趕天津金總兵一事就是“毓宗以津兵邀之”的訛傳。
有人還根據《懷陵流寇始終錄》說，李巖曾在北京領兵抵敵跟蹤而來的吳三桂的軍隊。
（甲中年四月）癸未（二十六日）闖賊奉皇太子復入京城。三桂移檄降賊諸臣，許其反正，立功自贖。闖賊怒，囚其父襄，驅都城百姓毀崇文、宣武門民居數萬間並夷牛馬牆待戰。三桂兵至，賊命劉宗敏、李過、李巖連兵十八營拒敵，唐通為前鋒。兵初交，參將馮有威刺通墮馬，得救去。白旗兵射劉宗敏墮馬，亦救去，拔賊八寨，斬首二萬。群賊奔入城。三桂兵至城下，賊挾吳襄乘城，呼三桂降。關兵射殺挾襄者。賊怒，殺襄並其家三十八人。
這段文字沒有一句符合事實。因篇幅有限，不能逐句進行駁斥。這裡只需指出，根據當時在京人的記載和清方紀錄，李自成在山海關戰敗後，殺吳襄於永平（今河北盧龍縣）。四月二十六日回京，二十九日稱帝，三十日晨撤出北京。
這時清兵離北京還有一段距離，在得知起義軍西撤的訊息後，多爾袞命令阿濟格和吳三桂等追擊，自己在五月初二日進入北京。
從四月三十日到五月二日北京處於無政府狀態，原來的明政府御史曹溶、柳寅東等人還曾出面維持了兩天“秩序”。五月上旬，清兵先後在慶都（今河北望都縣）和真定追上起義軍，起義軍作戰失利繼續西撤人山西，奉命追擊的清軍在五月十二日返回北京。
由此可見，戴笠等人說，四月二十六日李自成返回北京的當天，吳三桂和清兵（即所謂“白旗兵”）已經跟蹤到城下，並且在北京同起義軍作戰，完全是信口開河。
既然這次“北京防守戰”從頭至尾都是虛構的，所謂李巖參與指揮的說法也就失去了任何依據。
再次，關於李巖在北京的其他活動。據說，李巖在北京還有兩件“義舉”：一是出面保戶天啟皇后張氏（即懿安後）自盡；二是派兵保護杞縣狀元劉理順。
這種“義舉”，顯然是封建史家為了美化地主階級代表人物杜撰的，同李巖毫無關係。據明內侍趙璞的口述，張後是劉宗敏命人送回孃家之後自縊的。至於劉理順之死，楊士聰曾直截了當地指出：“理順家眷俱在杞縣，止一妾相隨。有幼子託薛所蘊，薛後從賊，不知其子存否？坊刻稱妻妾四僕俱死及賊為羅拜者謬！”
（四）關於李巖因讒被殺的問題
李巖的結局，據說是這樣的：
定州之敗，鹿邑、考城、拓城諸縣令為丁參將所誘執，送之
