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拿破崙的報告只是個形式問題，因為督政府早已和他商量並決定了這件事。同日，督政府頒發了一道法令，宣佈發動一場新的軍事行動，包括拿破崙提出的成立“地中海海岸軍事委員會”指揮征戰埃及的軍事行動的主張。另一道命令授權對馬賽、土倫和其他海港城市的軍隊進行補充，並組建護送遠征軍的艦隊。同時授權陸軍部長調撥100萬法郎給新成立的軍事委員會，並在此後每隔10天分別給陸軍和海軍撥款50萬法郎直到完成備戰為止。另外一道法令命令海軍部長在土倫裝備戰艦，使它們能夠勝任3個月的遠海作戰。督政府在同一天還發布了數道命令，指示駐義大利指揮官在熱那亞徵調所有船隻準備運兵，並命令馬塞納將軍立即啟程到義大利契維塔韋基亞調兵遣將，同時命令在阿雅克肖的沃比翁將軍整裝待發。
雖然這項軍事行動的目的是絕密的，連拿破崙的高階將領也只有少數人知道，調兵和運兵計劃卻在緊鑼密鼓之中付諸實施了。
兩天之後，即3月7日，督政府任命布呂埃斯海軍中將擔任艦隊司令，同時繼續為遠征軍準備兵力、彈藥和大炮。幾天後，貝爾蒂埃被解除其在義大利軍的指揮官職務，調回巴黎任遠征軍參謀長。一週後，路易·德塞①接替了貝爾蒂埃在義大利契維塔韋基亞的職務。
3月中旬，陸軍部長通知法國東部和東南部守軍，在他們的軍事轄區內將發生大規模的軍事調動；他同時命令全法國和法國佔領地的所有軍事總指揮官向里昂調兵，然後由波恩將軍組織和裝備這些軍隊，並用成千上萬艘駁船透過萊茵河運到地中海海岸。
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第五章 決定（2）
督政府對軍事行動的目的諱莫如深，以至於從來沒有和拿破崙共過事，而現在是遠征軍指揮官之一的克萊貝爾②至今還不知遠征的終極目的地。更讓人吃驚的是，海軍部長本人直到3月15日還沒有被告知遠征的真正目的！
兩週後，即3月30日，拿破崙通知法軍總審計官（Chief Army Ordonnateur和軍需司令官的地位、薪酬和重要性相當的一種官職）絮西宣佈遠征軍將由5個師組成，需要兩個月的食物和彈藥，5個師的兵力分別從5大運兵口岸，即馬賽、土倫、熱那亞、阿雅克肖以及契維塔韋基亞集結登船，由多馬丁將軍指揮炮兵；醫療隊由18名軍醫、300多名護士和藥劑師組成，由醫生德熱內特和軍醫拉雷指揮。拿破崙於3月21日通知“地中海軍事委員會”必須在4月9日以前將一切出發工作準備就緒，但各個海港都沒有足夠的運兵船，更不用說護送的艦隻了，大部分船隻是臨時建造或修修補補的，此外，布呂埃斯海軍中將尚在途中，實現計劃談何容易。
反對這次遠征以及心存疑慮的遠征軍軍官大有人在，因此半官方的報紙《箴言報》在4月1日發表的一篇文章上險些洩露了天機，該文稱一次“兼有社會和軍事性質的遠征” 正在成行，“其目的地是埃及。透過埃及進逼英國殖民地印度，要在那裡打擊英國。”與此同時，大部分拿破崙的軍官，甚至連政府的高階官員都仍然被矇在鼓裡。為了彌補這一破綻，並進一步迷惑英國人，4月4日，《箴言報》上刊登了政府公告，稱：“拿破崙將軍將在10天內啟程到佈雷斯特擔任英格蘭方面軍指揮官。”
海軍艦隊和護衛隊顯然沒有能夠按照命令在4月9日出發。在海上執行任務一年多的布呂埃斯的艦隊已經離開科浮島，但是還沒有到達。此外，大部分軍艦在經過數月的海上航行之後，都需要維修並對大量減員進行補充。儘管如此，當由6艘法國軍艦、5艘威尼斯戰船和9艘三桅快艦（其中6艘是法國的）組成的破爛艦隊終於於4月2日在土倫拋錨停泊時，布呂埃斯仍然受到了熱烈的歡迎。
然而，布呂埃斯和他的艦隊所受到的歡迎是短暫的。離家一年多的布呂埃斯剛剛登岸便接到拿破崙和軍事委員會的命令：他所指揮的艦隊經過補給和載兵之後，必須向未知的目的港，“立即起航不得延誤”。雪上加霜的是，委員會還通知布呂埃斯，由於海軍經費空虛，無力支付他拖欠艦隊9個月的軍餉！
海軍中將不顧坐鎮巴黎的那些人的決定，堅持艦隊需要修整的時間；更有甚者，艦隊將補充在沿海強徵入伍計程車兵。這當然意味著大量未經訓練的水手將進行這次遠征，儘管有命令“儘量限制外國人”入伍也於事無補。此外，布呂埃斯還做出了非同尋常的決定：清除不稱職和不服從命令的海軍軍官，包括5艘軍艦的艦長。還有，布呂埃斯拒絕接受3個月的
