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重地削弱湯姆對科學教的信心。不管怎麼說，一定不能讓湯姆對科學教的信仰發生動搖。萬無一失的辦法就是讓他上課澄清“可能的麻煩源/壓迫者（PTS/SP）”。它可以讓發生動搖的科學教徒重新堅定信仰，同時對身邊的非教徒人士保持戒備。
一般來說，上過了這些課，科學教徒會自覺自願地寫信，與非教徒的親人“斷絕關係”。比如，彼得·亞歷山大17歲的兒子在上完PTS/SP課以後，默默地坐下來，給爸爸寫了一封信，說自己今生今世再也不想見他。教徒寫這樣的絕交信完全是自發的，這意味著一旦受到置疑，科學教的官員可以申辯說，教徒只是在以維護自己的最大利益，並沒有受到脅迫。
卡倫·普雷斯利早就看出妮可對科學教的熱情日漸減退。她看到了《新聞週刊》刊載的文章後，馬上就意識到，妮可的婚姻要解體了。“到90年代末，妮可就一直沒什麼明顯的進步。湯姆比她更積極，級別提升得也快。我知道她通不過了，我真為她感到難過。”當初卡倫想退出科學教時，她知道，要是自己退了教，丈夫彼得希望留下來，那麼，他將別無選擇，只能跟她離婚。後來的結局果然是這樣。現在，卡倫擔心妮可會重蹈自己的覆轍，在討價還價中失去孩子的監護權。
1999年初，湯姆順從地接受了嚴格的聽析，由科學教的總檢察長馬蒂·拉思本（Marty Rathbun）做他的聽析員。到了某個時刻，訓練的內容包括他必須向陌生人發問：“我身上最明顯的特點是什麼？”湯姆興致勃勃地接受這項訓練，他不光問別的科學教徒，居然還跑到大街上，逮著萍水相逢的陌生人問這個問題。一個過路人被他嚇了一跳，說：“嗯，你看起來像湯姆·克魯斯……稍微有點像。”
他決定上課解答這些難題的時候，碰巧也是他在生活中遭遇“重大損失而悲痛萬分”的時候。1999年3月2日，妮可演完《藍房間》沒過幾天，她和湯姆在曼哈頓的一傢俬人放映廳第一次看了《大開眼界》。在場的除了華納兄弟公司的兩名管理人員，只有他們倆。他們把電影看了兩遍。湯姆給倫敦的斯坦利·庫布里克打了電話，說他非常喜歡這部電影。4天后，庫布里克就急性心臟病發作去世了。
“我聽了這個訊息一下子就懵了，”湯姆談到這則訊息時說，“我驚呆了，怎麼也不能相信這是真的。我們在一起朝夕相處了兩年。”葬禮在赫爾福德郡的聖奧爾本斯教堂舉行，湯姆是抬棺人之一。應華納兄弟公司的總裁、他的朋友特里·塞梅爾的請求，受到意外打擊的湯姆負責處理與該片相關的一切事務，以此來化解他的悲痛之情。
庫布里克的控制慾強是人們公認的，他再也找不到比湯姆更合適的執行人了：湯姆監督影片的發行、營銷和宣傳的各個環節。編劇弗雷德裡克·拉斐爾未經他的允許，寫了一本薄薄的小書描述自己與庫布里克合作的經過，讓湯姆大為光火。而拉斐爾的出版商“企鵝”則對湯姆的反應之激烈感到震驚（湯姆認為拉斐爾寫書是對庫布里克的背叛）。拉斐爾回憶說：“企鵝說，他們從來沒碰到過這種事情……湯姆想阻止他們出版那本書。不過，當時很多人都想大權獨攬，他只是其中的一個。”
湯姆總想一手遮天的名聲進一步面臨挑戰：他看到，電影評論家羅傑·埃伯特（Roger Ebert）在為人們期待已久的《大開眼界》採訪自己時，拒絕簽署兩頁紙的保密合同。合同主張湯姆享有編輯控制權，強調採訪不得對湯姆進行“負面或者貶低”的描述，湯姆有權隨意刪除他不喜歡的內容。埃伯特拒絕簽字。這一回，湯姆讓步了。埃伯特這才坐下來，與好萊塢大明星湯姆就《大開眼界》展開了“坦率而友好”的交談。
媒體是一隻桀驁不馴的猛獸，雖然湯姆總想制服它，卻始終不能真正控制它。庫布里克的葬禮過後沒多久，兩家美國小報稱，庫布里克曾經僱了兩名專家，專門教湯姆和妮可怎麼*。夫妻倆不高興了。華納兄弟公司發表宣告，說這個故事純屬杜撰，湯姆的律師則提起了訴訟。湯姆的火氣一觸即發，再沒有比提到他還是科學教徒更讓他火冒三丈的了。在拍攝《大開眼界》期間，《我們》週刊寫道，湯姆認為，演員約翰·特拉沃爾塔參與《地球戰場》（Battlefield Earth）的拍攝（該片根據L·羅恩·哈伯德的小說改編）是個“錯誤”。不到一個星期，這家雜誌就被迫在顯著位置刊登了致歉啟示，稱湯姆是“活躍而執著的科學教徒”，他從沒發表過與《地球戰場》有關的任何負面評論，哪怕“暗示”也沒有。可惜這並不能阻止該
