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重要性有時被誇大了；為了闡明這一點，米勒僅僅依據幼體的性狀把甲殼類這一個大的綱加以排列，結果證明這不是一個自然的排列。但是毫無疑問，除去幼體的性狀以外，胚胎的性狀在分類上具有最高度的價值，這不僅動物是這樣，而且植物也是如此。這樣，顯花植物的主要區分是依據肛胎中的差異，——即依據子葉的數目和位置，以及依據胚芽和胚根的發育方式，我們就要看到，為什麼這些性狀在分類上具有如此高度的價值，這就是說，因為自然的分類是依據家系進行排列的。
我們分類經常明顯地受到親緣關係的連鎖的影響。沒有比確定一切鳥類所共有的許多性狀更容易的了；但是在甲殼類裡，這樣的確定直到現在還被認為是不可能的。有一些甲殼類，其兩極端的型別幾乎沒有一種性狀是共同的；可是兩極端的物種，因為清楚地與其他物種相近似，而這些物種又與另一些物種相近似，這樣關聯下去，便可明確地認為它們是屬於關節動物的這一綱，而不是屬於其他綱。
地理分佈在分類中也常被應用，特別是被用在密切近似型別的大群的分類中，雖然這並不十分合理。覃明克（Temminck）主張這個方法在鳥類的某些群中是有用的、甚至是必要的；若干昆蟲學者和植物學者也曾採用過這個方法。
最後，關於各個物種群，如目、亞目、科、亞科和屬等的比較價值，依我看來，至少在現在，幾乎是隨意估定的。若干最優秀的植物學者如本瑟姆先生及其他人士，都曾強烈主張它們的隨意的價值。能夠舉出一些有關植物和昆蟲方面的事例，例如，有一群起初被有經驗的植物學者只列為一個屬，然後又被提升到亞科或科的等級；這樣做並不是因為進一步的研究曾經探查到起初沒有看到的重要構造的差異，而是因為具有稍微不同級進的各種差異的無數近似物種以後被髮見了。
一切上述分類上的規則、依據和難點，如果我的看法沒有多大錯誤，都可以根據下述觀點得到解釋，即，“自然系統”是以伴隨著變異的生物由來學說為根據的；——博物學者們認為兩個或兩個以上物種間那些表明真實親緣關係的性狀都是從共同祖先遺傳下來的，一切真實的分類都是依據家系的；——共同的家系就是博物學者們無意識地追求的潛在紐帶，而不是某些未知的創造計劃，也不是一般命題的說明，更不是把多少相似的物件簡單地合在一起和分開。
但是我必須更加充分地說明我的意見。我相信各個綱裡的群按照適當的從屬關係和相互關係的排列，必須是嚴格系統的，才能達到自然的分類；不過若干分枝或群，雖與共同祖先血統關係的近似程度是相等的，而由於它們所經歷的變異程度不同，它們的差異量卻大有區別；這是由這些型別被置於不同的屬、科、部或目中而表示出來的。如果讀者不憚煩去參閱第四章裡的圖解，就會很好地理解這裡所講的意思。我們假定從A到L代表生存於志留紀的近似的屬，並且它們是從某一更早的型別傳下來的。其中三個屬（A、F和I）中，都有一個物種傳留下變異了的後代直到今天，而以在最高橫線上的十五個屬（a14到z14）為代表。那麼，從單獨一個物種傳下來的所有這些變異了的後代，有血統上、即家系上都有同等程度的關係；它們可以比喻為第一百萬代的宗兄弟；可是它們彼此之間有著廣泛的和不同程度的差異。從A傳下來的、現在分成兩個或三個科的型別組成一個目，然而從I傳下來的，也分成兩個科的型別，組成了不同的目。從A傳下來的現存物種已不能與親種A歸入同一個屬；從I傳下來的物種也不能與親種I歸入同一個屬。可以假定現存的屬F14只有稍微的改變；於是可以和祖屬F同歸一屬，正像某些少數現在仍然生存的生物屬於志留紀的屬一樣。所以，這些在血統上都以同等程度彼此相關聯的生物之間所表現的差異的比較價值，就大不相同了。雖然如此，它們的系統的排列不僅在現在是真實的，而且在後代的每一連續的時期中也是真實的。從A傳下來的一切變異了的後代，都從它們的共同祖先遺傳了某些共同的東西，從I傳下來的一切後代也是這樣；在每一連續的階段上，後代的每一從屬的分枝也都是這樣。但是如果我們假定A或I的任何後代變異得如此之大，以致喪失了它的出身的一切痕跡，在這種情形下，它在自然系統中的位置就喪失了，某些少數現存的生物好像曾經發生過這種事情。F屬的一切後代，沿著它的整個系統線，假定只有很少的變化，它們就形成單獨的一個屬。但是這個屬，雖然很孤立，將會佔據它應有的中間位置。群的表示，如這裡用平面的圖解指出的，未免過分簡單
