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要成為一名牧師，就得畢業於大學神學系。可是查理已把他在別特列爾學校所學到的那些古典語忘得一乾二淨。因此在入學之前，他不得不溫習一下這方面的知識。
根據劍橋學院註冊的記載，他於一八二七年十月十五日被錄取為低年級寄宿生，受紹烏老師的指導。不過根據他本人的回憶，他只是在第二年初才最終進入劍橋。
這位被查理稱之為“人們當中最聰明的人”的達爾文醫生有一點是不理解的，這就是自然科學本身仍是兒子生活中最感興趣的東西，實際上查理沒有能夠使自己認真地去學習神學，正如他未能認真地學習醫學一樣。在愛丁堡如此，在劍橋還是如此。不過這時的查理歲數大了一些，他能夠約束住自己，不想讓父親生氣。他不是循序漸進地進行學習，而是長期不上神學課、語文課和數學課。但是一到考期臨近，他就迫不得已地把自己的甲蟲放到一邊，著手準備功課，參加考試。考試完後他感到很輕鬆，便又暫時扔下必修課，轉到他那些心馳神往的興趣上來。
例如，他在一八二九年七月十八日寫給堂兄福克司的信中敘述了一系列關於向昆蟲學進軍的計劃，談到了所謂小規模學位考試問題。信的語氣發生急劇的變化，他告訴福克司，傳說在即將到來的考試中要對六個人（他是其中之一）特別嚴格，談完這一點後，他大聲疾呼：“鬼才知道等待我們這些懶人和昆蟲學家的會是什麼！”不難斷定，這些“昆蟲學家”（當然暗指他自己）對於應該考試的那些科目是特別懶的。但是，當他順利考完試後，他又是感到多麼高興啊！他於一八三○年三月還是給這位福克司寫信說道：“我考試及格了，及格了、及格了！我可以把整張的紙都寫滿這個令人愉快的字眼。……那些主考人是夠嚴格的，他們提了很多的問題”。接著談到他將在何地如何蒐集昆蟲的計劃，他要在倫敦聽一出歌劇，將和朋友們消遣一番。看來他考試完後就再也不去關心神學了。另一方面，他對他所選擇的前途是否正確越來越感到懷疑。他的一位劍橋同學赫伯特在回憶他時寫道：“我們曾經嚴肅地談論過成為一名牧師的計劃。達爾文問我，我能否肯定地回答出主教向牧師提出的問題：您是否相信，您的內心受到了聖靈的激勵，等等。我回答說我不能，他說：”我也不能，所以我不能當牧師‘“。
但是，當達爾文在劍橋的最後一年準備學士學位的考試時，他開始稍微學習了一下數學（他仍象以前一樣對幾何感興趣，代數學得很差）和古典作品，並高興地熟悉了柏利的《基督教教義證驗論》、《倫理學》和《自然神學》。那時他並沒有鑽研柏利所根據的前提，就信以為真。但他喜歡那一長串的結論和從這些前提中藉以引出後果的邏輯。根據劍橋地方報的報道，達爾文在一八三一年五月透過了學士學位的考試。
年青的達爾文是一夥十分快樂的年青人中的一個，他們組成了一個俱樂部，俱樂部的成員每週聚餐一次。達爾文在回憶這些聚餐的情形時說：“我們時常飲酒過度，隨後還興高彩烈地唱歌和玩牌……我知道我應當對這樣地消磨光陰感到慚愧，但是，因為我的一些朋友們都是些非常可愛的小夥子，所以我們大家也就盡情地玩樂，直到現在一想起這段時光就感到高興。”這些朋友中有許多人都是體育愛好者，所以對射擊、打獵和騎馬旅行的愛好，便使達爾文和他們更加接近起來。
約翰·毛里斯·赫伯特是這夥人中一個，後來他在威爾士當了一名法官，在他年事已高的時候，他還十分親切地把查理稱為同學。他說：“這是一位極其親切、熱情和寬宏大量的朋友，人們都用最親熱的態度對待他。他同情一切美好和公正的行為；他從內心裡憎恨一切虛假的、卑鄙的、殘酷的、庸俗的和不誠實的行為。”
達爾文性格開朗，象在愛丁堡時一樣，在這裡他也結交了許多同年朋友。例如，他同自己同學中的一位優秀的數學家維特萊非常要好。劍橋有個習慣，就是把數學考試的優等生造出一份專門的花名冊。花名冊叫作“榮譽學位考試”名單，列入花名冊者被叫作“數學學
