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遺憾的是，秘魯這時正處於無政府狀態之中：四名將軍正在相互爭奪最高權力，所以就不能到稍遠一點的地方去旅行。達爾文只到利馬去了一次，他在那裡呆了幾天。他甚至還打過獵，雖然獵獲的野物很少，但在這次旅行中卻仔細觀看了古秘魯人村莊的廢墟、灌溉渠和古墓，這些都使他聯想到，在歐洲人來到之前，這裡居住的古代民族已經具有很高的文化水平了。
第八章 從加拉帕戈斯群島經太平洋、印度洋和大西洋到達英國
“貝格爾”號從卡廖出發，駛往加拉帕戈斯群島。這些島嶼位於赤道線上，離美洲西部很遠。這純粹是一些火山島嶼，島上有各種各樣的大小不同的火山口。儘管這些島嶼位於赤道線上，但是由於南極的氣流能到達這裡，所以島上的熱度便有所減輕。
達爾文登上的群島中的第一個島是查塔姆島，島上荒無人跡，地面被太陽曬得滾燙，佈滿了一層波狀的黑色玄武岩熔岩。這裡全是大戟科構成的灌木以及洋槐樹和仙人掌，沒有什麼樹木。很多熄滅了的圓井形火山口以及很多懸崖峭壁和倒塌的火山頂使這個地方的地形顯得很不自然。使達爾文覺得這個地方同象斯塔福德郡那些有很多鑄鐵廠的地方很相似，而艦長菲茨·羅伊諷刺地說，這個島是一個適合於集中各種魔鬼的地方。達爾文在路上碰見了兩個大烏龜，每個至少有九十公斤；在那黑色的熔岩中，在那無葉的灌木叢中和巨大的仙人掌中，這兩個烏龜在達爾文看來就好象是某些有生命的礦物。
九月二十三日，“貝格爾”號駛往查理島；那裡有很多來自厄爪多爾的有色種族的流放犯，他們居住在將近三百米高處的一個有幾百人的殖民區裡，那裡有碧綠而密茂的植物和黑色土壤。當地居民經常獵捕野豬、山羊和烏龜，他們只種甘薯和香蕉。達爾文竭力從這個島上收集各種動物和植物，以便如他在《航海日記》中所寫的那樣，“在將來的比較中弄清楚，這個群島上的有秩序的生物應當屬於生物的哪個範圍或哪個中心”。
十月二十八日，“貝格爾”號從南面駛抵加拉帕戈斯群島中的最大島嶼——阿爾貝馬爾島。第二天，“貝格爾”號繞過該島的西南端後，透過了這個島和納爾博羅島之間的海面，晚上停泊在阿爾貝馬爾島的邦克灣。翌日晨，達爾文上岸去散步，他考察了一個很大的橢圓形火山口，在火山口底有一個藍色的淺湖。難以忍受的炎熱和灰塵使達爾文喘不過氣來。於是他急速地走到淺湖處，貪婪地去喝水，但是水卻鹹得很。在沿岸的懸崖峭壁上，有很多灰黑色大蜥蜴，它們差不多有幾米長。而在丘崗上，則有很我另一種蜥蜴在跑來跑去，這種蜥蜴呈棕褐色，樣子很難看。前一種蜥蜴，腳上長有一種能游水的蹼，蹼的邊緣處被蜥蜴的尾巴壓成了扁的。這種蜥蜴常常能游到離岸好幾百米遠的地方。達爾文把這種蜥蜴的胃剖開後，發現它們吃的幾乎全是海中的藻類。這種海里的蜴蜥在所有的島上都能看到。陸地上的那種蜥蜴，尾巴是圓的，腳趾之間沒有蹼。這種蜥蜴只有在阿爾貝馬爾島、詹姆斯島、巴林頓島和英第法替給勃爾島上才能看到，而在南面和北面的很多島上卻碰不到。
達爾文在日記中還提到他訪問詹姆斯島的情況，在這個島上，他曾同一位旅伴——“貝格爾”號的醫生拜·伊諾，在捉烏龜的人那裡和淦夫那裡過夜，還吃過烏龜。但是從他的收集品中可以斷定，他到過這個群島上的所有島嶼或幾乎所有島嶼。
陸地上的蜥蜴也吃植物。它們吃仙人掌、各種樹葉、特別是洋槐樹葉（有時沿洋槐樹幹爬到很高的地方）和一種酸果。
這些島嶼上的居民告訴達爾文，他們區別各個島嶼的烏龜，不僅是根據其大小，而且還根據其它一些特徵。達爾文在對生長在加拉帕戈斯群島上的動物和植物作了調查之後，得出了一個使人很感興趣的結論：鳥類、爬蟲類、昆蟲和其它一些種類的生物，都是這些島嶼上的“原有居民”，它們在其它地方是見不到的；從所指出的在各個島嶼上的烏龜之間的差別也可推及到其它各類動物。同時它們又都表現出與生長在美洲的動物有著明顯的種屬關係，儘管五百六十海里這一廣闊的海洋地帶把它們同大陸隔離開來。當然，更確切的材料是他後來在英國經過專家們對收集品進行整理加工之後得到的。但是，毫無疑問，這些事實本身他在當時當地就已經看清了。例如，他在這裡曾經找到了一隻特殊的、對美洲大陸來說是十分典型的白兀鷲，一隻鳳頭雞，三隻非常厲害的鶲和一隻斑鳩。這些動物都和美洲的很相似，但畢竟又有所不同。他還看到一種特殊的燕子（它與美洲的很接近）和幾隻反舌鶇
