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但同時又會使陸地面積縮小和消失，使這些陸地上的生物絕滅。同理論的各種矛盾，例如化石之間沒有過渡，突然表現出來的型別的出現和消失，缺乏志留紀前的化石（寒武紀化石尚未發現）等等，達爾文都用地質年鑑不完全作了滿意的解釋。他在這裡採用了賴爾首先使用過的比喻法，賴爾曾把學者們所能得到的地質材料同記錄的地球史相比較，但記錄很不完全，它是用各種語言記錄的，而且我們得到的這部歷史僅僅是最後一卷，它只涉及兩三個國家，而且其中只剩下零散的幾章，每一頁只保留幾行文字。達爾文根據這一點在《概要》中得出了以下結論：“如果地質學（其目的就是研究歷史）向我們提供的只是由撕下來的一疊疊書葉組成的幾章中的幾頁，而每一頁又只是用當時一小部分生物插圖加以說明的話，那麼事實同我的理論是完全一致的。”他接著證明，物種的絕滅不是秘密的過程，而是非常自然的，就象生物死亡一樣；在任何一個物種消失以前，它總是越來越少，可以根據第三紀的型別看到這一點。
達爾文接著談了有關進化的地理證據。
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