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提出意見不要光是立足於狹隘的軍事考慮上面，還要以廣泛的政治和經濟因素作為根據。
在決定軍事預算和戰略時，肯尼迪和麥克納馬拉不再僅僅是相互對立的各軍種所提要求的仲裁者。他們成了組織者、設計者和分析者，組織起專門小組來，分發出各種徵詢意見表，堅持取得各種抉擇方案、確切的事實和精細的比較。雖然早經敦促，但由於受到激烈抵制，他們未曾把各軍種統一為一個機構，只是把他們所作的努力統一起來。為了做到這一點，他們使三個軍種的預算、兵力水平和戰略第一次有了密切的配合，並打破各軍種傳統的界線，根據戰略報復部隊、大陸空軍和導彈防禦部隊、一般部隊、空運和海運部隊以及預備隊和國民警衛隊的職能來分別制訂預算。例如，新建立的聯合進擊司令部就是在一個陸軍上將和一個空軍中將的領導之下把戰略陸軍預備隊、戰術空軍司令部以及支援的空運單位的作戰部隊合併起來的。我們北極星導彈力量的大小不冉取決於海軍造船預算的規模，而是取決於我們全面的戰略需要和其他武裝部隊所作出的貢獻。例如，透過提供海軍和空軍都可以使用的新型的實驗戰術戰鬥機，我們便減少了重疊的武器系統的數目。當戰略重心從轟炸機轉向了導彈，易受攻擊的海外導彈基地由北極星潛艇所取代，而部署在美國的噴氣式飛機空運的部隊也被視為適用於國外戰線的武裝力量的一部分時，其他一些一向佔支配地位的軍事裝備終於向現代化的武器系統讓路了。
有人抱怨說肯尼迪在作出這些重大的改革時繞過了他的軍事顧問。事實恰恰相反，他即使不是經常地，卻是定期地與參謀長聯席會議會晤的。但是總統把軍事決策集中在他的文職部長的辦公室裡。麥克納馬拉不僅依靠各參謀長，而且依靠一大批卓越的文職助手。這班年輕人擺脫了各軍種之間的偏見，完全根據所需經費、可供選擇的方案和便於管理等來考慮問題，這使軍界的一些派系及其在報界和國會中專門為軍方辯護的人感到失望。這些“神童”——人們給他們起了這麼一個綽號——用經濟、政治和其他分析來充實陸軍將領和海軍將領的軍事經驗。
在他留用的三軍參謀長中，他最中意的人物是海軍陸戰隊司令戴維·肖普。肖普雖然不常講話，偶然發表的評論卻總是乾脆利落、深思熟慮和胸襟開闊的。總統在豬灣事件以後確信除了肖普外，邦迪的文官班子或留用的其他參謀長都談不出他需要聽的軍事意見。
他在白宮的三位軍事助理也起不到這種作用。他們主要是按照白宮的規矩和程式辦事，小心翼翼地相互監視著，以確保其他部門沒有特別得寵。切斯特，克利夫頓和泰茲米爾·謝潑德分別來自陸軍和海軍，他們是特別幹練、有益而忠誠的助理。不過正如空軍助理戈弗雷·麥克休在1962年下半年所表明的，門戶之見自然而然地滲人了白宮軍事助理人員的心坎中。總統在拿騷盡力使英國人對停止發展閃電導彈感到滿意以後，正在棕櫚灘度假。當時華盛頓一個空軍發言人卻隨即公開宣佈，閃電導彈試驗據說取得了成功，這使兩國政府全感到窘迫和惱怒。
為了填補明顯的空白，總統在1961年年中勸說最能幹的軍人政治家馬克斯韋爾·泰勒將軍參加了白宮班子，充當“軍事、情報顧問和代表”。泰勒的坦率而鋒利的講話，淵博的知識及其在各種軍事能力方面的突出才幹，完全符合肯尼迪與麥克納馬拉的想法。總統在1961年之前從未會見過泰勒，但是事實上他早就考慮過邀他到政府中來擔任好幾個職務了。
軍界集團的某些成員及其在國會和新聞界的朋友對於把一個新人物安插到參謀長和總司令之間並不感到高興。但任期結束，參謀長更迭了，泰勒本人終於擔任了參謀長聯席會議主席。參謀長聯席會議中只有一個人是肯尼迪留用的上屆政府內的軍人，即戴維·肖普。
肯尼迪認為，正如任何文官部門的首腦一樣，參謀長聯席會議同總統的思想取得一致是至關重要的。他強烈反對一項法案，它把所有參謀長的任期固定為四年，這就減少了總統的任免自由權。“任何總統，”他說，“都應有權審慎地挑選他的軍事顧問。”他私下對我說，如果這項法案獲得透過，他將予以否決。為了顯示他的信念和權力，他打破先例，沒有再次任命海軍上將喬治·安德森連任海軍作戰部長，並讓空軍參謀長李梅的任期僅僅延長一年。安德森在不止一個問題上同肯尼迪和麥克納馬拉意見不一，他離職的意義引起了他的高階軍事同僚的注意，但是當肯尼迪為了使用他的相當大的才能，任命他當駐葡萄牙大使時，國會中許多支援安德森的人未能弄明
