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看全軍有多麼不滿，誰也不願呆下去。”
拿破崙相當地激動了一陣。可不久，籠罩著他的這種陰暗情緒就消除了，他又恢復了堅定自制和鎮靜。他意識到他現在最迫切的任務是振奮部隊精神，驅散悲觀情緒。他鼓舞部下說：“這樣，我們被隔絕在埃及的土地上了。這很好。我們必須在驚濤駭浪的大海上活下來，大海會平靜下來的。或許命運註定我們要改變東方的面貌。我們一定要留在這裡，像古代人那樣在這裡完成偉大的功業。”“埃及曾經是一個強盛的帝國。它在向英國的進攻戰中具有多麼優越的位置！”“我們將不得不創立一個大帝國。……海洋把我們和祖國分開了，可是隨便哪個海洋都不能把我們和非洲分開，也不能把我們和亞洲分開。我們的人數很多，我們不會缺少補充我們隊伍的人力，我們也不會缺少彈藥。”拿破崙的一番話使士氣低落的軍隊重又充滿信心和希望。
艦隊的喪失使拿破崙確信，必須迅速而有效地把埃及組織起來，必須在埃及站穩腳跟，因為法軍還要在此地呆相當長的時間。拿破崙那靈活的、愛思索的腦袋似乎有使不完的勁，戰爭、防務、稅收、政府、法院機構、貿易、藝術和科學，全都引其他的注意。他毫不遲疑地發出一道道命令和指示，為的是防止與失敗俱來的迫在眉睫的危險。8月21日，拿破崙以法國科學院為模式建立了埃及科學院，蒙日任院長，拿破崙任副院長。科學院的任務就是促進埃及的進步和傳播文化。考古學者、地質學者和歷史學家從尼羅河到阿斯旺瀑布，考察古代王國的遺蹟。科學家、工程師們則研究防治傳染病和設計灌溉工程。在總工程師、建築學家勒佩爾的領導下，他們正在進行蘇伊士地峽的水準測量和聯結地中海、紅海的運河開鑿工程。由於艦隊的覆滅，專家學者們失去了絕大部分的財物和許多機械裝置，很多事情不得不從頭做起。他們擴大谷物的耕種面積，建造大型烘爐和麵包房，以解決糧食供應的困難；他們建造啤酒廠釀造土啤酒，以滿足部隊需要；他們建立鑄造廠和制硝廠，以供應機器、工具和火藥。所有這一切就是為了使法軍不需要依靠歐洲後方而生存下去。
為了確立法國人在埃及的絕對統治地位，拿破崙對一切膽敢與法國人作對的人絕不手軟。駐守在亞歷山大港的克萊貝爾將軍以叛國罪逮捕了這個城市的百萬富翁西弟·穆罕默德·艾裡·科拉伊姆。此人被押送到開羅後，法軍告訴他，如果想救救自己的腦袋，就交出30萬金法郎。可此人卻認為生死在於天命，他說：“如果我註定現在死，那就什麼也救不了我，即使交出錢也沒用。假如我註定要死，那我為什麼還要交出這些東西？”拿破崙命人砍下他的腦袋，並將其腦袋拿到開羅街上示眾，上面寫著：“這就是所有叛徒和違反誓約者的下場。”艾裡·科拉伊姆的死引起了一些富裕的阿拉伯人的恐慌，他們如數拿出了法軍所要的一切。
由於法軍的勒索，開羅在1798年10月末爆發了一次大規模的起義。起義軍的勢力一度很強大，將前去鎮壓迫義的15名法軍全都剁成了肉泥。拿破崙怒不可遏，派出大軍前去鎮壓，起義失敗，起義者均被絞死。
這次暴動後不久，又有一阿拉伯人部落襲殺了一隊法軍。拿破崙立即命令克魯阿澤副官前去包圍整個部落。血腥的鎮壓開始了，房屋被毀壞，男人被殺光，婦女兒童被帶到開羅。幾個小時後，開羅廣場上出現了一些馱著麻袋的驢子。麻袋開啟後，只見那些被殺死的男人的頭顱在廣場上滾來滾去。開羅居民被這恐怖的一幕嚇得魂飛魄散。從義大利到埃及，拿破崙一直認為“嚴懲幾個”是控制被征服地區的有效手段。因此，只要誰膽敢觸犯一下法國士兵，誰就會受到這位總司令的嚴厲懲罰。
埃及已成為拿破崙的掌中之物，可一個意外訊息使他對這一切感到淡然無味了。他從朱諾那裡得知留在巴黎的約瑟芬繼續與夏爾中尉保持著曖昧關係，暴跳如雷，氣得連話也說不連貫：“約瑟芬！……我在千里之外！……你就這樣欺騙我呀！……離婚！公開離婚！讓大家都知道！……這兩個該死的傢伙！……我要親手幹掉這兩個傷風敗俗、不知羞恥的劣種！……”拿破崙脾氣變得越來越壞。為了安慰自己，他與一位騎兵尉官的妻子勾搭上了。
約瑟芬的不貞使他的情緒非常低落，他寫信給哥哥約瑟夫說：“我需要離群索居。壯麗豪華使我感到膩煩，感情的源泉已經枯竭，對榮譽索然寡味。年僅29，卻已歷盡滄桑。”可拿破崙畢竟是拿破崙，這種悲觀情緒並沒有持續多久，他對戰爭的熱情和強烈的征服欲使他拋開兒女情長，跨上戰馬又出發了。進軍敘利
