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當核實，作速勘明，則公諭自昭，人心自定矣。（書牘十《答遼東安巡按》）
經過居正底支援以後，安御史底奏疏來了，一切和光懋底話一樣。兵部尚書和薊遼督、撫還在設法隱飾，但是事情已經隱飾不來了。最後的結果，內閣、兵部、督、撫、總兵底恩賞一齊革除。居正在萬曆七年曾經說起：“賞、罰明當，乃足勸懲，未有無功幸賞，而可以鼓舞人心者！”又說：“近日遼左虛冒功級，雖督、撫、大將，已降之恩皆追奪。”（書牘十一《答總憲吳近溪》）經過這一番振飭，韃靼武士們可以瞑目了。
居正這一次的作風，真有些操切，莫說已降之恩一概革奪，似乎不近人情，最初報捷的梁夢龍，題請的方逢時，擬旨的呂調陽等，不感覺難堪嗎？這裡有的是內閣多年的同僚，心腹相共的朋友，和一手提拔的門生，然而居正顧不得，在為朝廷整飭綱紀的前提下面，居正不顧私人底關係。國家賞罰倒置，還成什麼國家，居正在這方面，當然有他底決心。
話又說回來了，在文明葬事既畢以後，居正又匆促地準備入京。從前人說：“身在江湖，心在魏闕”，正是居正這時的心境。御史周友山給他的信上，說他“戀”。居正坦然地答覆道；孤之此行，本屬初意，今荷聖慈特允，獲遂夙行，所謂求仁而得仁也。他何知焉？茲奉翰示，“戀之一字，純臣所不辭。今世人臣，名位一極，便各自好自保，以固享用。”至哉斯言，學者於此，能確然自信，服行勿失，便可為天地立心，為生民立命，為萬世開太平，非切見該聞所可規也。（書牘十《答憲長周友山》）
“戀”是不肯放棄。在古代的政治術語上，不肯放棄成為一種罪惡，所以罵人久於祿位，說他“戀位”，“戀棧”。在“戀”字底意義，經過這樣地轉變以後，政治界最高超的人生觀，便是那優遊不迫，漠不關心的態度。做小官的說是“一官如寄”，做大官的便想“明哲保身”。至於國家的事，倘使有人在那裡切實負責，那麼，罵他一聲“戀位”，背後也可以指手劃腳，詛咒“俗吏”；倘使沒有人負責，那麼，也好，天下事自有天下人負責，風雅的官長們不妨分韻賦詩，何必管這麼多的俗務？居正對於“戀”字，直認不諱，正在那裡提倡當時政治界的一種新人生觀。
在辭別老母和吩咐司禮太監魏朝護送太夫人秋季入京以後，居正又從江陵出發了。從此以後，他再沒有看到江陵。三十二人的大轎，在五月二十一日，仍向北京開拔。但是夏天的道路，經過淫雨以後，更不易走，眼看五月底入京的限期無法遵守，居正只得再請寬限道：“臣已於本月二十一日，更服墨縗，星馳就道。伏念臣違遠闕庭，已逾兩月，今恨不能一蹴即至，仰覲天顏。但臣原籍去京師，幾三千里，加以道途霖潦，每至迍邅，哀毀餘生，難勝勞頓，今計五月中旬之限，已屬稽違，私心惶惶，不逞寧處。除候到京之日，伏藁待譴外，謹先奏知，以仰慰聖母、皇上懸念。尤冀聖慈曲垂矜憫，特寬斧鉞，稍假便宜，俾孱弱之軀，獲免困僕，裂肝碎首，殺不敢辭。臣無任惶悚隕越之至。”這一奏疏上去，神宗下諭：覽奏，知卿已在途，朕心慰悅。炎天遠道，宜慎加調攝，用副眷懷，便從容些行不妨。（見奏疏七《奉諭還朝疏》）
居正還京的行程，因此從容下來。路過襄陽，襄王出城迎接；以後再過南陽，唐王也同樣迎接。明朝的故事，臣民遇見藩王，都行君臣之禮，但是現在不同了，只行賓主之禮。從南陽向北，不久便到新鄭。居正再去訪問高拱，這一次高拱更頹唐了。居正到京以後，還去過一次信：比過仙裡，兩奉晤言，殊慰夙昔，但積懷未能盡吐耳。承教二事，謹俱祗領。翁第專精神，厚自持，身外之事，不足縈懷抱也。初抵京，酬應匆匆，未悉鄙悰，統容專致。（書牘十四《答中元高相國四》）
這是他們最後一次的見面了。所說二事，大致是指高拱立嗣，和身後請求卹典的事。高拱底暮年真淒涼，六十幾歲的人了，連嗣子還沒有確定；身後的卹典，一切還得仰仗自己的政敵。立嗣是高家自己的事，卹典畢竟要由居正維持，在這方面，居正沒有忘去多年的交誼。
從新鄭北上，渡過黃河，六月十五日未時以後，居正到達北京郊外真空寺，神宗已經派司禮監太監何進在那裡賜宴。本來在居正上疏請求寬限以後，皇上固然盼切，內閣、六部、都察院、各寺、六科，連同南京部、院、寺、科，聯名請求催促居正還朝。現在果然到了，皇上派員設宴，兩宮皇太后也派管事太監賜銀八寶，賜金錢、川扇，賜點心、果餅、鮮果、清酒。何進口傳聖旨：若午時分進城，便著張先生在朝房伺候
