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正在佈置底當中，高儀死了。內閣只剩居正一人。問題又到了面前，應當補怎樣一個人呢？在不知明朝政體的人，也許以為既是楊博底資望最好，當然應補楊博。但是事實不是如此的。明朝的中樞，是二元制：吏部尚書底地位，本來在內閣大學士以上，即使到了內閣權重以後，吏部尚書，終於不曾落到內閣以下。當時的故事，吏部尚書在路上遇到大學士，照例不避道，便是顯然的證據。（見《明史》卷二二四《孫鑨傳》）孝宗弘治年間，吏部尚書王恕底聲望，始終不受內閣底壓制，更是例項。還有，由吏部尚書入閣的，不是沒有，但是這是特旨。在推舉的時候，通常是禮部尚書、吏部侍郎，或是翰林學士。因此，神宗吩咐居正推舉閣員的時候，居正不能推舉吏部尚書楊博，（推舉吏部尚書入閣非故事，見《明史》卷二二四《陳有年傳》）只能推舉禮部尚書呂調陽。其實居正底經驗多了，他知道內閣裡除了自己，只需要一位忠厚老實，和衷共濟的長者，並不需要一位雄才大略、器度恢宏的重臣。這是居正底私心，但是這是隆慶年間內閣混斗的經驗。為國求賢，固然是對的，但是為內閣謀安定，也何嘗不是為國家？居正對於調陽，在辛丑會試主考的時候，已經認識了，現在正準備和他長期合作。萬曆七年調陽死後，居正說過：餘與公同政府，知公深。公為人，外溫而心辨，中毅而貌和，於事吶吶不輕為可否，於人恂恂不苟為異同；嘗曰：“大臣協心體國，苟利社稷，嫌怨共之，安事羯羠其間？無論彼己懻伎，即賢者各是所見，政本之地，齗齗而爭，如國體何？世儒嘐嘐，猥小曹參而卑丙吉，然則，虞廷雲‘寅恭’者非邪？”自餘柄政，與公共事者六年，內奉衝聖，勤緝熙，外贊密勿，定計劃，莫逆於心，莫違於口，六年如一日也。（文集五《豫所呂公墓誌銘》）
呂調陽入閣，遞遺禮部尚書，居正便起用陸樹聲。樹聲嘉靖二十年會試第一，嘉靖中，屢掌南京翰林院，南京國子祭酒，後來召為吏部右侍郎，稱病不拜。隆慶中，再起故官，仍不就。這是一位聲望隆重的大臣，現在居然來了，居正用後輩進見先輩之禮待遇他。
七月間戶部尚書張守直、刑部尚書馬自強致仕。守直在封貢的一件事，意見和居正不一致，自強也有些不滿意，他們去了，居正便補進王國光、王之誥。王國光原來以戶部尚書，總督倉場，現在調回管部，後來在任內完成《萬曆會計錄》，是一部有關國計的著作。王之誥是居正底親家，（居正第四子簡修娶之誥女）但是之誥隆慶三年總督陝西三邊軍務，進南京兵部尚書，資望久已夠了，而且卓然自守，並不附和居正，因此更得一般的推重。
諸人以外，工部尚書朱衡、左都御史葛守禮留任；朱衡在河工方面的成績，和守禮底操守，都是當時物望所歸。明朝的內閣，當然不是現代的內閣，對於閣中同僚和六部首長以及都察院的人選，首輔沒有進退的大權，但是居正對於人選的佈置，確曾費了一番苦心，而且也確曾達到自己底主張。後來他曾經自負地說：《書》曰：“無侮老成人，皤皤良士，膂力既愆，我尚多有之。”宓子賤治單父，孔子使人覘之，見與老者二十餘人議政，孔子喜曰：“吾知不齊能辦單父矣。”今以幼主當陽，而朝多長者，豈非盛事乎？（書牘六《與南臺長言中貴不幹外政》）
大政方針既經發表，中樞人選也分別確定，居正準備負起國家的重任。從隆慶六年六月起，到神宗萬曆十年六月為止，這整整的十年當中，他逐漸完成他底政治理想。在他掌握政權的期間，除了當前的政治問題以外，他還得應付三個重要的人物：第一，皇貴妃——後來的慈聖皇太后；第二，馮保；第三，神宗。這三個都是他底主人，三個人各有自己底立場，因此在應付方面，不時地發生困難，幸虧居正有他底政治天才，總算安穩度過了，但是畢竟因為沒有應付完全得當，在他身後，發生意外的波折。
皇貴妃是一個有辦法的人。居正還記得穆宗病重，馮保宣讀遺囑的時候，皇妃在帷中的口諭：
江山社稷要緊，先生每要盡忠為國。（參奏疏六《謝皇太后慈諭疏》）
這是一個有決斷的呼聲。神宗即位以後，不久召居正至平臺面諭：
皇后是朕嫡母，皇貴妃是朕生母，尊號上先生可多加幾字。
問題立刻提出了，皇后當然尊為皇太后，但是皇貴妃也要稱皇太后！這個還不要緊，以往還可以對一位皇太后加上尊號，以示分別，但是現在辦不到了。居正疏稱：仰稽我祖宗舊典，惟天順八年憲宗皇帝尊嫡母為慈懿皇太后，生母皇貴妃為皇太后，則與今日事體，正為相同
