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修《承天大志》，大學士徐階、袁煒，都是《承天大志》總裁。四十二年，徐階荐居正為副總裁。居正集中留下一篇《承天大志紀贊》，（文集一）還是些不痛不癢的文章。（敬修《文忠公行實》言嘉靖四十一年居正領副總裁，甫八閱月，手自脫稿，為十二紀以獻。今案《承天大志》成於嘉靖四十三年，居正以書成進官諭德，前八閱月為四十二年，不應言四十一年。“十二紀”之說，亦與本集不合。）
嘉靖四十三年，《承天大志》完成，居正進官右春坊右諭德，（從五品）為裕邸日講官。諭德是一個虛銜，居正底職務是裕王府講官，為日後進官大學士，留下一個基礎。一切看出徐階為居正作一個從容不迫的佈置。其後居正給徐階兩子書中，一再說：“僕受太翁老師厚恩，未有以報”，（書牘十四《答奉常徐仰齋》又同卷《答符卿徐繼齋》）流露了他中心底感激。
裕邸進講的事，居正自己曾經留下下列的記載：
臣追思皇上昔在藩邸，臣因進講漢光武殺直臣韓歆事，反覆開導，言人臣進言之難，嘆息光武以明聖之主，不能容一韓歆，書之史冊，甚為盛德之累。荷蒙皇上改容傾聽。（奏疏一《請宥言官以彰聖德疏》）
這是隆慶二年的奏疏，所稱皇上，即是嘉靖年間的裕王。《文忠公行實》稱“太師每進講，必引經執義，廣譬曲諭，詞極剴切，以故皇考（指裕王）往往目矚太師，加禮焉”，指此。
嘉靖四十三年，御史林潤再劾嚴世蕃，逮世蕃下獄。四十四年，林潤上疏數世蕃父子罪，世宗發三法司審訊。世蕃只是得意地說，“任他燎原火，自有倒海水！”他底計劃，認定自己底罪狀，只要承認受賄的事，其餘還不難洗刷，最好是要三法司上疏的時候，提到嚴嵩坑陷沈煉、楊繼盛底事實。兩人底被殺，固然是嚴嵩底策動，但是都取過聖旨。一經提到，世宗想到前事，必然發怒，這樣一來，一切的判決都推翻了，世蕃不但會免罪，而且還有蒙恩的可能。計劃好了，世蕃底黨徒只是一味地數說，“啊，不好！要是三法司提起沈煉、楊繼盛底前事，嚴世蕃沒有活命了。”空氣在北京城裡激動，刑部尚書黃光升、左都御史張永明、大理寺卿張守直，果然中計，他們正要上疏，把嚴世蕃父子陷害沈煉等的罪狀，痛快地數責一番。草稿起好了，三個人去拜訪徐階。
徐階早知道了。“三位底疏稿，可以看得嗎？”他說。
三位法司把疏稿遞給徐階。
徐階只是說，“法家底斷案，再好沒有了，欽仰得很。”一邊領著三人到內室裡去。大家靜靜地坐下，左右支使出去了，門也掩上。
“諸位底意思，還是要嚴公子死呢？還是要他活？”徐階問。
“這是死罪，”三位都說，“當然要他死。”
“那麼，辦這件案子，”他又問，“還是殺他，還是救他？”
“在奏疏裡，提到沈煉、楊繼盛，正是給他死罪的根據。”他們都說。
“話是不錯的，”徐階慢吞吞地說著，“可是另外有一層道理。殺沈煉，殺楊繼盛，誠然是犯了天下的眾怒。但是沈煉攻擊嚴嵩以後，嚴嵩把沈煉底名字，放在白蓮教徒底供詞中，只算殺了一個白蓮教徒。這是聖旨。楊繼盛，因為疏中‘召問裕、景二王’一句，嚴嵩認為‘詐傳親王令旨’，聖上大怒，傳旨定罪，成為日後被殺底張本。這是皇上底特旨。皇上是最英明的，不會認錯。諸位底奏疏一上，皇上疑心三法司藉此歸罪皇上，必定勃然震怒，恐怕大家不免問罪，嚴公子也自在地回家了。諸位以為怎麼樣？”徐階又問。
這一問，大家愕然了。最後決定還是由徐階主稿，不提沈煉和楊繼盛，只說世蕃“交通倭寇，潛謀叛逆”。一切都是非常機密，非常敏捷。終於由世宗降旨，把世蕃殺了。不久嚴嵩也抄了家，得銀二百萬兩以外，在當時幾乎和國家一年的總收入相等。
有人稱讚徐階剷除大奸，徐階蹙了眉頭，慨然地說，“嚴惟中（嵩）殺夏公謹（言），惟中底兒子，又由我殺了，必然有人不會見諒，我底心境，只有上天知道罷。”嚴嵩底政權完全沒落了，整個的政局，都在徐階手裡。
嘉靖四十五年，居正由右春坊右諭德進翰林院侍讀學士，（從五品）掌翰林院事。在官階上沒有進展，但是在翰林院的地位提升了。《翰林院讀書說》，（文集六）大致是這一年的作品。
在四十四年和四十五年的中間，內閣又起了變化。本來是徐階、袁煒二人底內閣。四十四年三月，袁煒病重罷歸，四月，補嚴訥、李春芳二人；就在這年十一月，嚴訥又
