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義卹典，下部議復，仍當從旨中加厚，以示天恩。（同卷《答大同巡撫賈春宇》）
襲王之事，大都屬之黃酋，但須將今年貢市事，早早料理，以見表誠悃，而後可為之請封。諺雲，“若將容易得，便作等閒看。”務令大柄在我，使之覬望懇切，而後得之，乃可經久。然虜情多變，亦難預設。聞近日哈酋與虜婦及諸酋議論不合，頗為失歡，若果有此，且任其參差變態，乃可施吾操縱之術也。（同卷《答三邊總督鄭範溪計順義襲封事》）
安兔吉無知，戕我旗牌，掠我頭畜，此等事在亦常有，但此虜王新歿，在我當申嚴舊約之時，而彼酋乃敢咆哮如此，不一懲之，釁端起矣。既黃酋之子，宜即責黃酋處之。彼方覬承封爵，若其子不能制，他日安能統大眾乎？此亦制馭之一端也，幸惟審圖之。（同卷《答巡撫蕭雲峰》。按即陝西巡撫蕭廩。）
居正對於韃靼方面，全是因應。俺答初死，他似有支援把漢那吉的意念。看見那吉底威望不夠，他便吩咐沿邊督撫靜以待動，對於各個候補者，分別給予應得的好感。最後黃臺吉繼立底形勢已成，他不妨支援黃臺吉，但是他要黃臺吉對於朝廷表示恭順。冊封底權力在朝廷，要服從朝廷，才得到順義王底尊號。三娘子要守孝三年，也許是穿著百鳳雲衣的日子多了，漢化底程度加強，所以有這個主張。但是居正所期望於三娘子的，不是她底漢化，而是她底再嫁韃靼領袖，繼續替朝廷做一個控制韃靼的工具。黃臺吉襲封以後，三娘子帶著部眾走了。黃臺吉認定這是父親底遺產，自己當然有繼承的權利，帶著部隊向西跟逐。宣大總督認定三娘子是一個得力的工具，假如她和黃臺吉脫離，失去應有的作用，對於朝廷，便是一種損害，連忙派人和三娘子說：“夫人能和順義王同居，朝廷底恩賜當然繼續不絕，否則只是塞上一個韃靼婦人，說不上恩賞了。”三娘子這才停下來，重新回到順義王底懷抱；在明朝人看來，究竟有一些詫異，但是三娘子生活在另外一個環境裡，原談不上這些。
北邊的問題解決，東北的問題又來了。萬曆九年，士蠻和朝廷打過幾次仗，但是現在又求和了。居正只要韃靼繼續在分裂的狀態裡，決不輕易言和，所以和遼東巡撫周流說起：承示，土酋求貢，諒無詐偽。彼蓋豔於西虜貢市之利，乘俺酋死，故申前請耳。但遼左地形事勢，錢糧、虜情，俱與宣大不同。且俺酋自嘉靖中季，連年求貢，彼時廟謨靡定，迄未之許，至隆慶間，會有那吉來降之事，而彼又執我叛人，遵我約束，因而許之。彼既愜其素志，又啗我厚利，故奉命惟謹。今以土酋之事揆之，其情異矣，遽爾許之，和必不久，徒弛我邊備。俟一二年後，觀其事機何如，乃可處之。（同卷《答遼東巡撫周樂軒》）
萬曆十年二月，居正疏請蠲除宿逋，完成一件宿願。自萬曆之初，考成法實行以來，賦稅方面，經過切實的整頓，國家財政，有了良好的基礎，現在已是休養生息的時候了。事先，應天巡撫孫光祜上疏請求相除，居正覆信說：“蠲除宿逋，責完新賦，僕久有此意，擬俟皇儲大慶，罩恩海內，今皇女生，則事不果矣。大疏即屬所司議處，亦可推之各省也。”（書牘十三《答應天巡撫孫小溪》）這時居正只准備從各省推行，還沒有整個的計劃。十年之初，陝西巡撫蕭廩具函居正，再請豁免帶徵，居正覆信說：“承示，帶徵逋賦，苦累有司，僕亦久知之，目下方欲面奏，請恩蠲豁，不必具疏矣。”（同卷《答諫議蕭公廩》）二月間，居正疏稱：竊聞致理之要，惟在於安民，安民之道，在察其疾苦而已。邇年以來，仰荷聖慈，軫念元元，加意周恤，查驛傳，減徭編，省冗員，懲貪墨：頃又特下明詔，清丈田畝，查革冒免，海內欣欣，如獲更生矣。然尚有一事為民病者，帶徵錢糧是也。所謂帶徵者，將累年拖欠，搭配分數，與同見年錢糧，一併催徵也。夫百姓財力有限，即一歲豐收，一年之所入，僅足以供當年之數，不幸遇荒歉之歲，父母凍餓，妻子流離，見年錢糧尚不能辦，豈復有餘力完累歲之積逋哉！有司規避罪責，往往將見年所徵，那作帶徵之數，名為完舊欠，實則減新收也。今歲之所減，即為明年之拖欠，見在之所欠，又是將來之帶徵。如此連年，誅求無已，杼軸空而民不堪命矣。況頭緒繁多，年分混雜，徵票四出，呼役沓至，愚民竭脂膏以供輸，未知結新舊之課，裡骨指交納以欺瞞，適足增豁壑之慾；甚至不才官吏，因而獵取侵漁者，亦往往有之。夫與其敲撲窮民，朘其膏血，以實奸貪之囊橐，孰若施曠蕩之恩，蠲與小民，而使其皆戴上之仁哉？昨查戶部，自隆慶元年起，至萬曆七年止，各直省未完帶徵錢糧一百餘萬，兵
