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了強制退休的年齡；這一點加州理工學院的院長是理解的。在聘用摩爾根的時候，他本人也已年過六旬，他當時打算還要在科研和行政崗位上再幹二十五年。他也果然於了那麼久。他最初同摩爾根有過這樣的協議：摩爾根將擔任新成立的生物學部主任，任期五年，1933年到期。到那時，他可以退休，或者理事會可以請他退休。但到了1933年摩爾根想繼續在加州理工學院工作。他對生物學部工作的進展感到不滿意。但理事會對摩爾根的工作是滿意的，當然，也對這個生物學部日益增長的名氣大為滿意，所以同意了他的要求，延長聘期五年。到1938年，他已經七十二歲，又要求再幹四年，也得到認可。只是到了1942年，他已是七十六歲高齡的老翁，才退了下來，成為名譽主任和名譽教授。
摩爾根的職務暫時還無人接替。1942…1946年間，斯特蒂文特以生物學委員會主任身份主持生物學部工作。1946年，喬治·比德爾從斯坦福大學回來，任生物學部主任，直到1961年他才離開加州到芝加哥大學任校長。
摩爾根退休以後，街對面校園裡他原來的辦公室仍然屬他所有，實驗室裡也保留了他原來的位置。加州理工學院買下了科羅納·德爾馬�
