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，迎接大部隊進城。傅先宗揮軍衝入城內，攻克鞏昌。這一仗斬殺和俘虜起義軍三千多人，繳獲騾馬二千八百匹。
這時，華亭的起義軍分別進軍慶陽和固原。
楊嶽斌於10月27日從通渭返回蘭州。清廷下詔，派總兵鶴齡前往肅州，派提督成祿出關，奔赴奇台，會同李雲麟辦理新疆軍務。
回民起義軍又在各處發起一輪新的攻勢。沈大興在洪河川發起反擊，被起義軍擊敗。譚玉龍部抵達政平，糧食斷絕，遭到起義軍攻擊，幾乎全軍覆沒。當時一石小麥賣到一百六七十兩銀子，其他糧食大致也是如此。甘肅貧瘠窮困，不得不靠陝西提供給養。劉蓉因事罷官，喬松年任陝西巡撫。清廷留下劉蓉協助軍務。捻軍逼近潼關和華陰，陝西東部軍情緊急。
洪河的起義軍於11月27日攻佔平涼。雷正綰率部馳援，又將平涼攻佔。
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曾國藩於9月中旬抵達陳州與周口，住在軍營，上疏向清廷請假。
捻軍的四支部隊集結起來，北上###，偵察到沙河與賈魯河的河牆已經建成，只有靠近汴梁的河段還未竣工，便趁著夜色東進，擊潰河南巡撫的三營標兵。
捻軍從缺口衝破防線，急進山東。劉銘傳派騎兵追趕到杞縣，攔截捻軍後部。曾國藩急令劉銘傳和潘鼎新率部奔赴虞城和山東單縣，派劉秉璋和楊鼎勳率部從徐州韓莊東援，令張樹珊率部護衛孔林。
1866年，同治五年（10）
沿河長牆一千幾百裡，功虧一簣，輿論指責李鶴年。於是清廷的運河防線與黃河防線同時告警。曾國藩制定的戰略一時收效不大，他多次被言官彈劾。
曾國藩焦慮憤懣，疾病加重，便向清廷陳述身體衰弱，請求派李鴻章駐紮徐州，與山東巡撫會辦東路軍事；派曾國荃駐紮襄陽，與河南巡撫會辦西路軍事；他自己駐紮周口，扼守其中，策應安徽與河南，並請令直隸和山東的炮船巡防黃河，遮蔽畿輔。
曾國藩認為自己不可久居高位，否則會不堪讒譏，於是又請假幾個月，接著請求開缺，以散員身份在軍中效力，還自請削去爵位。
對於這些要求，清廷都不予批准。
捻軍集結兵力攻擊鉅野，山東清軍王成謙和王正起所部將捻軍擊退。捻軍開始猛攻運河牆，打了三天三夜，未能突破，便撤退而去。
劉銘傳和潘鼎新所部於10月中旬在山東梁山攔截捻軍，獲得大勝。接著追趕到菏澤、曹縣和東明，連戰連捷。潘鼎新部到達杞縣，劉銘傳部到達雎州。捻軍全部在河南集結，又分為兩支，從此成為東捻軍和西捻軍。
任柱和賴汶光的東捻軍徘徊在黑岡一帶，把滎澤壩掘開二十多丈，打算引黃河水灌淹汴梁。河南的清軍炮船會同宋慶的陸師將捻軍擊退。於是，東捻軍從###出發，一晝夜行軍三百里，抵達山東曹縣，在夜色掩護下，撲到袁口東南，企圖突破開河的圩牆，都被山東清軍阻截，無法透過。東捻軍便從安山和戴廟襲擊長溝。
張宗禹的西捻軍奔向許州，牛落紅去世，由他的兒子牛喜統領部眾。部隊向西南方推進，到達襄城。鮑超從裕州出兵迎擊，捻軍已向西北方推進，奔赴郟縣和汝州。
鮑超領兵抵達魯山，捻軍從宜陽和永寧出發，趁夜向西狂奔。鮑超的部隊從汝州追到洛陽，又從洛陽跟蹤追擊。
西捻軍取道閿鄉和太峪口，繞過潼關，進入陝西，南下商州。於是，曾國藩命令劉銘傳、潘鼎新和張樹珊的部隊專門對付東捻軍，命令鮑超、劉松山、劉秉璋和楊鼎勳的部隊專門對付西捻軍。從此以後，兩支捻軍再也未能會合。
西捻軍於11月份從華陰渡過渭河，北上朝邑，並企圖東渡黃河，被陳湜的水師擊退。適逢涇州勇丁譁潰，甘肅回民起義軍攻打寧州，很可能進入陝西。劉蓉派飛馬送信，向曾國藩求援。曾國藩派鮑超和劉松山西援。鮑超率部賓士千里，也沒看見捻軍的影子，到達魯山又折返南陽。
劉秉璋和楊鼎勳部已經到達河南西北角上的陝州，又回師東返新鄭。清廷見陝西軍情危急，催促鮑超率部入關。
東捻軍奔向江蘇豐縣，劉銘傳率部橫截。東捻軍分為兩支，任柱率領一支向北進軍，賴汶光率領一支向東南進軍。劉銘傳又在渠家寨打敗賴汶光部。然後，捻軍全部進入沛縣與湖團，然後西奔山東曹縣，向西南挺進，到達河南太康。
劉銘傳、張樹珊和周盛波的部隊追趕攔截，多次挫敗捻軍。
當月，曾國藩請求開缺留營。清廷命他病癒後進京覲
